Tutti i Martedi dalle ore 11.00 alle ore 13.00 presso il suo ufficio in via madonna del piano n6 Sesto Fiorentino

Duccio Cavalieri nato a FIRENZEil 30/12/1966

ResearcherID: T-3097-2017

Scopus Author ID 7004993603

ORCID id : http://orcid.org/0000-0001-6426-5719

Attuale posizione: Professore Ordinario dal 01/03/2021, presso il Dipartimento di Biologia, (Via Madonna del Piano 6, Sesto Fiorentino, Firenze) Università degli Studi di Firenze, e di essere afferente al settore scientifico disciplinare BIO/19.

EDUCAZIONE E TITOLI DI STUDIO:

1985         Maturità Scientifica, Liceo Niccolò Rodolico, Firenze.

1994         Laurea quadriennale in Scienze Biologiche, Università di Firenze, 110 e lode su 110. tesi dal titolo: “Caratterizzazione molecolare di ceppi di lievito”, relatore Prof. Mario Polsinelli. (18.07. 1994).

1995         Abilitazione all'esercizio della professione di Biologo.

1998         Dottorato di ricerca in Scienze Genetiche, Università di Pavia.

BORSE DI STUDIO POST LAUREA:

1994-1997                      Borsa Ministeriale di Dottorato di Ricerca. Università degli studi di Pavia

1997-1998                      Borsa di Post Dottorato, Dipartimento di Biologia Animale e Genetica, Università di Firenze

1998-1999                      Contratto di Collaborazione a Progetto, consorzio Catania Ricerche, Laboratorio di Patologia Vegetale, Catania.

1999-2001                      Borsa di Post Dottorato presso l’Organismic and Evolutionary Biology Department, Harvard University, laboratorio di Daniel Hartl.

POSIZIONI ACCADEMICHE:

2001-2004                      Harvard Genomics Fellow, Ricercatore e Principal Investigator, Molecular and Cellular Biology Department, Center for Genomics Research, Bauer Labs (Harvard University USA).

2003-2015                      Nomina e presa servizio: Università degli Studi di Firenze nella qualifica di Ricercatore non confermato nella Facoltà di FARMACIA per il SSD BIO/19 (MICROBIOLOGIA GENERALE) presso la Sede: Farmacologia preclinica e clinica 'M. Aiazzi Mancini', quindi Dipartimento di Neuroscienze, Psicologia, Area del Farmaco e Salute del Bambino (NEUROFARBA), dell’Università degli Studi di Firenze. (29/12/2003)

ALTRI INCARICHI:

1996-1998                      Consulente in studi di depurazione acque e bioremediation-ditta Artefir, Barberino Val D'Elsa.

1997-2001                      Consulente progetti Biotecnologie Microbiche, ditta Bio-Sfir, Bertinoro, Forli'.

1998-1999                      Contratto di Collaborazione a Progetto, consorzio Catania Ricerche, Laboratorio di Patologia Vegetale, Catania.

2002                              Consulente per Realizzazione del Centro di Genomica del Cancro dell'Istituto Tumori di Genova.

2010-2013                                                                                          Membro del Consiglio Direttivo della Società Italiana Microbiologia Generale e Biotecnologie Microbiche (SIMGBM)

2011                               Consulente per Realizzazione del Centro di Genomica del Cancro dell'Istituto Tumori di Genova.

2011-2012                      Consulente per la realizzazione del Dipartimento di Biologia Computazionale Fondazione Edmund Mach, San Michele all’Adige, Trento. Periodo 01/10/2011-1/04/2012.

2012-2015                      Dal 01/04/2012-01/04/2015. Coordinatore del Dipartimento di Biologia Computazionale Fondazione Edmund Mach, San Michele all’Adige, Trento.

2014-2017                      Ricercatore associato a CNR IBIMET-Consulenza Scientifica con incarico di ricerca nell’ambito del progetto Dinamica dei sistemi agroforestali, vulnerabilità, adattamento, mitigazione. prot. 3124 del 02/12/2014-30/06/2017.

2015                               01/04/2015-30/09/2015: Consulente Scientifico del Dipartimento di Biologia Computazionale Fondazione Edmund Mach, San Michele all’Adige, Trento.

2017-2018                      25/9/2017-21/1/2018 Ricercatore associato con incarico di ricerca all’Istituto di Bioscienze e Biorisorse , (IBBR-CNR) per partecipare all’attività di ricerca “ consultazioni scientifiche per la ricerca di base e lo sviluppo tecnologico riguardanti scoperta di nuove attività enzimatiche, della microbiologia molecolare, dello studio del rapporto struttura/funzione di proteine e lipidi, dello sviluppo di processi biocatalitici, dello studio del metabolismo microbico, e dell'interazione microbi-piante. Particolare attenzione sarà rivolta su come le conoscenze di base si possono sfruttare in chimica verde, in diagnostica, nella salute umana, e per la sostenibilità agro-alimentare”, Area Progettuale: SAC.AD002 / Area Progettuale SAC-Ricerca e innovazione Progetto: SAC.AD002.012 / Gestione Bandi Accordo Bilaterale GIAPPONE – JSPS.

2017-2020                      Delegato dal rettore a rappresentare per l’ Università di Firenze per la JRU ELIXIR IIB, protocollo: 0004698/2017 del 27/01/2017, (ACCORDO DI COLLABORAZIONE PER LO SVOLGIMENTO DI ATTIVITA' DI RICERCA E SVILUPPO NEL CAMPO DELLE INFRASTRUTTURE SULLA BIOINFORMATICA E LA COSTITUZIONE DEL NODO ITALIANO DI ELIXIR TRAMITE UNA JOINT RESEARCH UNIT (JRU) COMUNE DENOMINATA ELIXIR-IIB), associata all’infrastruttura Europea ELIXIR, entrata in fase operativa nel Marzo 2014, e da Marzo 2016, “Landmark Infrastructure” nell’ambito dell’ESFRI (European Strategy Forum on Research Infrastructures).

2017/2019                      Ricercatore associato con incarico di ricerca a CNR IBIMET-Role of regulatory cells and cytokines in the extent of colonic involvement in patients with ulcerative colitis, implications for patients oriented therapy. prot. 4893 del 18/09/2017.

CURRICULUM VITAE ET STUDIORUM

PRESENTATO SOTTO FORMA DI DICHIARAZIONE SOSTITUTIVA DI CERTIFICAZIONE E ATTO DI NOTORIETA’

(ai sensi degli artt. 46, 47 e 48 del D.P.R. 28/12/2000, n. 445)

Duccio Cavalieri nato a FIRENZEil 30/12/1966

ResearcherID: T-3097-2017

Scopus Author ID 7004993603

ORCID id : http://orcid.org/0000-0001-6426-5719

Attuale posizione: Professore Ordinario dal 01/03/2021, presso il Dipartimento di Biologia, (Via Madonna del Piano 6, Sesto Fiorentino, Firenze) Università degli Studi di Firenze, e di essere afferente al settore scientifico disciplinare BIO/19.

EDUCAZIONE E TITOLI DI STUDIO:

1985         Maturità Scientifica, Liceo Niccolò Rodolico, Firenze.

1994         Laurea quadriennale in Scienze Biologiche, Università di Firenze, 110 e lode su 110. tesi dal titolo: “Caratterizzazione molecolare di ceppi di lievito”, relatore Prof. Mario Polsinelli. (18.07. 1994).

1995         Abilitazione all'esercizio della professione di Biologo.

1998         Dottorato di ricerca in Scienze Genetiche, Università di Pavia.

BORSE DI STUDIO POST LAUREA:

1994-1997                      Borsa Ministeriale di Dottorato di Ricerca. Università degli studi di Pavia

1997-1998                      Borsa di Post Dottorato, Dipartimento di Biologia Animale e Genetica, Università di Firenze

1998-1999                      Contratto di Collaborazione a Progetto, consorzio Catania Ricerche, Laboratorio di Patologia Vegetale, Catania.

1999-2001                      Borsa di Post Dottorato presso l’Organismic and Evolutionary Biology Department, Harvard University, laboratorio di Daniel Hartl.

POSIZIONI ACCADEMICHE:

2001-2004                      Harvard Genomics Fellow, Ricercatore e Principal Investigator, Molecular and Cellular Biology Department, Center for Genomics Research, Bauer Labs (Harvard University USA).

2003-2015                      Nomina e presa servizio: Università degli Studi di Firenze nella qualifica di Ricercatore non confermato nella Facoltà di FARMACIA per il SSD BIO/19 (MICROBIOLOGIA GENERALE) presso la Sede: Farmacologia preclinica e clinica 'M. Aiazzi Mancini', quindi Dipartimento di Neuroscienze, Psicologia, Area del Farmaco e Salute del Bambino (NEUROFARBA), dell’Università degli Studi di Firenze. (29/12/2003)

ALTRI INCARICHI:

1996-1998                      Consulente in studi di depurazione acque e bioremediation-ditta Artefir, Barberino Val D'Elsa.

1997-2001                      Consulente progetti Biotecnologie Microbiche, ditta Bio-Sfir, Bertinoro, Forli'.

1998-1999                      Contratto di Collaborazione a Progetto, consorzio Catania Ricerche, Laboratorio di Patologia Vegetale, Catania.

2002                              Consulente per Realizzazione del Centro di Genomica del Cancro dell'Istituto Tumori di Genova.

2010-2013                                                                                          Membro del Consiglio Direttivo della Società Italiana Microbiologia Generale e Biotecnologie Microbiche (SIMGBM)

2011                               Consulente per Realizzazione del Centro di Genomica del Cancro dell'Istituto Tumori di Genova.

2011-2012                      Consulente per la realizzazione del Dipartimento di Biologia Computazionale Fondazione Edmund Mach, San Michele all’Adige, Trento. Periodo 01/10/2011-1/04/2012.

2012-2015                      Dal 01/04/2012-01/04/2015. Coordinatore del Dipartimento di Biologia Computazionale Fondazione Edmund Mach, San Michele all’Adige, Trento.

2014-2017                      Ricercatore associato a CNR IBIMET-Consulenza Scientifica con incarico di ricerca nell’ambito del progetto Dinamica dei sistemi agroforestali, vulnerabilità, adattamento, mitigazione. prot. 3124 del 02/12/2014-30/06/2017.

2015                               01/04/2015-30/09/2015: Consulente Scientifico del Dipartimento di Biologia Computazionale Fondazione Edmund Mach, San Michele all’Adige, Trento.

2017-2018                      25/9/2017-21/1/2018 Ricercatore associato con incarico di ricerca all’Istituto di Bioscienze e Biorisorse , (IBBR-CNR) per partecipare all’attività di ricerca “ consultazioni scientifiche per la ricerca di base e lo sviluppo tecnologico riguardanti scoperta di nuove attività enzimatiche, della microbiologia molecolare, dello studio del rapporto struttura/funzione di proteine e lipidi, dello sviluppo di processi biocatalitici, dello studio del metabolismo microbico, e dell'interazione microbi-piante. Particolare attenzione sarà rivolta su come le conoscenze di base si possono sfruttare in chimica verde, in diagnostica, nella salute umana, e per la sostenibilità agro-alimentare”, Area Progettuale: SAC.AD002 / Area Progettuale SAC-Ricerca e innovazione Progetto: SAC.AD002.012 / Gestione Bandi Accordo Bilaterale GIAPPONE – JSPS.

2017-2020                      Delegato dal rettore a rappresentare per l’ Università di Firenze per la JRU ELIXIR IIB, protocollo: 0004698/2017 del 27/01/2017, (ACCORDO DI COLLABORAZIONE PER LO SVOLGIMENTO DI ATTIVITA' DI RICERCA E SVILUPPO NEL CAMPO DELLE INFRASTRUTTURE SULLA BIOINFORMATICA E LA COSTITUZIONE DEL NODO ITALIANO DI ELIXIR TRAMITE UNA JOINT RESEARCH UNIT (JRU) COMUNE DENOMINATA ELIXIR-IIB), associata all’infrastruttura Europea ELIXIR, entrata in fase operativa nel Marzo 2014, e da Marzo 2016, “Landmark Infrastructure” nell’ambito dell’ESFRI (European Strategy Forum on Research Infrastructures).

2017/2019                      Ricercatore associato con incarico di ricerca a CNR IBIMET-Role of regulatory cells and cytokines in the extent of colonic involvement in patients with ulcerative colitis, implications for patients oriented therapy. prot. 4893 del 18/09/2017.

AFFILIAZIONE A SOCIETA’ SCIENTIFICHE

SETTORI DI RICERCA

Duccio Cavalieri ha svolto attività scientifica e di ricerca prevalentemente nel settore della genetica e biologia cellulare dei microorganismi (lieviti e batteri). In particolare si è distinto a livello nazionale e internazionale per l’applicazione di metodi di genomica integrata, e metagenomica, per lo studio dell'evoluzione dei genomi microbici e fungini. Nel tentativo di capire le basi funzionali della plasticità fenotipica in lieviti vinari, Cavalieri ha applicato per primo i DNA microarrays con sonde specifiche per tutti i geni del genoma a lieviti delle specie Saccharomyces cerevisiae e Saccharomyces bayanus. Di particolare rilevanza sono stati gli studi sull’evoluzione dei genomi nel contesto dell'adattamento all'ambiente e quelli sull'interazione fra microorganismi, sistema immunitario e dieta con lo scopo di capire le regole che guidano la transizione fra commensalismo e patogenicità. Il laboratorio di Cavalieri ha condotto sia studi di evoluzione e tassonomia microbica, che studi di ecologia dei microorganismi. Dal punto di vista metodologico i risultati di questi studi hanno un impatto molto ampio e sono generalizzabili anche alla genomica degli organismi superiori. Negli anni le tecniche bioinformatiche sviluppate e testate nei microorganismi sono state estese allo studio della regolazione del sistema immune e della genetica e fisiologia del cancro e all'interazione fra dieta microorganismi e salute. Fin dal 2001 Cavalieri ha mostrato capacità di dirigere autonomamente unità di ricerca in istituti nazionali e internazionali, guidando gruppi di ricerca interdisciplinare in cui si amalgamassero competenze di microbiologia, genetica, biologia computazionale e bioinformatica, ponendo le basi per un linguaggio comune fra microbiologia, genetica e informatica. Le linee di ricerca per gli anni futuri riguarderanno principalmente l'utilizzo di tecniche di metagenomica, genomica funzionale e metabolomica per lo studio delle interazioni simbiotiche fra microrganismi eucarioti e procarioti e l'ospite, al fine di studiarne l'evoluzione e l'ecologia in omeostasi e in malattia.

ATTIVITA' DI REVISORE VALUTATORE

Cavalieri è stato valutatore per il CNR, per il ministero della ricerca MIUR, per l’Università di Padova e Udine, per la French Agency for rResearch Evauation AERES, sia come Project evaluator che Scientific Unit Evaluator for the Center of Excellence of Genomics in Evry, Genoscope, Equipe Sanoublat. Cavalieri è anche valutatore per la British Agency of Research (BBSRC), per la Research Agency of Luxemburg, per l’ERC (European Research Council), per l’ NIH (National Institute of Health). E'stato anche commissario per procedura di valutazione comparativa per la selezione di direttore di Istituto del CNR-IBBR (Istituto di Bioscienze e Biorisorse). Altri indici di riconoscimento sono l'attività di revisore per le riviste Cell, Molecular Cell, Scientific Reports, Frontiers in Microbiology, Yeast, Plos One, Molecular Ecology, Bioinformatics.

EDITORIAL BOARD Membership

-           Membro dell’Editorial Board di BMC Bioinformatics.

- Membro dell’Editorial Board di Microbial Cell.

Indici bibliometrici

L' attività di ricerca nei settori indicati (orcid.org/0000-0001-6426-5719) ha prodotto oltre 200 pubblicazioni per esteso, di cui 166 peer reviewed su riviste indicizzate in Scopus, con oltre 15000 citazioni (sia cartacee che elettroniche) e un H index di 54 (fonte Google Scholar), e 9890 citazioni e H 45 (cartacee peer reviewed) secondo Scopus (Scopus-Author ID: 7004993603).

1. Sciavilla P, Strati F, Di Paola M, Modesto M, Vitali F, Cavalieri D, Prati GM, Di Vito M, Aragona G, De Filippo C, Mattarelli P. Gut microbiota profiles and characterization of cultivable fungal isolates in IBS patients.

Appl Microbiol Biotechnol. 2021 Apr 10. doi: 10.1007/s00253-021-11264-4.

2. Pavlovic J, Cavalieri D, Mastromei G, Pangallo D, Perito B, Marvasi M. MinION technology for microbiome sequencing applications for the conservation of cultural heritage. Microbiol Res. 2021 Feb 18;247:126727. doi: 10.1016/j.micres.2021.126727. Online ahead of print. PMID: 33652267.
3. Beani L, Mariotti Lippi M, Mulinacci N, Manfredini F, Cecchi L, Giuliani C, Tani C, Meriggi N, Cavalieri D*, Cappa F*. Altered feeding behavior and immune competence in paper wasps: A case of parasite manipulation? PLoS One. 2020 Dec 16;15(12):e0242486. doi: 10.1371/journal.pone.0242486. eCollection 2020.
4. Levi M, Miglietta A, Romeo G, Bartolacci S, Ariani F, Cipriani F, De Filippo C, Cavalieri D, Balzi D. Letter in response to article in journal of infection: Impact of routine infant BCG vaccination on COVID-19. J Infect. 2021 Jan;82(1):e41-e43. doi: 10.1016/j.jinf.2020.11.022. Epub 2020 Nov 26. PMID: 33248221.
5. Active microbial ecosystem in Iron-Age tombs of the Etruscan civilization. Cirigliano A, Mura F, Cecchini A, Tomassetti MC, Maras DF, Di Paola M, Meriggi N, Cavalieri D, Negri R, Quagliariello A, Hallsworth JE, Rinaldi T. Environ Microbiol. 2020 Nov 16. doi: 10.1111/1462-2920.15327. Online ahead of print.
6. Di Paola M, Meriggi N, Cavalieri D. Applications of Wild Isolates of Saccharomyces Yeast for Industrial Fermentation: The Gut of Social Insects as Niche for Yeast Hybrids' Production Front Microbiol. 2020 Oct 29;11:578425. doi: 10.3389/fmicb.2020.578425.
7. Cannicci S, Fratini S, Meriggi N, Bacci G, Iannucci A, Mengoni A, Cavalieri D. To the Land and Beyond: Crab Microbiomes as a Paradigm for the Evolution of Terrestrialization. Front Microbiol. 2020 Oct 7;11:575372. doi: 10.3389/fmicb.2020.575372. eCollection 2020.
8. Meriggi N, Di Paola M, Cavalieri D, Stefanini I. Saccharomyces cerevisiae - Insects Association: Impacts, Biogeography, and Extent. Front Microbiol. 2020 Jul 14;11:1629. doi: 10.3389/fmicb.2020.01629. eCollection 2020.

1. Kett S, Pathak A, Turillazzi S, Cavalieri D, Marvasi M. Antifungals, arthropods and antifungal resistance prevention: lessons from ecological interactions. Proc Biol Sci. 2021 Feb 10;288(1944):20202716. doi: 10.1098/rspb.2020.2716. Epub 2021 Feb 3. PMID: 33529557.

1. Cini A., Meriggi N., Bacci G., Cappa F., VItali F., Cavalieri D., Cervo R. Gut microbial composition in different castes and developmental stages of the invasive hornet Vespa velutina nigrithorax. Science of the Total Environment .Sci Total Environ. 2020 Nov 25;745:140873. doi: 10.1016/j.scitotenv.2020.140873. Epub 2020 Jul 15. (IF 6.551).
2. Di Paola M, Rizzetto L, Stefanini I, Vitali F, Massi-Benedetti C, Tocci N, Romani L, Ramazzotti M, Lionetti P, De Filippo C, Cavalieri D. Comparative immunophenotyping of Saccharomyces cerevisiae and Candida spp. strains from Crohn’s disease patients and their interactions with the gut microbiome. In press Journal of Translational Autoimmunity 3 (2020) 10036.       https://doi.org/10.1016/j.jtauto.2020.100036.
3. Kyrklund, Kristiina ; Sloots, Cornelius E J ; de Blaauw, Ivo ; Bjørnland, Kristin ; Rolle, Udo ; Cavalieri, Duccio ; Francalanci, Paola ; Fusaro, Fabio ; Lemli, Annette ; Schwarzer, Nicole ; Fascetti-Leon, Francesco ; Thapar, Nikhil ; Johansen, Lars Søndergaard ; Berrebi, Dominique ; Hugot, Jean-Pierre ; Crétolle, Célia ; Brooks, Alice S ; Hofstra, Robert M ; Wester, Tomas ; Pakarinen, Mikko P. ERNICA guidelines for the management of rectosigmoid Hirschsprung’s disease. Orphanet journal of rare diseases. 2020, Vol.15(1), p.164. ISSN: 1750-1172 , 1750-1172; DOI: 10.1186/s13023-020-01362-3. (IF 3.687).
4. Propolis hosts a diverse microbial community. Casalone, E., Cavalieri, D., Daly, G., Vitali, F., Perito, B. World Journal of Microbiology and Biotechnology. (2020) 36(3),50.
5. Meriggi N., Di Paola M., Vitali F., Rivero D., Cappa F., Turillazzi F., Gori A., Dapporto L., Beani L., Turillazzi S., Cavalieri D. Saccharomyces cerevisiae induces immune enhancing and shapes gut microbiota in social wasps. Frontiers in Microbiology. Front Microbiol. 2019 Oct 15;10:2320. doi: 10.3389/fmicb.2019.02320. eCollection 2019. (IF 4.259)
6. Fontana A, Panebianco C, Picchianti-Diamanti A, Laganà B, Cavalieri D, Potenza A, Pracella R, Binda E, Copetti M, Pazienza V. Gut Microbiota Profiles Differ among Individuals Depending on Their Region of Origin: An Italian Pilot Study. Int J Environ Res Public Health. 2019 Oct 23;16(21). pii: E4065. doi: 10.3390/ijerph16214065.PMID:31652705.
7. Modesto M, Satti M, Watanabe K, Puglisi E, Morelli L, Huang CH, Liou JS, Miyashita M, Tamura T, Saito S, Mori K, Huang L, Sciavilla P, Sandri C, Spiezio C, Vitali F, Cavalieri D, Perpetuini G, Tofalo R, Bonetti A, Arita M, Mattarelli P. Characterization of Bifidobacterium species in feaces of the Egyptian fruit bat: Description of B. vespertilionis sp. nov. and B. rousetti sp. nov. Syst Appl Microbiol. 2019 Sep 23:126017. doi: 10.1016/j.syapm.2019.126017. (IF 3.283).
8. Marvasi, M., Cavalieri, D., Mastromei, G., Casaccia, A., Perito, B. Omics technologies for an in-depth investigation of biodeterioration of cultural heritage. International Biodeterioration and Biodegradation 144,104736. (IF 3.824).
9. Butera A, Di Paola M, Vitali F, De Nitto D, Covotta F, Borrini F, Pica R, De Filippo C, Cavalieri D, Giuliani A, Pronio A, Boirivant M. IL-13 mRNA tissue content identifies two subsets of adult ulcerative colitis patients with different clinical and mucosa-associated microbiota profiles. J Crohns Colitis. 2020, Vol.14(3), p.369-380. ISSN: 1873-9946 ,1876-4479; DOI: 10.1093/ecco-jcc/jjz154. (IF 7.827).
10. Vitali F., Raio A., Sebastiani F. Cherubini P., Cavalieri D., Cocozza C. Environmental pollution effects on plant microbiota: the case study of poplar bacterial-fungal response to silver nanoparticles. Appl Microbiol Biotechnol. 2019 Aug 11. doi: 10.1007/s00253-019-10071-2. (IF 3.913).
11. Pini Prato A., Bartow-McKenney C., Hudspeth K., Mosconi M., Rossi V., Avanzini S., Faticato M. G., Ceccherini I., Lantieri F., Mattioli G., Larson D., Pavan W., De Filippo C., Di Paola M., Mavilio D., Cavalieri D. A Metagenomics Study on Hirschsprung's Disease Associated Enterocolitis: Biodiversity and Gut Microbial Homeostasis Depend on Resection Length and Patient's Clinical History.       Frontiers in Pediatrics, 2019 Aug 9;7:326. URL=https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fped.2019.00326 , DOI=10.3389/fped.2019.00326, ISSN=2296-2360.   (IF 2.349).
12. Raimondi S, Amaretti A, Gozzoli C, Simone M, Righini L, Candeliere F, Brun P, Ardizzoni A, Colombari B, Paulone S, Castagliuolo I, Cavalieri D, Blasi E, Rossi M, Peppoloni S. Longitudinal Survey of Fungi in the Human Gut: ITS Profiling, Phenotyping, and Colonization. Front Microbiol. 2019 Jul 10;10:1575. (IF 4.259)
13. Bradamante S., Rivero D., Barenghi L., Balsamo M., Minardi S.P, Vitali F., Cavalieri D., SCD – Stem Cell Differentiation Toward Osteoblast Onboard the International Space Station. Microgravity Science and Techonology.(2019), https://doi.org/10.1007/s12217-018-9653-2. (IF 1.40).
14. Butera A, Di Paola M, Pavarini L, Strati F, Pindo M, Sanchez M, Cavalieri D, Boirivant M, De Filippo C. Nod2 Deficiency in mice is Associated with Microbiota Variation Favouring the Expansion of mucosal CD4+ LAP+ Regulatory Cells. Sci Rep. 2018 Sep 24;8(1):14241.(IF 4.576).
15. Ramazzotti M, Stefanini I, Di Paola M, De Filippo C, Rizzetto L, Berná L, Dapporto L, Rivero D, Tocci N, Weil T, Lenucci MS, Lionetti P, Cavalieri D. Population genomics reveals evolution and variation of Saccharomyces cerevisiae in the human and insects gut. Environ Microbiol. 2019 Jan;21(1):50-71. doi: 10.1111/1462-2920.14422. Epub 2018 Nov 21.(IF 5.147)
16. Perito B., Cavalieri D. Innovative metagenomic approaches for detection of microbial communities involved in biodeteriorattion of cultural heritage, IOP Conference Series: Materials Science and Engineering. 2018, 364(1),012074.
17. Stefanini I, Cavalieri D. Metagenomic Approaches to Investigate the Contribution of the Vineyard Environment to the Quality of Wine Fermentation: Potentials and Difficulties. Front Microbiol. 2018 May 16;9:991. (IF 4.259)
18. Vitali F, Lombardo R, Rivero D, Mattivi F, Franceschi P, Bordoni A, Trimigno A, Capozzi F, Felici G, Taglino F, Miglietta F, De Cock N, Lachat C, De Baets B, De Tré G, Pinart M, Nimptsch K, Pischon T, Bouwman J, Cavalieri D; ENPADASI consortium. ONS: an ontology for a standardized description of interventions and observational studies in nutrition. Genes Nutr. 2018 Apr 30;13:12. (IF 2.883)
19. Strati F, Calabrò A, Donati C, De Felice C, Hayek J, Jousson O, Leoncini S, Renzi D, Rizzetto L, De Filippo C, Cavalieri D. Intestinal Candida parapsilosis isolates from Rett syndrome subjects bear potential virulent traits and capacity to persist within the host. BMC Gastroenterol. 2018 May 2;18(1):57. ISSN: 1471-230X , 1471-230X; DOI: 10.1186/s12876-018-0785-z. (IF 2.03)
20. Stefanini I, Rizzetto L, Rivero D, Carbonell S, Gut M, Heath S, Gut IG, Trabocchi A, Guarna A, Ben Ghazzi N, Bowyer P, Kapushesky M, Cavalieri D. Deciphering the mechanism of action of 089, a compound impairing the fungal cell cycle. Sci Rep. 2018 Apr 13;8(1):5964.(IF 4.576).
21. Cavalieri D., Di Paola M., Rizzetto L., Tocci N., De Filippo C., Lionetti P., Ardizzoni A., Colombari B., Paulone S., Gut I.G., Berna L., Gut M., Blanc J., Kapushesky M., Blasi E., Peppoloni S. Genomic and phenotypic variation in morphogenetic networks of two Candida albicans isolates subtends their different pathogenic potential. Front. Immunol. 2018 Jan 19;8:1997. (IF 6.429).
22. Carmona-Gutierrez D, Bauer MA, Zimmermann A, Aguilera A, Austriaco N, Ayscough K, Balzan R, Bar-Nun S, Barrientos A, Belenky P, Blondel M, Braun RJ, Breitenbach M, Burhans WC, Büttner S, Cavalieri D, Chang M, Cooper KF, Côrte-Real M, Costa V, Cullin C, Dawes I, Dengjel J, Dickman MB, Eisenberg T, Fahrenkrog B, Fasel N, Fröhlich KU, Gargouri A, Giannattasio S, Goffrini P, Gourlay CW, Grant CM, Greenwood MT, Guaragnella N, Heger T, Heinisch J, Herker E, Herrmann JM, Hofer S, Jiménez-Ruiz A, Jungwirth H, Kainz K, Kontoyiannis DP, Ludovico P, Manon S, Martegani E, Mazzoni C, Megeney LA, Meisinger C, Nielsen J, Nyström T, Osiewacz HD, Outeiro TF, Park HO, Pendl T, Petranovic D, Picot S, Polčic P, Powers T, Ramsdale M, Rinnerthaler M, Rockenfeller P, Ruckenstuhl C, Schaffrath R, Segovia M, Severin FF, Sharon A, Sigrist SJ, Sommer-Ruck C, Sousa MJ, Thevelein JM, Thevissen K, Titorenko V, Toledano MB, Tuite M, Vögtle FN, Westermann B, Winderickx J, Wissing S, Wölfl S, Zhang ZJ, Zhao RY, Zhou B, Galluzzi L, Kroemer G, Madeo F. Guidelines and recommendations on yeast cell death nomenclature. Microb Cell. 2018 Jan 1;5(1):4-31.
23. Milan M, Carraro L, Fariselli P, Martino ME, Cavalieri D, Vitali F, Boffo L, Patarnello T, Bargelloni L, Cardazzo B. Microbiota and environmental stress: how pollution affects microbial communities in Manila clams. Aquat Toxicol. 2017 Nov 27;194:195-207. (IF 4.344).
24. Tocci N., Weil T., Perenzoni D., Narduzzi L., Mãdrinan S., Crockett S., Nürk M.N., Cavalieri D., Mattivi F. Phenolic profile, chemical relationship and antifungal activity of Andean Hypericum species. Industrial Crops and Products February 2018, 112: 32–37. (IF 4.244).
25. Stefanini I., Albanese A., Sordo M., Legras J-L., De Filippo C., Cavalieri D., Donati C. (2017) SaccharomycesIDentifier, SID: strain-level analysis of Saccharomyces cerevisiae populations by using microsatellite meta-patterns, Sci Rep. 2017 Nov 10;7(1):15343. (IF 4.576).
26. Modesto M., Michelini S., Sansosti M.S., De Filippo C., Cavalieri D., Qvirist L., Andlid T., Spiezio C., Sandri C., Pascarelli S., Sgorbati B., Mattarelli P. Bifidobacterium callitrichidarum sp. nov. from the faeces of the emperor tamarin (Saguinus imperator).       Int J Syst Evol Microbiol. 2017 Nov 8.
27. De Filippo C, Di Paola M, Ramazzotti M, Albanese D, Pieraccini G, Banci E, Miglietta F, Cavalieri D, Lionetti P. Diet, Environments, and Gut Microbiota. A Preliminary Investigation in Children Living in Rural and Urban Burkina Faso and Italy. Front Microbiol. 2017 Oct 13;8:1979. (IF 4.259)
28. Lenci E., Stefanini I., Guarna A., Menchi G., Cavalieri D., Trabocchi A. Diversity-Oriented Synthesis and Chemical Genetics of Peptidomimetics to Address Lead Discovery of Anti-Infective Agents. Proceedings 2017, 1, 678; doi:10.3390/proceedings1060678.
29. Di Paola M, Sani C, Clemente AM, Iossa A, Perissi E, Castronovo G, Tanturli M, Rivero D, Cozzolino F, Cavalieri D, Carozzi F, De Filippo C, Torcia MG. Characterization of cervico-vaginal microbiota in women developing persistent high-risk Human Papillomavirus infection. Sci Rep. 2017 Aug 31;7(1):10200. doi: 10.1038/s41598-017-09842-6.(IF 4.576).
30. Weil T, Santamaría R, Lee W, Rung J, Tocci N, Abbey D, Bezerra AR, Carreto L, Moura GR, Bayés M, Gut IG, Csikasz-Nagy A, Cavalieri D, Berman J, Santos MAS. Adaptive Mistranslation Accelerates the Evolution of Fluconazole Resistance and Induces Major Genomic and Gene Expression Alterations in Candida albicans. mSphere. 2017 Aug 9;2(4). pii: e00167-17. doi: 10.1128/mSphere.00167-17. eCollection 2017 Jul-Aug. (IF 4.28).
31. Buschow S.I., Ramazzotti M., Reinieren-Beeren I M.J., Heinzerling L.M, Westdorp H., Stefanini I., Beltrame L., Hato S.V., Ellebæk E., Gross S., Nguyen V.A., Weinlich G, Ragoussis J., Baban D., Schuler-Thurner B., Svane I.M., Romani N., Austyn9 J.M., De Vries I.J.M, Schuler G., Cavalieri D., Figdor C.G. Survival of metastatic melanoma patients after dendritic cell vaccination correlates with expression of leukocyte phosphatidylethanolamine-binding protein 1 / Raf Kinase inhibitory protein. Oncotarget, online 29/06/2017, doi: 10.18632/oncotarget.18698. (IF 3.710).
32. Brilli M, Trabocchi A, Weil T, Cavalieri D, Stefanini I. Relations between Effects and Structure of Small Bicyclic Molecules on the Complex Model System Saccharomyces cerevisiae. Front Pharmacol. 2017 Mar 30;8:170. doi: 10.3389/fphar.2017.00170. eCollection 2017. (IF 4.225).
33. Stefanini I, Carlin S, Tocci N, Albanese D, Donati C, Franceschi P, Paris M, Zenato A, Tempesta S, Bronzato A, Vrhovsek U, Mattivi F, Cavalieri D. Core Microbiota and Metabolome of Vitis vinifera L. cv. Corvina Grapes and Musts. Front Microbiol. 2017 Mar 21;8:457. (IF 3.670).
34. Weil T, De Filippo C, Albanese D, Donati C, Pindo M, Pavarini L, Carotenuto F, Pasqui M, Poto L, Gabrieli J, Barbante C, Sattler B, Cavalieri D, Miglietta F. Legal immigrants: invasion of alien microbial communities during winter occurring desert dust storms. Microbiome. 2017 Mar 10;5(1):32. . (IF 11.607)
35. Strati F, Cavalieri D, Albanese D, De Felice C, Donati C, Hayek J, Jousson O, Leoncini S, Renzi D, Calabrò A, De Filippo C. New evidences on the altered gut microbiota in Autism specturm syndrome. Microbiome. 2017 Feb 22;5(1):24. (IF 11.607)
36. Bianco L, Riccadonna S, Lavezzo E, Falda M, Formentin E, Cavalieri D, Toppo S, Fontana P. Pathway Inspector: a pathway based web application for RNAseq analysis of model and non-model organisms. Bioinformatics. 2017 Feb 1;33(3):453-455. (IF 5.610)
37. Nicola L., Turco E., Albanese D., Donati C., Thalheimer M., Pindo M., Insam H., Cavalieri D, Pertot I. Fumigation with dazomet modifies soil microbiota in apple orchards affected by replant disease. Applied Soil Ecology, (2017) /5/1 (113), 71-79. ISSN: 1873-0272. (IF 1.84)
38. Ceni E, Mello T, Polvani S, Vasseur-Cognet M, Tarocchi M, Tempesti S, Cavalieri D, Beltrame L, Giada M, Pinzani M, Milani S, Galli A The orphan nuclear receptor COUP-TFII coordinates hypoxia-independent proangiogenic responses in hepatic stellate cells. J Hepatol. 2016 Nov 17. pii: S0168-8278(16)30650-X. doi: 10.1016/j.jhep.2016.11.003. (IF 18.946)
39. Di Paola M., Cavalieri D., Albanese D., Donati C., Sordo M., Pindo M., Pagnini I., Giani T., Simonini G., Paladini A., Lionetti P., De Filippo C., Cimaz R. Alteration of fecal microbiota profiles in juvenile idiopathic arthritis. Associations with HLA-B27 allele and disease status. Front. Microbiol. 2016 Oct 26;7:1703. (I.F 4.61).
40. Qvirist L.A., De Filippo C., Strati F., Stefanini I., Sordo M., Andlid T., Felis G.E., Mattarelli P., Cavalieri D. Isolation, identification and characterization of yeasts from fermented goat milk of the Yaghnob Valley in Tajikistan. Front. Microbiol. 2016 Nov 3;7:1690. (I.F 4.61).
41. Strati F, Cavalieri D, Albanese D, De Felice C, Donati C, Hayek J, Jousson O, Leoncini S, Pindo M, Renzi D, Rizzetto L, Stefanini I, Calabrò A, De Filippo C. Altered gut microbiota in Rett syndrome. Microbiome. 2016 Jul 30;4(1):41 (I.F 9.00).
42. Strati F., Di Paola M., Stefanini I., Albanese D., Rizzetto L., Lionetti P, Calabrò A., Jousson O., Donati C., Cavalieri D* and De Filippo C. Age and gender affect the composition of fungal population of the human gastrointestinal tract. Front. Microbiol. 2016 Aug 3;7:1227.doi: 10.3389/fmicb.2016.01227. (I.F 4.61).
43. Cavalieri D, Rizzetto L, Tocci N, Rivero D, Asquini E, Si-Ammour A, Bonechi E, Ballerini C, Viola R. Plant microRNAs as novel immunomodulatory agents. Sci Rep. 2016 May 11;6:25761. doi: 10.1038/srep25761.
44. Donati C, Zolfo M, Albanese D, Tin Truong D., Asnicar F., Iebba V., Cavalieri D., Jousson O., De Filippo :, Huttenhower C. & Segata N. Uncovering oral Neisseria tropism and persistence using metagenomic sequencing. Nat Microbiol. 2016 May 27;1(7):16070.
45. Dapporto L, Stefanini I, Rivero D, Polsinelli M, Capretti P, De Marchi P, Viola R, Turillazzi S, Cavalieri D. Social Wasp intestines host the local phenotypic variability of Saccharomyces cerevisiae strains. Yeast. 2016 Jul;33(7):277-87. (I.F 2.259).
46. Rizzetto L, Ifrim DC, Moretti S, Tocci N, Cheng SC, Quintin J, Renga G, Oikonomou V, De Filippo C, Weil T, Blok BA, Lenucci MS, Santos MA, Romani L, Netea MG, Cavalieri D. Fungal chitin induces trained immunity in human monocytes during cross-talk of the host with Saccharomyces cerevisiae. J Biol Chem. 2016 Apr 8;291(15):7961-72. doi: 10.1074/jbc.M115.699645. [Epub ahead of print] (IF 4.573)
47. Stefanini I., Dapporto L., Berna L., Polsinelli M., Turillazzi S., Cavalieri D. Social wasps are a Saccharomyces mating nest. Proc Natl Acad Sci US A. 2016 Feb 23;113(8):2247-51. doi: 10.1073/pnas.1516453113. (IF: 9.681).
48. Hoyer S, Kerstin F. Gerer, Isabell A. Pfeiffer, Sabrina Prommersberger, Sandra Höfflin, Tanushree Jaitly, Luca Beltrame, D. Cavalieri, Julio Vera, Gerold Schuler, Niels Schaft and Jan Dörrie Electroporated antigen-encoding mRNA is not a danger signal to human mature monocyte-derived dendritic cells. Journal of Immunology Research. 2015;2015:952184. doi: 10.1155/2015/952184. Epub 2015 Dec 28.
49. Stefanini I., Albanese D., Donati C., Franciosi E., Cavazza A., De Filippo C., Cavalieri D. Dynamic changes in microbiota and mycobiota during spontaneous "Vino Santo Trentino" fermentation. Microbial Biotechnology, 2016 Jan 18. doi: 10.1111/1751-7915.12337. (IF 3.02).
50. Ramazzotti M., Berna L., Donati C., Cavalieri D. riboFrame: An Improved Method for Microbial Taxonomy Profiling from Non-Targeted Metagenomics. Frontiers in Genetics, 17 November 2015 doi: 10.3389/fgene.2015.00329. (IF N.A.).
51. Barelli C., Albanese D., Donati C., Pindo M., Dallago C., Rovero F., Cavalieri D, Tuohy K.M., Hauffe H. C., De Filippo C. Habitat fragmentation is associated to gut microbiota diversity of an endangered primate: implications for conservation. (Nature) Sci Rep. 2015 Oct 7;5:14862. doi: 10.1038/srep14862. (IF 5.078).
52. Rizzetto L, Weil T, Cavalieri D. Systems Level Dissection of Candida Recognition by Dectins: A Matter of Fungal Morphology and Site of Infection. Pathogens. 2015 Aug 21;4(3):639-61. (IF N.A.).
53. Clemente AM, Rizzetto L, Castronovo G, Perissi E, Tanturli M, Cozzolino F, Cavalieri D, Fusi F, Cialdai F, Vignali L, Torcia MG, Monici M. Effects of near-infrared laser radiation on the survival and inflammatory potential of Candida spp. involved in the pathogenesis of chemotherapy-induced oral mucositis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2015 Jul 15. (IF 2.668).
54. Rizzetto L, De Filippo C, Cavalieri D (2015) Mycobiota: Micro-Eukaryotes Inhabiting Our Body as Commensals or Opportunistic Pathogens. Fungal Genom Biol 4:120. doi: 10.4172/2165-8056.1000120. (IF NA).
55. Rivero D, Berná L, Stefanini I, Baruffini E, Bergerat A, Csikász-Nagy A, De Filippo C, Cavalieri D. Hsp12p and PAU genes are involved in ecological interactions between natural yeast strains. Environ Microbiol. 2015 Aug;17(8):3069-81. doi: 10.1111/1462-2920.12950. (IF 6.021)
56. Angeletti S, Spoto S, Fogolari M, Cortigiani M, Fioravanti M, De Florio L, Curcio B, Cavalieri D, Costantino S, Dicuonzo G. Diagnostic and prognostic role of procalcitonin (PCT) and MR-pro-Adrenomedullin (MR-proADM) in bacterial infections. APMIS. 2015 Jun 8. (IF 2.042)
57. Goremykin VV, Nikiforova SV, Cavalieri D, Pindo M, Lockhart P. The root of flowering plants and total evidence. Syst Biol. 2015 Sep;64(5):879-91. doi: 10.1093/sysbio/syv028. Epub 2015 May 20. (IF 11.532).
58. Albanese D, Fontana P, De Filippo C, Cavalieri D, Donati C. MICCA: a complete and accurate software for taxonomic profiling of metagenomic data. (Nature) Sci Rep. 2015 May 19;5:9743. doi: 10.1038/srep09743. (IF 5.078)
59. Albanese D, De Filippo C, Cavalieri D, Donati C. Explaining diversity in metagenomic datasets by phylogenetic-based feature weighting. PLoS Comput Biol. 2015 Mar 27;11(3):e1004186. (IF 4.87)
60. Sonego P, Meysman P, Moretto M, Viola R, Laukens K, Cavalieri D, Engelen K. Comparative Analysis of Gene Expression: Uncovering Expression Conservation and Divergence Between Salmonella enterica Serovar Typhimurium Strains LT2 and 14028S. Methods Mol Biol. (2015);1231:125-35. doi: 10.1007/978-1-4939-1720-4_8. (I.F. 1.29).
61. Rizzetto L, De Filippo C, Cavalieri D. Richness and diversity of mammalian fungal communities shape innate and adaptive immunity in health and disease. Eur J Immunol. 2014 Sep 25. doi: 10.1002/eji.201344403. (I.F. 4.5)
62. De Filippo, C., Di Paola, M., Stefanini, I., Rizzetto, L., Berna, L., Ramazzotti, M., Dapporto, L., Rivero, D., Gut, I.G., Gut, M., Bayés, M., Legras, J.L., Viola, R., Massi-Benedetti, C., De Luca, A., Romani, L., Lionetti, P., Cavalieri, D. (2014). Population genomics of Saccharomyces cerevisiae human isolates: passengers, colonizers, invaders. BioX Riv, 2014 doi:101101/001891,2013 – Web Preprint.
63. Santarlasci V, Maggi L, Mazzoni A, Capone M, Querci V, Rossi MC, Beltrame L, Cavalieri D, De Palma R, Liotta F, Cosmi L, Maggi E, Romagnani S, Annunziato F. IL-4-induced gene 1 maintains high Tob1 expression that contributes to TCR unresponsiveness in human T helper 17 cells. Eur J Immunol. 2014 Mar;44 (I.F. 4.5)
64. Aldinucci A, Turco A, Biagioli T, Toma FM, Bani D, Guasti D, Manuelli C, Rizzetto L, Cavalieri D, Massacesi L, Mello T, Scaini D, Bianco A, Ballerini L, Prato M, Ballerini C. Carbon nanotube scaffolds instruct human dendritic cells: modulating immune responses by contacts at the nanoscale. Nano Lett. 2013 Nov 13. [Epub ahead of print] (IF 13.025)
65. Ferrarini M, Moretto M, Ward JA, Urbanovski N, Stevanovi V, Giongo L, Viola R, Cavalieri D, Velasco R, Cestaro A, Sargent DJ. An evaluation of the PacBio RS platform for sequencing and de novo assembly of a chloroplast genome. BMC Genomics. 2013 Oct 1;14(1):670. (IF 4.40)
66. Baur AS, Lutz MB, Schierer S, Beltrame L, Theiner G, Zinser E, Ostalecki C, Heidkamp G, Haendle I, Erdmann M, Wiesinger M, Leisgang W, Gross S, Pommer AJ, Kämpgen E, Dudziak D, Steinkasserer A, Cavalieri D, Schuler-Thurner B, Schuler G. Denileukin diftitox (ONTAK) induces a tolerogenic phenotype in dendritic cells and stimulates survival of resting Treg. Blood. 2013 Sep 26;122(13):2185-94. doi: 10.1182/blood-2012-09-456988. Epub 2013 Aug 19. (IF 9.60)
67. Rizzetto L, De Filippo C, Rivero D, Riccadonna S, Beltrame L, Cavalieri D. Systems biology of host-mycobiota interactions: Dissecting Dectin-1 and Dectin-2 signalling in immune cells with DC-ATLAS. Immunobiology. 2013 Nov;218(11):1428-37. Epub 2013 Jul 13. (IF 3.46).
68. Bezerra AR, Simões J, Lee W, Rung J, Weil T, Gut IG, Gut M, Bayés M, Rizzetto L, Cavalieri D, Giovannini G, Bozza S, Romani L, Kapushesky M, Moura GR, Santos MA. Reversion of a fungal genetic code alteration links proteome instability with genomic and phenotypic diversification. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Jun 17 (IF: 9.681).
69. Calura E, Fruscio R, Paracchini L, Bignotti E, Ravaggi A, Martini P, Sales G, Beltrame L, Clivio L, Ceppi L, Di Marino M, Fuso Nerini I, Zanotti L, Cavalieri D, Cattoretti G, Perego P, Milani R, Katsaros D, Tognon G, Sartori E, Pecorelli S, Mangioni C, D’Incalci M, Romualdi C, Marchini S. miRNA landscape in Stage I Epithelial Ovarian Cancer defines the histotype specificities. Clin Cancer Res. 2013 Jun 13. (IF 7.837)
70. Beltrame L, Bianco L, Fontana P, Cavalieri D. Pathway Processor 2.0: a web resource for pathway-based analysis of high-throughput data. Bioinformatics. 2013 Jul 15;29(14):1825-6. (IF 5.323)
71. Nikiforova SV, Cavalieri D, Velasco R, Goremykin V. Phylogenetic analysis of 47 chloroplast genomes clarifies the contribution of wild species to the domesticated apple maternal line. Mol Biol Evol. 2013 May 14. (IF 10.353)
72. Beltrame L, Bianco L, Fontana P, Cavalieri D. Pathway-based analysis of microarray and RNAseq data using Pathway Processor 2.0. Curr Protoc Bioinformatics. 2013 Mar; Chapter 7:Unit 7.6. (IF 2.1)
73. Ometto L, Cestaro A, Ramasamy S, Grassi A, Revadi S, Siozios S, Moretto M, Fontana P, Varotto C, Pisani D, Dekker T, Wrobel N, Viola R, Pertot I, Cavalieri D, Blaxter M, Anfora G, Rota-Stabelli O. Linking genomics and ecology to investigate the complex evolution of an invasive Drosophila pest. Genome Biol Evol. 2013;5(4):745-57. (IF 4.759).
74. Rizzetto L., Giovannini G., Bromley M, Bowyer P., Romani L., Cavalieri D., Strain dependent variation of immune responses to A. fumigatus: definition of pathogenic species. PLoS One. 2013;8(2):e5665. (IF: 4.41).
75. De Filippo C., Ramazzotti M., Fontana P., Cavalieri D. Bioinformatic approaches for functional annotation and pathway inference in metagenomics data. Briefings in Bioinformatics 2012 Nov;13(6):696-710. (IF 9.283)
76. Marchini S, Fruscio R, Clivio L, Beltrame L, Porcu L, Nerini IF, Cavalieri D, Chiorino G, Cattoretti G, Mangioni C, Milani R, Torri V, Romualdi C, Zambelli A, Romano M, Signorelli M, Giandomenico SD, D’Incalci M. Resistance to platinum-based chemotherapy is associated with epithelial to mesenchymal transition in epithelial ovarian cancer. Eur J Cancer. 2013 Jan;49(2):520-30. PMID: 22897840 (IF: 5.536).
77. Rizzetto L, Buschow SI, Beltrame L, Figdor CG, Schierer S, Schuler G, Cavalieri D. The modular nature of dendritic cell responses to commensal and pathogenic fungi. PLoS One. 2012;7(8):e42430. Epub 2012 Aug 3. PMID: 22879980 (IF: 4.41).
78. Stefanini I, Dapporto L, Legras JL, Calabretta A, Di Paola M, De Filippo C, Viola R, Capretti P, Polsinelli M, Turillazzi S, Cavalieri D. Role of social wasps in Saccharomyces cerevisiae ecology and evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Aug 14;109(33):13398-403. Epub 2012 Jul 30. (IF: 9.681).
79. Tierney L, Kuchler K, Rizzetto L, Cavalieri D. Systems Biology of Host-Fungus Interactions: Turning Complexity into Simplicity. Curr Opin Microbiol. 2012 Aug;15(4):440-6. Epub 2012 Jun 19. (IF: 8.25).
80. Vukich M., Ganga P.L., Cavalieri D., Rizzetto, L., Rivero D., Pollastri S., Mugnai S., Mancuso S., Pastorelli S., Lambreva M,, Antonacci A., Margonelli A., Bertalan I., Johanningmeier U., Giardi M.T., Rea G., Pugliese M., Quarto M., Roca V., Zanini A., Borla O., Rebecchi L., Altiero T., Guidetti R., Cesari M., Marchioro T., Bertolani R., Pace E., De Sio A., Casarosa M., Tozzetti L., Branciamore S., Gallori E., Scarigella M., Bruzzi M., Bucciolini M., Talamonti C., Donati A., Zolesi V. BIOKIS: A Model Payload for Multidisciplinary Experiments in Microgravity, Microgravity Sci. Technol., 24 (6):397-409;
81. Uboldi S, Calura E, Beltrame L, Fuso Nerini I, Marchini S, Cavalieri D, Erba E, Chiorino G, Ostano P, D’Angelo D, D’Incalci M, Romualdi C. A systems biology approach to characterize the regulatory networks leading to trabectedin resistance in an in vitro model of myxoid liposarcoma. PLoS One. 2012;7(4):e35423. Epub 2012 Apr 16 (I.F.4.41).
82. Santarlasci V, Maggi L, Capone M, Querci V, Beltrame L, Cavalieri D, D’Aiuto E, Cimaz R, Nebbioso A, Liotta F, De Palma R, Maggi E, Cosmi L, Romagnani S, Annunziato F. Rarity of human T helper 17 cells is due to retinoic acid orphan receptor-dependent mechanisms that limit their expansion. Immunity. 2012 Feb 24;36(2):201-14. Epub 2012 Feb 9. (IF: 22.13).
83. Sales G, Calura E, Cavalieri D, Romualdi C. graphite – a Bioconductor package to convert pathway topology to gene network. BMC Bioinformatics. 2012 Jan 31;13(1):20. [Epub ahead of print] (IF 3.3)
84. Ramazzotti M, Berná L, Stefanini I, Cavalieri D. A computational pipeline to discover highly phylogenetically informative genes in sequenced genomes: application to Saccharomyces cerevisiae natural strains. Nucleic Acids Res. 2012 May;40(9):3834-48. [Epub ahead of print] (IF 7.83)
85. Fekete T, Szabo A, Beltrame L, Vivar N, Pivarcsi A, Lanyi A, Cavalieri D, Rajnavölgyi E, Rethi B. Constraints for monocyte derived dendritic cell functions under inflammatory conditions. Eur J Immunol. 2012 Feb;42(2):458-69. (I.F. 4.5).
86. Splendiani A, Gündel M, Austyn JM, Cavalieri D, Scognamiglio C, Brandizi M. Knowledge sharing and collaboration in translational research, and the DC-THERA Directory. Brief Bioinform. 2011 Nov;12(6):562-75. Epub 2011 Oct 3. (IF 9.283)
87. Santamaría R, Rizzetto L, Bromley M, Zelante T, Lee W, Cavalieri D, Romani L, Miller B, Gut I, Santos M, Pierre P, Bowyer P, Kapushesky M. Systems biology of infectious diseases: a focus on fungal infections. Immunobiology. 2011;216(11):1212-27. (IF 3.46).
88. Sanseverino, C. Purificato, L. Conti, Varano, B.; Beltrame, L.; D. Cavalieri, M. C. Gauzzi, S. Gessani Manipulating human dendritic cells by STAT3 silencing to implement their use in cancer immunotherapy-Cytokine 01/2011; 56(1):14-14. (IF 3.21).
89. Rizzetto L, Cavalieri D. Friend or foe: using systems biology to elucidate interactions between fungi and their hosts. Trends Microbiol. 2011 Oct;19(10):509-15. [Epub 2011 Aug 24] (IF 8).
90. Beltrame L, Calura E, Popovici RR, Rizzetto L, Guedez DR, Donato M, Romualdi C, Draghici S, Cavalieri D. The Biological Connection Markup Language: a SBGN-compliant format for visualization, filtering and analysis of biological pathways. Bioinformatics. 2011 Aug 1;27(15):2127-33. Epub 2011 Jun 7 (IF 6.325).
91. Trabocchi A., Cavalieri D., Guarna A. Chemical genetics approach to drug discovery by Diversity-Oriented Synthesis (DOS) of peptidomimetics, Pure and Applied Chemistry, 2011, Vol. 83, Issue 3, pp. 687-698. (IF 2.128).
92. Cheng SC, van de Veerdonk FL, Lenardon M, Stoffels M, Plantinga T, Smeekens S, Rizzetto L, Mukaremera L, Preechasuth K, Cavalieri D, Kanneganti TD, van der Meer JW, Kullberg BJ, Joosten LA, Gow NA, Netea MG. The dectin-1/inflammasome pathway is responsible for the induction of protective T-helper 17 responses that discriminate between yeasts and hyphae of Candida albicans. J Leukoc Biol. 2011 Aug;90(2):357-66. Epub 2011 Apr 29. (IF 4.18).
93. Marchini S & Cavalieri D, Fruscio R., et al. Association between miR-200c and the survival of patients with stage I epithelial ovarian cancer: a retrospective study of two independent tumour tissue collections. Lancet Oncol. 2011 Mar;12(3):273-85. Epub 2011 Feb 21. (IF:17.64)
94. Cavalieri D, Rivero D, Beltrame L, Buschow SI, Calura E, Rizzetto L, Gessani S, Gauzzi MC, Reith W, Baur A, Bonaiuti R, Brandizi M, De Filippo C, D’Oro U, Draghici S, Dunand-Sauthier I, Gatti E, Granucci F, Gündel M, Kramer M, Kuka M, Lanyi A, Melief CJ, van Montfoort N, Ostuni R, Pierre P, Popovici R, Rajnavolgyi E, Schierer S, Schuler G, Soumelis V, Splendiani A, Stefanini I, Torcia MG, Zanoni I, Zollinger R, Figdor CG, Austyn JM. DC-ATLAS: a systems biology resource to dissect receptor specific signal transduction in dendritic cells. Immunome Res. 2010 Nov 19;6:10. (IF 5.33).
95. Trabocchi A., Stefanini I, Morvillo M.m, Ciofi L., Cavalieri D., Guarna A. Biochemical genetics approach to identify new small molecule modulators of cell growth by phenotypic screening of Saccharomyces cerevisiae strains with a library of morpholine-derived compounds. Org Biomol Chem. 2010 Dec 21;8(24):5552-7. Epub 2010 Oct 15. (IF=3.55)
96. Aldinucci A, Rizzetto L., Pieri L., Nosi D., Romagnoli P., Biagioli T., Mazzanti B., Saccardi, R., Beltrame L., Massacesi L., Cavalieri D. and Clara Ballerini. Inhibition of active immune synapse formation trough altered dendritic cell (DC) actin distribution: A new pathway of immune regulation by mesenchimal stem cells (MSCs), J Immunol. 2010 Nov 1;185(9):5102-10. (IF 6.00).
97. De Filippo C., Cavalieri D., Di Paola M., Ramazzotti M., Poullet J.B., Massart S., Pieraccini, G., Collini S., and Lionetti P. “Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa”. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Aug 17;107(33):14691-6. Epub 2010 Aug 2. (IF=9.43).
98. Rizzetto L. and Cavalieri D., A systems biology approach to the mutual interaction between yeast and the immune system. Immunobiology. 2010 Sep-Oct;215(9-10):762-9. Epub 2010 Jun 9. IF 3.46.
99. Stefanini I, Trabocchi A, Marchi E, Guarna A, Cavalieri D. A systems biology approach to dissection of the effects of small bicyclic peptidomimetics on a panel of Saccharomyces cerevisiae mutants. J Biol Chem. 2010 May 25. IF=5.52 .
100. Cavalieri D. Evolution of transcriptional regulatory networks in yeast populations 2010. Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. 2010 May;2(3):324-35. (IF TBA)
101. Tonini G., Baccini M., Cavalieri D. and Mini E., and Dolara P., Biggeri, A. (2010) Using regularization patterns from penalized regression in microarray experiments. Biomedical statistics and clinical epidemiology , 4 (1). pp. 35-46. ISSN 1973-2430
102. De Filippo C, Pini-Prato A, Mattioli G, Avanzini S, Rapuzzi G, Cavalieri D, Di Paola M, Stefanini I, Ceccherini I, Mavilio D, Lionetti P, Jasonni V. Genomics approach to the analysis of bacterial communities dynamics in Hirschsprung’s disease-associated enterocolitis: a pilot study. Pediatr Surg Int. 2010 Mar 20. IF 1.
103. Rizzetto L, Kuka M, De Filippo C, Cambi A, Netea MG, Beltrame L, Napolitani G, Torcia MG, D’Oro U, Cavalieri D. Differential IL-17 Production and Mannan Recognition Contribute to Fungal Pathogenicity and Commensalism. J Immunol. 2010 Apr 15;184(8):4258-68. Epub 2010 Mar 12. IF=6.0.
104. Buschow SI, Lasonder E, van Deutekom HW, Oud MM, Beltrame L, Huynen MA, de Vries IJ, Figdor CG, Cavalieri D. Dominant Processes during Human Dendritic Cell Maturation Revealed by Integration of Proteome and Transcriptome at the Pathway Level. J Proteome Res. 2010 Apr 5;9(4):1727-37. IF=5.68.
105. Cavalieri D, Calura E, Romualdi C, Marchi E, Radonjic M, Van Ommen B, Müller M. Filling gaps in PPAR-alpha signaling through comparative nutrigenomics analysis. BMC Genomics. 2009 Dec 11;10:596. IF=3.93.
106. Gamberi T, Magherini F, Borro M, Gentile G, Cavalieri D, Marchi E, Modesti A. Novel insights into phenotype and mitochondrial proteome of yeast mutants lacking proteins Sco1p or Sco2p. Mitochondrion. 2009 Apr;9(2):103-14. IF=4.26
107. Beltrame L, Rizzetto L, Paola R, Rocca-Serra P, Gambineri L, Battaglia C, Cavalieri D. Using pathway signatures as means of identifying similarities among microarray experiments. PLoS One. 2009;4(1):e4128. IF 4.41.
108. Marchi E, Cavalieri D. Yeast as a model to investigate the mitochondrial role in adaptation to dietary fat and calorie surplus. Genes Nutr. 2008 Dec;3(3-4):159-66. (IF 3.05).
109. Cavalieri D, Dolara P, Mini E, Luceri C, Castagnini C, Toti S, Maciag K, De Filippo C, Nobili S, Morganti M, Napoli C, Tonini G, Baccini M, Biggeri A, Tonelli F, Valanzano R, Orlando C, Gelmini S, Cianchi F, Messerini L, Luzzatto L. Analysis of gene expression profiles reveals novel correlations with the clinical course of colorectal cancer. Oncol Res. 2007;16(11):535-48. IF 1.45.
110. Brown K.M., Landry C.R., Hartl D.L. and Cavalieri D. Cascading transcriptional effects of a naturally occurring frameshift mutation in Saccharomyces cerevisiae. Mol Ecol. 2008 Jun;17(12):2985-97. IF 5.33.
111. van Ommen B, Cavalieri D, Roche HM, Klein UI, Daniel H. The challenges for molecular nutrition research 4: the “nutritional systems biology level”. Genes Nutr. 2008 Dec;3(3-4):107-13. Epub 2008 Sep 30. (IF 3.05)
112. Lotito L, Russo A, Chillemi G, Bueno S, Cavalieri D, Capranico G. J. Global transcription regulation by DNA topoisomerase I in exponentially growing Saccharomyces cerevisiae cells: activation of telomere-proximal genes by TOP1 deletion J. Mol Biol. 2008 Mar 21;377(2):311-22. (IF=4.14)
113. Biggeri A, Dreassi E, Lagazio C, Toti S, De Filippo C, Cavalieri D (2008) Hierarchical Bayesian Modelling of Multiple Arrays Experiments, BioMedical Statistics and Clinical Epidemiology, 2, 1, 47-55 (IF TBA).
114. Salathia N, Lee HN, Sangster TA, Morneau K, Landry CR, Schellenberg K, Behere AS, Gunderson KL, Cavalieri D, Jander G, Queitsch C. Indel arrays: an affordable alternative for genotyping. Plant J. 2007 Aug;51(4):727-37. Epub 2007 Jul 20. (IF=6.49).
115. Cavalieri D., Castagnini C., Toti S., Maciag K., Kelder T., Gambineri P., Angioli S. and Dolara P. Eu.Gene. Analyzer a tool for integrating gene expression data with pathway databases. Bioinformatics. 2007 Oct 1;23(19):2631-2. IF=4.33.
116. Gamberi T, Cavalieri D, Magherini F, Mangoni ML, De Filippo C, Borro M, Gentile G, Simmaco M, Modesti A. An integrated analysis of the effects of Esculentin 1-21 on Saccharomyces cerevisiae. Biochim Biophys Acta. 2007 Jun;1774(6):688-700. (IF 2.2).
117. Sardi I, Cavalieri D, Massimino M. Emerging treatments and gene expression profiling in high-risk medulloblastoma. Paediatr Drugs. 2007;9(2):81-96. Review.
118. Christian R. Landry, Jeffrey P. Townsend, Daniel L. Hartl and Cavalieri D. Ecological and Evolutionary Genomics of Saccharomyces cerevisiae (2006) Mol Ecol. 2006 Mar;15(3):575-91. (IF. 5.33).
119. Landry CR, Oh J, Hartl DL, Cavalieri D. Genome-wide scan reveals that genetic variation for transcriptional plasticity in yeast is biased towards multi-copy and dispensable genes. Gene. 2006 Feb 1;366(2):343-51. (IF 2.58).
120. Cavalieri D., De Filippo C., Bioinformatic methods for integrating whole-genome expression results into cellular networks. Drug Disc Today 2005, 10:727-734. (IF 6.62).
121. Giuntini E, Mengoni A, De Filippo C, Cavalieri D, Aubin-Horth N, Landry CR, Becker A, Bazzicalupo M Large-scale genetic variation of the symbiosis-required megaplasmid pSymA revealed by comparative genomic analysis of Sinorhizobium meliloti natural strains. BMC Genomics. 2005 Nov 10;6:158.(IF 3.93)
122. Luceri C, De Filippo C, Giovannelli L, Blangiardo M, Cavalieri D, Aglietti F, Pampaloni M, Andreuccetti D, Pieri L, Bambi F, Biggeri A, Dolara P. Extremely low-frequency electromagnetic fields do not affect DNA damage and gene expression profiles of yeast and human lymphocytes. Radiat Res. 2005 Sep;164(3):277-85. (IF 3.04).
123. Kandror O, Bretschneider N, Kreydin E, Cavalieri D, Goldberg AL. Yeast adapt to near-freezing temperatures by STRE/Msn2,4-dependent induction of trehalose synthesis and certain molecular chaperones. Mol Cell. 2004 Mar 26;13(6):771-81. (IF 14.44).
124. Cavalieri D, Grosu P. Integrating whole-genome expression results into metabolic networks with Pathway Processor. Curr Protoc Bioinformatics. 2004 May;Chapter 7:Unit 7.6. (IF TBA)
125. Leung, JF., Cavalieri D., Fundamentals of Microarray Data Analysis, (2003). Trends in Genetics, 19 (11):649-659. (IF.9.95).
126. Cavalieri D, McGovern PE, Hartl DL, Mortimer R, Polsinelli M. Evidence for S. cerevisiae fermentation in ancient wine. J Mol Evol. 2003;57 Suppl 1:S226-32. (IF 2.76)
127. Townsend JP, Cavalieri D, Hartl DL. Population genetic variation in genome-wide gene expression. Mol Biol Evol. 2003 Jun;20(6):955-63. (IF 7.3).
128. Ball CA, Sherlock G, Parkinson H, Rocca-Sera P, Brooksbank C, Causton HC, Cavalieri D, Gaasterland T, Hingamp P, Holstege F, Ringwald M, Spellman P, Stoeckert CJ Jr, Stewart JE, Taylor R, Brazma A, Quackenbush J; Microarray Gene Expression Data. The underlying principles of scientific publication. Bioinformatics. 2002 Nov;18(11):1409. Review. (IF 6.325)
129. Ball CA, Sherlock G, Parkinson H, Rocca-Sera P, Brooksbank C, Causton HC, Cavalieri D, Gaasterland T, Hingamp P, Holstege F, Ringwald M, Spellman P, Stoeckert CJ Jr, Stewart JE, Taylor R, Brazma A, Quackenbush J; Microarray Gene Expression Data (MGED) Society. Standards for microarray data. Science. 2002 Oct 18;298(5593):539. (IF= 30.028).
130. Ball CA, Sherlock G, Parkinson H, Rocca-Sera P, Brooksbank C, Causton HC, Cavalieri D, Gaasterland T, Hingamp P, Holstege F, Ringwald M, Spellman P, Stoeckert CJ Jr, Stewart JE, Taylor R, Brazma A, Quackenbush J; Microarray Gene Expression Data (MGED) Society. A guide to microarray experiments-an open letter to the scientific journals. The Lancet, Volume 360, Issue 9338, Page 1019, 28 September 2002. (IF=33.633).
131. Grosu P, Townsend JP, Hartl DL, Cavalieri D. Pathway Processor: a tool for integrating whole-genome expression results into metabolic networks. Genome Res. 2002 Jul;12(7):1121-6. IF=10.176
132. Sebastiani F, Barberio C, Casalone E, Cavalieri D, Polsinelli M. Crosses between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces bayanus generate fertile hybrids. Res Microbiol. 2002 Jan-Feb;153(1):53-8. (IF=2.65).
133. Cavalieri D, De Filippo C, Grosu P, and Biggeri A. (2002) Making sense of whole genome expression data: microarray databases and tools for integrating whole-genome expression results into cellular networks. Minerva Biotech, 14:291-304. (IF=0.2).
134. Roselli G., Petruccelli R, Polsinelli L., Cavalieri D., (2002) Genetic Variability in Olea Europea sp. Journal of Genetics and Breeding Vol 56. (IF=0.2).
135. Schaus SE, Cavalieri D, Myers AG. Gene transcription analysis of Saccharomyces cerevisiae exposed to neocarzinostatin protein-chromophore complex reveals evidence of DNA damage, a potential mechanism of resistance, and consequences of prolonged exposure. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Sep 25;98(20):11075-80. (IF=9.43).
136. Barberio C, Pagliai L, Cavalieri D, Fani R. Biodiversity and horizontal gene transfer in culturable bacteria isolated from activated sludge enriched in nonylphenol ethoxylates. Res Microbiol. 2001 Jan-Feb;152(1):105-12. (IF=2.06).
137. De Filippo C and Cavalieri D., (2001) Yeast in the post genomic era: Use of DNA microarrays to study stress response, response to drugs and alkylating agents in S.cerevisiae. Minerva Biotech. v. 13(#4) pp. 249-254. (IF=0.2).
138. Cavalieri D., Townsend J. P. & Hartl D. L. (2000) Manifold anomalies in gene expression in a vineyard isolate of Saccharomyces cerevisiae revealed by DNA microarray analysis. Proc Natl Acad Sci USA.; 97:12369-12374. (IF=9.43).
139. Casalone E, Barberio C, Cavalieri D, Polsinelli M. Identification by functional analysis of the gene encoding alpha-isopropylmalate synthase II (LEU9) in Saccharomyces cerevisiae. Yeast. 2000 Apr;16(6):539-45. (IF=2.62).
140. Casalone E, Barberio C, Cavalieri D, Ceccarelli I, Riparbelli M, Ugolini S, Polsinelli M. Disruption and phenotypic analysis of six novel genes from chromosome IV of Saccharomyces cerevisiae reveal YDL060w as an essential gene for vegetative growth. Yeast. 1999 Nov;15(15):1691-701. (IF=2.62).
141. Bendoni B, Cavalieri D, Casalone E, Polsinelli M, Barberio C. Trifluoroleucine resistance as a dminant molecular marker in transformation of strains of Saccharomyces cerevisiae isolated from wine. FEMS Microbiol Lett. 1999 Nov 15;180(2):229-33. (IF=2.02).
142. Cavalieri D, Casalone E, Bendoni B, Fia G, Polsinelli M, Barberio C. Trifluoroleucine resistance and regulation of alpha-isopropyl malate synthase in Saccharomyces cerevisiae. Mol Gen Genet. 1999 Feb;261(1):152-60. (IF=2.84).
143. Cavalieri D., C. Barberio ,E. Casalone, F. Pinzauti, F. Sebastiani, R.K. Mortimer, M. Polsinelli. (1998) Genetic and molecular Diversity in S. cerevisiae natural populations. Food Technol. Biotechnol., 36 (1) 45-50. (IF=1.23).
144. Casalone E, Fia G, Barberio C, Cavalieri D, Turbanti L, Polsinelli M. Genetic and biochemical characterization of Saccharomyces cerevisiae mutants resistant to trifluoroleucine. Res Microbiol. 1997 Sep-Oct;148(7):613-23. (IF=2.06).
145. R., Fani, E.Tamburini, E., Mori, A., Lazcano, P., Liò, C., Barberio, E., Casalone, D.Cavalieri, B., Perito and M., Polsinelli (1997). Paralogous histidine biosynthetic genes: evolutionary analysis of the Saccharomyces HIS6 and HIS7 genes. Gene, 197, 9-17. (IF=2.58).
146. Paffetti D, Barberio C, Casalone E, Cavalieri D, Fani R, Fia G, Mori E, Polsinelli M. DNA fingerprinting by random amplified polymorphic DNA and restriction fragment length polymorphism is useful for yeast typing. Res Microbiol. 1995 Sep;146(7):587-94. (IF= 2.65).
147. Bogani P., Cavalieri D., Petruccelli R., Polsinelli L., Roselli G. (1994), Identification of olive tree cultivars by using Random Amplified Polymorphic DNA. Acta Hort., 356, 98-101.

Pubblicazioni per esteso senza peer review.

1. Cavalieri D., De Filippo C., Lebboroni M., Rustioni M., Tuoni G., Ciofi D., Oliva G., Gargini A. e De Filippo G.B. (1997), Il fiume Pesa, la Fitodepurazione. Analisi integrata del Territorio. Comune di Tavarnelle Val di Pesa, pp1-158, Firenze, Settembre 1997.
2. Mario Polsinelli, Claudia Barberio, Enrico Casalone, Duccio Cavalieri. (1998) Le tecnologie biomolecolari nello studio della biodiversità dei lieviti. I Georgofili, Quaderni 1998-VII, 37-64.
3. Duccio Cavalieri, (1998) tesi di Dottorato di Ricerca in Scienze Genetiche (Genetica e Biologia Molecolare) X ciclo, “Isolamento e caratterizzazione genetico-molecolare di mutanti di Saccharomyces cerevisiae resistenti alla 5,5,5-trifluoro-DL leucina e identificazione del gene codificante l’-isopropil-malato sintetasi II” febbraio 1998. Biblioteca del dipartimento di Genetica di Pavia, Biblioteca del dipartimento di Biologia Animale e Genetica di Firenze, Biblioteca Nazionale Centrale di Roma e Firenze.
4. Duccio Cavalieri (2000) La Variabilità in popolazioni naturali di lieviti da vino. (Variability in natural populations of wine yeasts) In “I nostri Lieviti dalla vite al vino”, pag 50-62, Aida edizioni, luglio 2000.
5. Jeffrey Townsend and Duccio Cavalieri Cover Page Image, and paragraph 13.8 page 578-580 Functional Genomics in Chapter 13 Genetic Ingeneering and Genomics, in Genetics-Analysis of Genes and Genomes from DL Hartl and EW Jones, 2001, Jones and Bartlett Publishers Sudbury MA.
6. Hartl, D.L., C.D. Meiklejohn, C.I. Castillo-Davis, D. Cavalieri, J.M. Ranz, and J.P. Townsend, (2003). Expression Profiling in Evolutionary Genetics. In The Evolution of Population Biology: Modern Synthesis, pp74-93 Eds. R. K. Singh and M. K. Uyenoyama. Cambridge University Press, Cambridge.
7. Cavalieri D., Grosu P. (2004) Pathway Processor a tool to integrate whole genome information into metabolic networks. Current Protocols in Bioinformatics Wiley and sons Inc., March 2004.
8. Biggeri A, Cavalieri D, Dreassi E, Lagazio C, Toti S (2004) Hierarchical Bayesian Modelling of Multiple Arrays Experiments, Note di ricerca del Dipartimento di Statistica dell’Università di Udine, 11.04.
9. Duccio Cavalieri e Carlotta De Filippo, "Microorganismi cibo e ambiente: un equilibrio da scoprire". Info Intesa Nr 233 Dicembre 2012, www.intesa.unifarm.it.
10. Carlotta De Filippo, Duccio Cavalieri, Paolo Lionetti. The Effect of Diet on Gut Microbiota in Humans Living in Different Environments: A Metagenomic Approach. 279-297. In Genomics Applications for the Developing World, Springer. ISBN 978-1-4614-2181-8-DOI 10.1007/978-1-4614-2182-5-2012.
11. Kieran M. Tuohy, Paola Venuti, Simone Cuva, Cesare Furlanello, Mattia Gasperotti, Andrea Mancini, Florencia Ceppa, Duccio Cavalieri, Carlotta de Filippo, Urska Vrhovsek, Francesca Fava. “ Diet and the gut microbiota – how the gut:brain axis impacts on autism” in “Diet-Microbe Interactions in the Gut”, 2014 Publisher: Elsevier, Editor: Kieran Tuohy & Daniele Del Rio, ISBN: 978-0-12-407825-3
12. Irene Stefanini, Carlotta De Filippo, Duccio Cavalieri. Yeast as a model in High Throughput Screening of Small Molecule Libraries. In Diversity Oriented Synthesis, Wiley, ISBN 978-1-118-14565. 4QD262.D58 2013. Pag. 455-482.
13. Franco Miglietta, Duccio Cavalieri, Alla ricerca dei "vecchi amici" fascicolo: Sapere - numero 2 - marzo/aprile 2014 - pp. 34-38 editore: edizioni Dedalo - Bari – Italia DOI: 10.12919/sapere.2014.02.5.
14. Duccio Cavalieri. Vivere bene col nostro micobiota: candidiasi, dieta e altre infezioni fungine ricorrenti. Info Intesa Nr 265 Agosto 2015, www.intesa.unifarm.it.

BREVETTI

Patent (PCT 16042015-2014) from Fondazione Mach, Plant sRNA extract for use as an immunosuppressive agent. Roberto Viola, Duccio Cavalieri, Lisa Rizzetto, Azzedine Siammour.

Seminari e presentazioni orali a convegni su invito con pubblicazione di Abstract. 1. Duccio Cavalieri, Genetic and molecular diversity in Saccharomyces cerevisiae natural population. International Specialised Symposium on Yeast" Bled, Slovenia 24th – 29th/08/1997. 2. Cavalieri, D., Keynote Lecture Evolutionary Genomics of Natural Populations of S. cerevisiae, congresso "Molecular Evolution", ESEB-ASEB (European Society o Evolutionary Biology) Sorrento, Napoli 13-16/6/2002. 3. D.Cavalieri. Relatore su invite al “Symposium on The Evolution of Gene Regulation”, IGERT, Eugene Oregon, "Evolutionary and environmental genomics of yeast", 13/03/2004 4. Duccio Cavalieri, Christmas lecture: Keynote speaker, "Genetic variation in the transcriptional and metabolic plasticity of yeast responses to toxicants", National Institute of Environmental Health Sciences, NIEHS, Research Triangle Park, North Carolina (USA), 16/12/2004. 5. Duccio Cavalieri. Plenary Lecture "Reconstructing regulatory networks through the integration of gene expression data in cellular pathways", 1st Nutrigenomics Conference European Nutrigenomics Organization, Wageningen, The Netherlands, 8-10/09/2004. 6. Duccio Cavalieri, invited lecture "Structural and functional variation in S. cerevisiae populations on a genome scale", Department of Genetics, Leicester University (UK), 12 /11/2004. 7. Duccio Cavalieri Invited Lecture: "Genetic variation for phenotypic plasticity", Center for Clinical and Scientific Research, Stanford University, Stanford, CA (USA), 15-23/03/2005. 8. Duccio Cavalieri. "Progress in Pathway based analysis of nutrigenomics data". NuGo meeting, Monaco, Germania, 27-29/01/2005. 9. Duccio Cavalieri., S.cerevisiae as a model in nutritional systems biology. Second European Nutrigenomics Conference. International Conference Center Il Ciocco, Lucca, Italy, Book of Abstracts, 12/09/05. 10. Duccio Cavalieri. Speaker, Organizer and Chair, "A Pathway logic to genomics", NuGO workshop "Pathway analysis and genome wide expression sets", Second European Nutrigenomics Conference, Castelvecchio Pascoli, Italy 12-18/09/05.

1. 12. Duccio Cavalieri, Eugene a Bioinformatics tool for pathway-based analysis of nutrigenomics data. Third European Nutrigenomics Conference Keble College Oxford UK Book of abstract p. 42, 12-15/09/2006 13. Duccio Cavalieri, Bioinformatic Methods for Pathway Based Analysis of genomics data: A comparative Analysis. Mini Symposium on Stem Cells and Immunity, Debrecen, Hungary, 11/05/2007 14. Duccio Cavalieri "A mitochondrial perspective to comparative nutritional systems Biology", Fourth European Nutrigenomics Conference OSLO 05/09/2007. 15. Duccio Cavalieri, Organizer, Chair and Speaker,"EuGene a method for Pathway Based Analysis and Representation for the Dendritic Cell". Fifth DC-Thera Annual Meeting Athens, 14-16/04/08. 16. Duccio Cavalieri-"From Genomics data to cancer cell Biology". Chair Silvio Garattini, Organizer Lucio Luzzatto, Istituto Toscano Tumori (ITT), Palazzo dei Congressi Firenze, Italy, International Symposium on "Cancer genotypes, Cancer phenotypes", 5/07/2008, 17. Duccio Cavalieri, "Comparative Nutritional Systems Biology"-Fifth European Nutrigenomics Conference, September 2-5 2008, Potsdam, Germany. 18. Duccio Cavalieri, “Evolution of transcriptional regulatory networks in yeast populations” International Meeting "Microarray and Gene Expression Data Society", Riva del Garda, Italy 1-4/09/08. 19. Duccio Cavalieri, "An ecological perspective to the investigation of the Evolution and Variation of the yeast transcriptome". EMBO Workshop on Evolutionary and Environmental Genomics of Yeasts, EMBL Heidelberg, 1-5 October 2008. 20. Duccio Cavalieri Pathway analysis, an overview, and Chair Parallel Workshop, Bioinformatics and Genomics, FISV 2008 X annual congress 24-25 September 2008. 21. Duccio Cavalieri, "Dissecting dendritic cells to fungi by using a systems biology approach" Invited Speaker, Paris, Institute Curie, 04/11/08.
2. 23. Duccio Cavalieri: A systems biology approach to dissect genomic responses of dendritic cells to fungi. 23rd annual meeting of the European Macrophage and Dendritic Cells Society, EMDS. Regensburg, Germany, 24-26 September 2009. 24. Duccio Cavalieri: "Pathway Signatures of the DC transcriptome: towards a systems approach to the immune response", "Mini Symposium: Systems Biology Approaches to Elucidate Immune Functions", December 7th. 2009, Novotel Erlangen.
3. Duccio Cavalieri: “Role of transposable elements in shaping the wine yeast Transcriptome”, GDRE “Comparative Genomica” Amphiteatre du CNRS,Universite Lyon 1 La Doua, 16/10/09. 25. Duccio Cavalieri. "Pathway Analysis in Nutrigenomics". Conference, "Quantification of individual health status and micronutrient requirements based on plasma metabolomics and multiple biomarkers". 30 November-2 December 2009, Park Hotel Ai Pini, Mestre (Venice), Italy 27. Duccio Cavalieri: "Evolution of transcriptional Regulatory Networks in Yeast Populations". European Society of Evolutionary Biology, "ESEB" Meeting, 26-28/08/2009 Torino.
4. 29. Duccio Cavalieri, Nugoweek 2010, The Beardmore Hotel Clydebank, Glasgow, 31 August-September 3rd 2010. Keynote Invited Speaker, Debate: The Future of Personalized Nutrition. 30. Duccio Cavalieri: "Yeast as a model in Nutritional Systems Biology: a hole genome parallel phenotyping approach. Keynote Invited Speaker, 2nd Florence Conference on Phenotype Microarray Analysis of Microorganisms. P16. September 13-15 2010. 31. Duccio Cavalieri: "Evolutionary Systems Biology of Mitochondrial Function in Yeast”. Keynote Invited Speaker, conference "Yeast and Evergreen Model", Roma 23-25 September 2010. 32. Duccio Cavalieri, Invited Speaker- The mutual interaction between yeast and immune cells as a tool to study “S. cerevisiae” evolution: Experimental approaches to evolution and ecology using yeast, EMBO Conference Series, Heidelberg 29/09-3/10-2010 (1st). 33. Duccio Cavalieri, Organizer, Chair and Speaker, "A Systems Biology approach to development of predictive markers for DC-Based Immunotherapy", Dendritic Cells for Novel Immunotherapies, Network of Excellence DC-THERA, Final Annual Network Meeting. Athens, 5-7/05/2010. 34. Duccio Cavalieri, Workshop 9 Systems Biology of Infectious Disease and Immunity, Pathogenic fungi and the human immune system " Proceedings of the 11th International Conference on Systems Biology, (ICSB) Edinburgh 12-16 October 2010. 35. Duccio Cavalieri-Metagenomic approaches to dissect the effect of diet on gut microflora. Next Generation Sequencing Workshop, Bari 6-8 October 2010. 36. Duccio Cavalieri: "The impact of diet on gut microbiota of children from Europe and rural Africa ECEM 2011, 7th European Conference on Ecological Modeling, 30 may-2 june 2011, Riva Del Garda. 37. Duccio Cavalieri: "The impact of diet on gut microbiota of children from Europe and rural africa" SIGMBM General Meeting, PISA, 21-24/09/2011. 38. Duccio Cavalieri: Using next generation sequencing to understand the evolution of multicellularity in S. cerevisiae: Molecular Evolution in the Genomic Era Conference, Rome 30/09-01/10-2011. 39. Duccio Cavalieri "A Systems Biology approach to the dissection of the pathways regulating immune discrimination of fungi." Gordon Research Conference 2011 – Immunology of Fungal Infections, 16-21 January 2011, Galveston Island, Texas. 40. Duccio Cavalieri, Keynote Plenary Lecture, "The impact of diet on gut microbiota of children from Europe and rural Africa", American Society of Microbiology, ASM General Meeting, New Orleans 19-23 May 2011. 41. Chair Convegno AGI, SIBV, SIGA, Assisi Mercoledì 21 settembre 2011, Session V - Systems biology. 42. Chair Simposio Metagenomica e membro dello Scientific Commitee del 29 meeting SIMGBM Pisa 21-23 Settembre 2011. 43. XI congresso FISV, 24-27 September 2012, Chair session Synthetic and Systems Biology. 44. Duccio Cavalieri 'Gut microflora, diet and immune function in health and disease' Staff Seminar, 29 october 2012, The Rowett Institute, University of Aberdeen Rowett Institute of Nutrition and Health, Greenburn Road, Bucksburn, Aberdeen, Scotland. 14.
11. S. cerevisiae”, Carlsberg Laboratory, Carlsberg Laboratory Scientific Lectures Cycle, Copenhagen, Carlsberg research Center, January 31st 2014.
15. prions in yeast. Convegno CSSA 2014, Cell Stress: Survival and Apoptosis, Bertinoro, Italy, 30-31 May 2014.
16. ISSY 2014, October 9-12, 2014 Nova Gorica, Slovenia.
17. Titolo Relazione, Metagenomics approaches to MS How the Gut microbiota influences immune response. 15-17 Gennaio 2015. 58.Organizzatore, chair, speaker e award winner, Symbiomes: Systems Biology of Host Microbe Interactions, ESF-EMBO, 5-10 june 2015, Pultusk Poland, http://symbiomes.esf.org/chairs-speakers.html. Titolo relazione: "Out of Africa: Diet globalization and the human gut microbiome".
18. www.yeast2015.eu. Titolo Relazione:"Symbiomes: yeast ecology revisited".https://eventi.fmach.it/YEAST2015/Program.
19. Titolo relazione: “Systems biology of host-microbiota interactions.”
20. Papendal Hotel and Conference Centre, Arnhem. Titolo della relazione:“Role of Wasps gut in fungal ecology and evolution”
21. Titolo della presentazione 'The Challenge of Big Data'.
22. An evolutionary perspective to Host microbe interactions in insects.” 6 luglio 2016, La Specola, Via Romana 17, Firenze. Titolo relazione: Symbiomes, Darwinism in the metagenomics era.
24. Titolo della relazione: Saccharomyces cerevisiae as a model in evolutionary systems biology.
25. E Plenary Symposium (Aula Magna) Chair: Systems Biology: from Genetic Networks to Organismal Functions.
34. “
36. Titolo Lezione: Microbiota Gender and Immunity.
39. ^th GIM Genetics of Industrial Microorganisms, 8-11/9/2019. Pisa.

Conferenze internazionali organizzate o coordinate in qualità di chair

7. Chair of the Session 7-Host Fungal Interactions.
13. www.yeast2015.eu.

14-Membro del comitato organizzatore del ICBO food ontology workshop, parte del 11th International Conference on Biomedical Ontologies, (ICBO), Bolzano, 16/9/2020 – 19/9/2020.

15-Membro dello Scientific Program Committee di Big Food and Nutrition Data Management and Analysis 2020, BFNDMA 2020. http://cs.ijs.si/bfndma/2020/BFNDMA.html, che si terrà dal 10 al 13 dicembre 2020 a Atlanta USA.

FINANZIAMENTO di PROGETTI DI RICERCA SU BANDI COMPETITIVI in ordine cronologico.

1. 2001-2004 Startup Package, 500.00 USD, Capo Unità (PI) di “Yeast Functional Genomics” del Bauer Center for Genomics Research, Harvard University, NIH center of excellence 2010 program, Bauer Center for Genomics Research (Harvard).
2. Università degli Studi di Firenze, progetto giovani ricercatori 2001. “Studio dell’espressione di geni di interesse enologico in ceppi di Saccharomyces cerevisiae mediante l’uso di DNA-microarray”. 12 milioni lire.
3. Co-PI-NSF-National Science Foundation Arabidopsis 2010 grant 0313473 (2004-2005). 150.000 dollars.
4. NUGO-EU FP6- Project ID 506360 Network of Excellence-(NOE) Duccio Cavalieri CoPi-WP leader-2003-2009(NUGO-EU 6th FP Network of Excellence-(NOE) Partecipant-WP leader-2003-2009.( http://cordis.europa.eu/project/rcn/74154_en.html) 400.000 Eu.
5. DC-THERA (Dendritic Cells for Novel Immunotherapies) EU FP6 NOE- Project ID: 512074-Duccio Cavalieri PI, WP leader-Governing Council Member-2007-2011 (http://cordis.europa.eu/result/rcn/51825_en.html). 900.000 Eu
6. APBRIA-“Use of algae for biofuel production- Unit coordinator, Italian Ministry of Agriculture-2009-2012. 50.000 eu.
7. SYBARIS-EU 7th FP-Project ID: 242220-Deputy Coordinator-WP leader 2009-2013 (http://cordis.europa.eu/result/rcn/140847_en.html).-600.00 Eu
8. Contributo Liberale-Fondazione Tomasello-Il lievito come modello per lo studio delle malattie mitocondriali-50.000 Eu.                                                                                                                  
9. Contributo in ambito commerciale: TNO (Netherlands) "Subcontratto per Progetto U.E. Eurreca (Harmonising micronutrient recommendations across Europe with special focus on vulnerable groups and consumer understanding)"per fornire un servizio per curare una serie di pathways e biological networks. 01/07/2009 - 30/06/2010, 34900 Eu.
10. Contributo in ambito commerciale: IXO Therapeutichs - IXO 423 "Japanin pathway anaysis" 15/06/2009 - 14/06/2010,  6900 Eu.
11. Convenzione con univ Oxford "to the test responses of dendritic cells to certain chemical compounds 29/10/2009 - 12/11/2010 4800 Eu.
12. Contributo in Ambito Commerciale: 12/01/2010  -  31/12/2012, UNIVERSITY HOSPITAL ERLANGEN. Contract for services 60000 Eu.
13. Contratto di Ricerca: DITTA KAISER  -   BIOKIS , PARTE DEL PROGRAMMA CONGIUNTO ASI/AM  di volo umano spaziale: Missione shuttle 2010 per esperimenti scientifici e tecnologici eseguibili sullla stazione spaziale 21/3/11 - 20/11/11, 7500 Eu.
14. Contributo Liberale-Convenzione di Ricerca: UNIVERSITA' di NIJMEGEN - "systems biology approaches to melanoma immunotherapy" 1/12/2010 - 31/10/2014, 80000 Eu
15. CASSA RISP. FIRENZE Identificazione di varianti genetiche responsabili di reazioni avversi gravi a farmaci xenouinibitori: studio di farmacogenomica e metagenomica per una medicina personalizzata 24/02/2011 - 23/02/2013, 60000 Eu
16. 2011-2015-Centro di Biologia Computazionale Startup Grant-Progetto Progetto Finalizzato, aggiuntivo all' accordo di programma della Fondazione Edmund Mach, Provincia Autonoma di Trento, 3.000.000 Eu.
17. MetafoodBookLabs-Progetto Finalizzato, Aggiuntivo all' Accordo di Programma Fondazione Edmund Mach, Provincia Autonoma di Trento-UNIFARM-Trento. 2013-2014, 200.000 Eu
18. Contratto Ricerca Vaccine Adjuvants-Novartis Vaccini-Siena-Fondazione Edmund Mach, 90.000 Eu.
19. Contratto di ricerca-Progetto Costalunga 1, Azienda Agricola Zenato-Fondazione Edmund Mach, 30/12/2013-30/12/2014, 20.000 Eu.
20. Contratto di ricerca-Progetto Costalunga 2-Azienda Agricola Zenato-Fondazione Edmund Mach, 30/12/2014-30/12/2015, 20.000 Eu.
21. 2015-2017. Subcontractor, SCD –ESA- ISS-Soyuz-TMA-16M (ISS 42S) Grant to Silvia Bradamante.
22. Contributo di UNIFARM Trento per la scuola di dottorato del Centro Ricerca e Innovazione FIRST (2012-2015), 50.000 Euro.
23. AdP project (code P1412011I) Provincia Autonoma di Trento. New insights into the biology and ecology of the insects vectors of apple proliferation for the development of sustainable control strategies. WP3: VECTOR – PATHOGEN INTERACTIONS AND SPECIFICITY.
24. JPI EMPADASI-JPI EMPADASI-EU- European Nutritional Phenotype Assessment Data Sharing Initiative (ENPADASI 2014) Knowledge Hub Network -EU-2014-2016, 240.000 Eu.
25. ERANET COFUND HDHL-INTIMIC 2017-Transmic EU-2018-2020- CO-PI, 200.000 Eu.
26. VESPATER- POR-FESR FSE Regione Toscana, CAVALIERIUNIFIFSE2 017VESPATER -2018-2020, 50.000. Eu
27. CAVALIERISTEVEJONES2019-Commessa di ricerca industriale ditta Steve Jones PROGETTO FINALIZZATO A DEFINIRE LE CONDIZIONI CHE PERMETTANO LA CRESCITA OTTIMALE IN CO-COLTURA DI MICRORGANISMI IN GRADO DI MODULARE LA RISPOSTA IMMUNITARIA NELL’UOMO-Fase 1, 9000 Eu.
28. CAVALIERISTEVEJONES2020-Commessa di ricerca industriale ditta Steve Jones. PROGETTO FINALIZZATO A DEFINIRE LE CONDIZIONI CHE PERMETTANO LA CRESCITA OTTIMALE IN CO-COLTURA DI MICRORGANISMI IN GRADO DI MODULARE LA RISPOSTA IMMUNITARIA NELL’UOMO-Fase 2, 9000 Eu.
29. Network-CIB: Catalisi dell’Innovazione nelle biotecnologie” finanziato dal MIUR ex Bando per finanziamento progetti competitivi di Consorzi Interuniversitari di ricerca ex D.M. 1049 dd 29/12/18 “Studio dell’interazione rizosfera-nematodi mediante approcci di metagenomica funzionale” da svolgersi nell’ambito del progetto competitivo “ Co PI, 27.250 Eu.
30. Progetto Hong Kong University-CAVALIERIHONGKON G2018 - “How small things can result in massive changes: the role of microbiomes in the conquest of land by animals”, 9600 Eu.
31. Marzo 2019 Progetto Gut Brain axis and learning. Contributo liberale Pritzker’s foundation, 50.000 Eu
32. CAVALIERI_MIPAAF_HDHLINTIMIC_19, COFUND della JPI-HLDL-Proposal HP 868-Knowledge Platform on Food, Diet, Intestinal Microbiomics and Human Health research of the Joint Programming Initiative a Healthy Diet for a Healthy Life (JPI HDHL). 01/11/2018-01/11/2020. 19.800 Eu.
33. H2020-EU project 863059 – 2019-2024 Food and Nutrition Security Cloud FNS-Cloud-https://cordis.europa.eu/project/id/863059/it. 200.000 Eu.
34. Future in Biomedical Research-Tuscan Region-Risk Crohn Biom-September 2020-september 2022-Co PI- 250.000 Eu.

Collaborazioni e progetti internazionali.

1. Wine yeast genetics-Robert K. Mortimer-U.C.Berkeley ha visitato il laboratorio di Mario Polsinelli dal 1997 al 2007 ed è stato mio advisor di tesi e life coach per gli anni a venire.
2. Andrew Murray-1999-2020 è stato supervisore scientifico e collaboratore di Duccio Cavalieri.
3. Daniel Hartl-1999-2020 è stato supervisore scientifico e collaboratore di Duccio Cavalieri e ha avuto una interazione continua con mutue visite reciproche dal 1999 al 2020.
4. Rich Losick- è stato supervisore scientifico e collaboratore di Duccio Cavalieri e ha avuto una interazione continua con mutue visite reciproche dal 2000 al 2018.
5. Alvis Brazma EBI-ha visitato il laboratorio Cavalieri’s a Harvard molte volte dal 2002 al 2004 e è stato assieme a lui uno degli ispiratori della società MIAME, Minimum information on a microarray experiments.
6. Ben Van Ommen-ha visitato il laboratorio di Cavalieri e collaborato in Nutrigenomica e Nutrigenetica-TNO 2004-2018.
7. Duccio Cavalieri ha visite continue e collaborazioni su Big data in Nutrigenetica e Nutrigenomica con Jildau Bouman-TNO 2010-2020.
8. Visite mutuali tra il laboratorio di Cavalieri e di Mihai Netea della Rabund University Njimegen 2009-2020, Host microbe interactions.
9. Visite mutuali e discussioni continue su Melanoma Immunotherapy-Carl Figdor-Rabund University, Gerold Schuler Erlangen University and medical center-e John Austin-Cambridge University-2008-2018.
10. Molte visite reciproche e interazioni sulla resistenza dei lieviti agli azoli, Paul Bowyer, University of Manchester 2008-2018.
11. Cavalieri ha visitato molte volte il center for genomics of Catalunia (CNAG) for training in Next generation Sequencing applications-Ivo Gut-Barcelona (CNAG)-2009-2018.
12. Dal 2015 Cavalieri ha collaborato e collabora con Maria Carmen Collado del CSIC di Valencia a studi sulla trasmissione madre figlio del microbiota.
13. Dal 2014 a oggi ha collaborato con Omry Koren e Eugene Rosenberg sulla formulazione della teoria dell’Olobionte.
14. Dal 2010 a oggi ha collaborato con Manuel Santos di Aveiro sull’evoluzione dei meccanismi di patogenicità di Candida Albicans.
15. Dal 2014 al 2016 nell’ambito dell’ EOL45 del progetto JPI ENPADASi a coordinato i gruppi di ricerca di: IBBE   Graziano Pesole, IASI   Giovanni Felici, FBK   Cesare Furlanello, COSBI   Corrado Priami, ISA   Angelo Facchiano, UniBO   Francesco Capozzi, IBIMET   Franco Miglietta, POLIBA   Giorgio Pietro Maggi   La collaborazione è ancora in atto.

MANSIONI DI COORDINAMENTO DELL’ ATTIVITA’ DI RICERCA -1-Gruppo di ricerca Cavalieri.

1. Duccio Cavalieri ha stabilito il primo gruppo di ricerca indipendente per la prima volta a Harvard nel Gennaio 2001, presso il Bauer Center for Genomics Research, in qualità di Principal investigator, il gruppo era costituito da Keith Morneau (2001-2004) tecnico, Agnes Bergerat (Postdoctoral Fellow), Yuk Fai Leung (Postdoctoral Fellow) PhD Students, Christian Landry e Kyle Brown, master students Yipeng Zhao e Julia Oh, Marta Blangiardo (Visiting Fellow, Imperial College London).
2. Dal Gennaio 2003 ad aprile 2012, come ricercatore ha coordinato un gruppo di ricerca al dipartimento di farmacologia preclinica e clinica, il gruppo era costituito da: Simona Toti (RTD Gelmini), Carlotta De Filippo, (RTD Gelmini), Tania Gamberi, (RTD Gelmini), Cinzia Castagnini (Postdoc), Matteo Ramazzotti (Postdoc), Emmanuela Marchi (Postdoc), Luisa Berna (Postdoc), Damariz Rivero Guedez (Postdoc), Raffaele Paola (borsista), Enrica Calura (Borsista), Luca Beltrame (Dottorando) Irene Stefanini (dottoranda), Lisa Rizzetto (dottoranda), Karolina Maciag (Visiting Fellow Harvard Medical School.

3. Dal Aprile 2012 al aprile 2015 ha diretto il Dipartimento di Biologia Computazionale Fondazione Edmund Mach, San Michele all’Adige, Trento, in questa occasione ha coordinato l’attività dei seguenti ricercatori: Gruppo di Genomica Funzionale, Christophe Engelen (Ricercatore) Paolo Sonego (Postdoc), Gruppo di Biostatistica (Ron Vehrens e Pietro Franceschi), Gruppo Systems Biology Attila Csikasz Nagy (Ricercatore), Gruppo Metagenomica Computazionale, Claudio Donati (Ricercatore) e Davide Albanese (Tecnologo), Piattaforma analisi dati di genomica, Claudio Fontana (Ricercatore), Pasquale Bianco (Tecnologo), gruppo di Genomica Computazionale, Lisa Rizzetto (Tecnologo), Irene Stefanini (Postdoc), Tobias Weil (Postdoc).

4. Da Aprile 2015 a oggi dirige il laboratorio di genomica e metagenomica di lievito presso il Dipartimento di Biologia dell’Università degli Studi di Firenze, coordinando l’attività di ricerca dei seguenti ricercatori, Massimiliano Marvasi (RTDB), Monica di Paola (PostDoc), Damariz Rivero Guedez (Postdoc), Agnese Gori (Borsista), Alessia Ciccione (Borsista), Niccolò Meriggi (Dottorando e Postdoc), Stefano Nenciarini (Dottorando), Sonia Renzi (Dottoranda).

MANSIONI DI COORDINAMENTO DELL’ ATTIVITA’ DI RICERCA-2 progetti nazionali e internazionali.

1. Da Gennaio 2001 a Gennaio 2004 è stato Coordinatore di unità di ricerca costituita da un tecnico e due postdoc come PI-Bauer Fellow Startup Package, Harvard Genomics Fellow Program Grant-NIH 2000 Center Grant-Harvard University USA (2001-2004).
2. Dal primo gennaio 2004 al 1 Gennaio 2005 è stato Coordinatore delle attività di analisi genomica tramite microarrays, CO-Principal Investigator. National Science Foundation (NSF) Arabidopsis 2010 grant 0313473, Arabidopsis 2010: Array-Based Genotyping: An Affordable Alternative, Division of Molecular and Cellular Biosciences, program ref code 1116, 1684, 9109, BIOT, program element code 1112.
3. Dal 01/01/2004 al 30/06/ 2010 è stato coordinatore di workpackage (Functional Genomics WP leader) e task leader nel Network of Ecellence-(NOE) NUGO-EU (European nutrigenomics organisation - linking genomics, nutrition and health research) FP6-Project ID 506360 Network of Excellence-(NOE) (http://cordis.europa.eu/project/rcn/74154_en.html).
4. Dal 1/01/2005-30/06/2010. Coordinatore di Work package di Genomica (Systems Biology WP leader) DC-THERA (Dendritic Cells for Novel Immunotherapies) EU FP6 NOE-Project ID: 512074-Duccio Cavalieri PI, dal 30/06/2007 al 30/06/2010 eletto come Membro del Governing Council (http://cordis.europa.eu/result/rcn/51825_en.html).
5. Responsabile di Unità di ricerca nel PRIN 2007 01/10/2008-01/10/2010: Approccio integrato di biologia sistemica per la ricostruzione dei processi di segnalazione molecolari e di attivazione monocitaria/macrofagica in risposta a stimoli infiammatori in condizioni fisiologiche mediante tecnologie omiche.
6. Dal 1 Gennaio 2009-Gennaio 2012. Partner di APBRIA- "Alghe per produzione di biofuels: riduzione dell’impatto ambientale”, D.M. 28386/7815/09 DEL 2 DIC 2009, Bando Bioenergie Sportello bando 247/07: progetto APBRIA, Prot. 26770. 1/09/2010-30/08/2012.
7. Dal 1/11/2009-30/04/2013 Vice Coordinatore-Membro del Governing Coucil ristretto e Work Package leader del progetto europeo SYBARIS-EU 7th FP- Grant agreement ID: 24222. (http://cordis.europa.eu/result/rcn/140847_en.html).
8. Dal 01/04/2012 al 01/04/2016 stato Coordinatore del Dipartimento di Biologia Computazionale (DBC) e parte del Senior Management Team del Centro Ricerca e Innovazione (CRI) della Fondazione Edmund Mach-CRI-FEM Trento (https://www.fmach.it/CRI).
9. Dal 01/01/2014 al 30/12/2015 è stato referente per la piattaforma di Calcolo KORE-TRIGON-CLUSTER STRATEGIC (Cluster di calcolo HPC) per la Fondazione Edmund Mach, la fondazione Bruno Kessler e l'Università di Trento.
10. Dal 02/12/2014 al 30/06/2017 è associato con incarico di ricerca all’Istituto di Biometeorologia, (IBIMET-CNR) per partecipare all’attività di ricerca “JPI-Enpadasi EOL45”prot. 3124.
11. Dal 15/12/2014-15/06/2017 è vice coordinatore europeo e coordinatore della EOL45-Italia nell’ambito del progetto JPI EMPADASI-EU- European Nutritional Phenotype Assessment Data Sharing Initiative (ENPADASI 2014) Knowledge Hub. Network.
12. Dal 18/09/2017 al 20/03/2019 è associato con incarico di ricerca all’Istituto di Biometeorologia, (IBIMET-CNR) per partecipare all’attività di ricerca “Role of regulatory cell and cytokines in the extent of colonic involvement in patients with ulcerative colitis: implications for patient-oriented therapy” con continuità e impegno scientifico prevalente, prot. 4893 del 18/09/2017.
13. Dal 25/09/2017 al 21/01/2018 è stato associato con incarico di ricerca all’Istituto di Bioscienze e Biorisorse , (IBBR-CNR) per partecipare all’attività di ricerca “ consultazioni scientifiche per la ricerca di base e lo sviluppo tecnologico riguardanti scoperta di nuove attività enzimatiche, della microbiologia molecolare, dello studio del rapporto struttura/funzione di proteine e lipidi, dello sviluppo di processi biocatalitici, dello studio del metabolismo microbico, e dell'interazione microbi-piante. Particolare attenzione sarà rivolta su come le conoscenze di base si possono sfruttare in chimica verde, in diagnostica, nella salute umana, e per la sostenibilità agro-alimentare”, Area Progettuale: SAC.AD002 / Area Progettuale SAC-Ricerca e innovazione Progetto: SAC.AD002.012 / Gestione Bandi Accordo Bilaterale GIAPPONE – JSPS, con continuità e impegno scientifico prevalente.
14. Dal 01/11/2018 al 01/11/2020.Workpackage e Task leader JPI-HLDL-Proposal HP 868-Knowledge Platform on Food, Diet, Intestinal Microbiomics and Human Health research of the Joint Programming Initiative a Healthy Diet for a Healthy Life (JPI HDHL).
15. Dal 01/10/2019 Workpackage Task leader, (WP3) H2020-EU project 863059 – 2019-2024 Food and Nutrition Security Cloud (FNS). https://cordis.europa.eu/project/id/863059/it.

ATTIVITA’ DIDATTICA UNIVERSITARIA:

1. Docente nell’ambito del 1°, 2°, 3°, 4° Corso di aggiornamento in “Processi di depurazione biologica a fanghi attivi”, organizzati dall'Associazione Italiana Ricerca Biologica (AIRB) e dalla Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali, Università degli Studi di Firenze rispettivamente dal Firenze 18-22 settembre 1995, 17-21 giugno 1996, 15-19 settembre 1997, 19-23 giugno 1998

2. Negli Anni accademico 1997-98, 1998-1999 tiene lezioni sulla biologia dei lieviti per il corso di Microbiologia Ambientale, Corso di laurea in Scienze Biologiche della Facolta’ di Scienze matematiche Fisiche e Naturali dell’Universita’ degli Studi di Firenze, partecipa all’organizzazione delle esercitazioni di laboratorio nell’ambito dello stesso corso.
3. Dal 27 aprile al 2 Maggio 1998 è invitato a tenere una serie di 4 lezioni sulla Genetica molecolare di S.cerevisiae presso la facoltà di Agraria dell’Università di Sassari, nell’ambito dei corsi del dottorato Europeo in Biotecnologie.

4. Nell'anno accademico 2000-2001, tiene lezioni su “Nuove tecnologie per lo studio dei microrganismi: i microarray", Corso di laurea in Scienze Biologiche della Facolta’ di Scienze matematiche Fisiche e Naturali dell’Universita’ degli Studi di Firenze.

5. Dal 23 al 27 Settembre 2001, è docente al Corso teorico pratico su Tecniche di Microbiologia e genetica di lievito, Consorzio Catania Ricerche, Catania.

6. Nell’anno accademico 2000-2001 è nominato Cultore della Materia per Microbiologia Ambientale presso il corso di laurea in Scienze Biologiche della Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali, Università degli Studi di Firenze.

INCARICHI DI INSEGNAMENTO:

1. Prof. Aggregato presso l’Università degli Studi di Firenze, dal 01/11/2004 al 31/10/2005, secondo l’atto del 26/05/2004 che stabilisce l’affidamento a titolo gratuito per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA GENERALE secondo l’articolo 12, legge 341/90 presso la struttura INTERFACOLTA' DI AGRARIA, FARMACIA, MEDICINA E CHIRURGIA, SCIENZE MATEMATICHE FISICHE E NATURALI a. a. 2005/06 Settore: BIO/19 -MICROBIOLOGIA GENERALE. Corso di Laurea BIOTECNOLOGIE. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

2. Prof. Aggregato presso l’Università degli Studi di Firenze , dal 01/11/2005 al 31/10/2006, secondo l’atto del 27/05/2005: che stabilisce l’affidamento a titolo gratuito per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA GENERALE secondo l’articolo 12, legge 341/90 presso la struttura INTERFACOLTA' DI AGRARIA, FARMACIA, MEDICINA E CHIRURGIA, SCIENZE MATEMATICHE FISICHE E NATURALI a. a. 2005/06 Settore: BIO/19 -MICROBIOLOGIA GENERALE. Corso di Laurea BIOTECNOLOGIE. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

3. Prof. Aggregato presso l’Università degli Studi di Firenze dal 15/01/2007 al 16/03/2007, secondo l’atto del 31/05/2006 del CDF in Farmacia, che stabilisce l’affidamento a titolo gratuito per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA GENERALE, secondo l’articolo 12, legge 341/90 presso la Facoltà: FARMACIA a. a. 2007/08 Settore: BIO/19 - MICROBIOLOGIA GENERALE. Corso di Laurea BIOTECNOLOGIE Classe delle Lauree in biotecnologie. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

4. Prof. Aggregato presso l’Università degli Studi di Firenze dal 01/10/2007 al 13/01/2008, secondo l’atto del CDF in Farmacia del 31/05/2006 che stabilisce l’affidamento a titolo gratuito per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA, secondo l’articolo 12, legge 341/90 presso la Facoltà: FARMACIA a. a. 2007/08 Settore: BIO/19 - MICROBIOLOGIA GENERALE. Nel corso di Laurea specialistica in CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE. Classe delle lauree specialistiche in farmacia e farmacia industriale. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

5. Prof. Aggregato presso l’Università degli Studi di Firenze dal 02/03/2009 al 05/06/2009, secondo l’atto del CDF in Farmacia del 31/05/2006 che stabilisce l’affidamento a titolo gratuito per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA, secondo l’articolo 12, legge 341/90 presso la Facoltà: FARMACIA a. a. 2007/08 Settore: BIO/19 - MICROBIOLOGIA GENERALE. Corso di Laurea Specialistica CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE. Classe delle lauree specialistiche in farmacia e farmacia industriale. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

6. Prof. Aggregato presso l’Università degli Studi di Firenze dal 01/03/2010 al 05/06/2010, affidamento a titolo gratuito per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA, secondo l’articolo 12, legge 341/90 presso la Facoltà: FARMACIA a. a. 2007/08 Settore: BIO/19 - MICROBIOLOGIA GENERALE. Corso di Laurea Magistrale CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE Classe delle lauree magistrali in Farmacia e farmacia industriale per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

7. Prof. Aggregato presso l’Università degli Studi di Firenze dal 01/10/2010 al 30/06/2011, affidamento a titolo gratuito per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA, secondo l’articolo 12, legge 341/90 presso la Facoltà: MEDICINA E CHIRURGIA a. a. 2010/11. Settore: BIO/19 - MICROBIOLOGIA GENERALE. Corso di Laurea Magistrale BIOTECNOLOGIE MEDICHE E FARMACEUTICHE. Classe delle lauree magistrali in Biotecnologie mediche, veterinarie e farmaceutiche per l'insegnamento di MICRORGANISMI (C.I) Modulo: MICRORGANISMI, FARMACI. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

8. Prof. Aggregato presso l’Università degli Studi di Firenze dal 01/03/2011 al 10/06/2011, affidamento a titolo gratuito per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA, secondo l’articolo 12, legge 341/90 presso la Facoltà: Facoltà: FARMACIA a. a. 2010/11. Settore: BIO/19 - MICROBIOLOGIA GENERALE. Corso di Laurea SCIENZE FARMACEUTICHE APPLICATE. Classe delle lauree in Scienze e tecnologie farmaceutiche per l'insegnamento di MICROBIOLOGIA. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

9. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze della salute umana, Facoltà: FARMACIA, CDL CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE. Titolare del corso MICROBIOLOGIA GENERALE codice B016591, Settore: BIO/19 a. a. 2015/16 da 01/03/2016 a 30/05/2016. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

1. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze della salute umana, Facoltà: FARMACIA, CDL SCIENZE FARMACEUTICHE APPLICATE-CONTROLLO QUALITÀ. Titolare del corso MICROBIOLOGIA GENERALE codice B016452, Settore: BIO/19 a. a. 2015/16 da 01/03/2016 a 30/05/2016. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

1. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali, Facoltà: Biotecnologie, CDL BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI, Titolare del corso Biotecnologie Microbiche, codice B015931, a.a. 2016-2017 da 03/10/2016 a 28/11/2016. 6 crediti, 40 ore, lezioni frontali e 12 ore di laboratorio.

2. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze della salute umana, Facoltà: FARMACIA, CDL CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE. Titolare del corso MICROBIOLOGIA GENERALE codice B016591, Settore: BIO/19 a. a. 2016/17 da 01/03/2017 a 30/05/2017. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

3. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze della salute umana, Facoltà: FARMACIA, CDL SCIENZE FARMACEUTICHE APPLICATE-CONTROLLO QUALITÀ. Titolare del corso MICROBIOLOGIA GENERALE codice B016452, Settore: BIO/19 a. a. 2016/17, da 01/03/2017 a 30/05/2017. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

4. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali, Facoltà: Biotecnologie, CDL BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI, Titolare del corso Biotecnologie Microbiche con laboratorio, codice B015931, a.a. 2017-2018 dal 03/10/2017 al 28/11/2017. 6 crediti, 40 ore, lezioni frontali e 12 ore di laboratorio.

5. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze Facoltà: Scuola di Scienze della salute umana, FARMACIA, CDL CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE. Titolare del corso MICROBIOLOGIA GENERALE codice B016591, Settore: BIO/19 a. a. 2017/18 dal 01/03/2018 al 08/06/2018. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

6. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze della salute umana, Facoltà: FARMACIA, CDL SCIENZE FARMACEUTICHE APPLICATE-CONTROLLO QUALITÀ. Titolare del corso MICROBIOLOGIA GENERALE codice B016452, Settore: BIO/19 a. a. 2017/18 dal 01/03/2018 al 08/06/2018. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

7. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali , CDL BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI APPLICATE, Titolare del corso Biotecnologie Microbiche, codice B028097, a.a. 2018-2019, 18/09/2018-19/12/2018. 6 crediti, 48 ore di lezioni frontali.

8. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali , CDL BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI APPLICATE, Titolare del corso Microbiologia Applicata alle Scienze Forensi, codice B028104, a.a. 2018-2019, dal 18/09/2018 al 19/12/2018. 6 crediti, 48 ore di lezioni frontali.

9. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze Facoltà: Scuola di Scienze della salute umana, FARMACIA, CDL CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE. Titolare del corso MICROBIOLOGIA GENERALE codice B016591, Settore: BIO/19 a. a. 2018/19, dal 04/03/2019 al 14/06/2019. 6 crediti, 48 ore, lezioni frontali.

1. BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI APPLICATE, Titolare del corso Biotecnologie Microbiche, codice B028097, a.a. 2019-2020, dal 16/09/2019 al 20/12/2019. 6 crediti, 48 ore di didattica frontale.

1. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali, CDL BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI APPLICATE, codice B028104, a.a. 2019-2020 dal 16/09/2019 al 20/12/2019. 3 crediti, 24 ore di didattica frontale.

2. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze Facoltà: Scuola di Scienze della salute umana, FARMACIA, CDL CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE. Titolare del corso MICROBIOLOGIA GENERALE codice B016591, Settore: BIO/19 a. a. 2019/20, dal 24/02/2020 al 12/06/2020. 6 crediti, 48 ore, didattica frontale.

3. Docente presso l’Università degli Studi di Firenze, Scuola di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali, LM Biologia dell’Ambiente e del comportamento, Corso Dinamiche del Microbioma. Codice B092611, dal 24/02/2020 al 12/06/2020, 6 crediti, 48 ore didattica frontale.

SEMINARI E DOCENZA IN CORSI DI EDUCAZIONE SUPERIORE:

1. 26 Gennaio 2005: Lezione presso il Corso di Master in NBC- Accademia Militare di Sanità, titolo “Metodi di identificazione e difesa da microrganismi patogeni, epidemie e bioterrorismo”.
2. 7 Febbraio 2005: Invited lecturer, Scuola di Dottorato di Ricerca dell’Università degli Studi di Torino “Microarrays in population genetics” and “Yeast Genomics as a model to study human Tfs, the p53 test case”.
3. 18 Febbraio 2005 Docente: Pathway based analysis of microarray data, EMBO Practical Course on Functional Genomics, Milano Bicocca.
4. 9-13 Maggio 2005 Duccio Cavalieri-Lecture “La genomica funzionale e principi di regolazione della trascrizione”. Corso internazionale, Functional genomics principles of statistics and genomics-San Domenico, Firenze.
5. 21-23 Novembre 2005 Master Lecture "From Molecular Nutrition to prevention of disease: how to ask simple questions on complex problems?" 2005 21-23 november, Masterclass in Nutrigenomics-Wageningen University, The Netherlands.
6. 28 Gennaio 2006: Lezione presso il Corso di Master in NBC- Accademia Militare di Sanità, titolo “Metodi di identificazione e difesa da microrganismi patogeni, epidemie e bioterrorismo”.
7. 4 Febbraio 2007: Lezione presso il Corso di Master in NBC- Accademia Militare di Sanità, titolo “Metodi di identificazione e difesa da microrganismi patogeni, epidemie e bioterrorismo”.
8. 11 Maggio 2007 Docente, Bioinformatic Methods for Pathway Based Analysis of genomics data: A comparative Analysis. Phd Classes, Mini Symposium on Stem Cells and Immunity, Debrecen, Hungary.
9. 4 Novembre 2008 Docente, "Dissecting dendritic cells to fungi by using a systems biology approach" Invited Speaker in the PhD lecture seminars curriculum, Paris, Institute Curie.
10. 14-16 Novembre 2008 Docente, Organizzatore, Chair and Speaker, International Workshop and training course on Gene Signalling Pathway Analysis and Representation for the Dendritic Cell, Firenze.
11. 19-20 Febbraio 2009 Docente, Organizzatore, Chair and Speaker, “DC-ATLAS, Pathways for the Dendritic Cell”, Third curators meeting. Firenze, Italy.
12. 26-27 Febbraio 2009 Docente, Organizzatore, Chair and Speaker, “Eu.Gene data processing-Pathway analysis with DC-ATLAS”, Fourth curators meeting. Firenze, Italia.
13. 5-6 Maggio 2009 Docente, Organizzatore, Chair and Speaker, “Multi level integration of Omics data in DC-Studio”, DC-Studio Data integration brainstorming Meeting, Firenze, Italy.
14. 1-5 Luglio 2009 Organizzatore e docente, Mathemathics and Biology course, Maths and Bio, Erasmus Higher Education Program from the EU, Unifi.
15. 8-10 Luglio 2009 Docente, Organizzatore, Chair and Speaker, “Welcome and updated on the DC-ATLAS project”, Workshop Towards a Systems Biology of the Dendritic Cell, Firenze, Italy.
16. 16 Ottobre 2009 Docente: "Role of transposable elements in shaping the wine yeast Transcriptome", GDRE "Comparative Genomics Phd School seminars" Amphiteatre du CNRS,Universite Lyon 1 La Doua.
17. 16 Giugno 2010 Docente, "The genetic history of yeast & wine", corso Biodiversity and Biological Resources 2010 (an eco-evo-devo view on processes shaping the biosphere), PhD seminars of the Ecole Nationale Superieur-Lyon.
18. 22-23 Giugno 2010,      Docente "Of yeast and men: dissecting the interaction between fungi and immune response", Advanced Functional Genomics Course. Wellcome Trust Advanced Courses and Scientific Conferences. Hinxton, Cambridge.
19. 10-14 Ottobre 2011, Docente Friend or Foe: Systems Biology Approaches to elucidate the interaction between fungi and their hosts. In Candida Infection Biology-Fungal Armoury, battlefields and host defences. FINSysB Marie Curie Initial Training network Conference, Acquafredda di Maratea.
20. 19-23 Giugno 2017,      Workshop ELIXIR-IIB Training Platform Workshop + Summer School in Advanced Computational Metagenomics, Bari, Italy.
21. 26-30 Giugno 2017, Docente: 16th ESNI Course organized by the Italian Association of Neuroimmunology (AINI) and the European School of Neuroimmunology (ESNI) in Venezia, Italia.
22. 7-10 Marzo 2018, Docente: 17° Corso CRNI Viva la differenza: sesso e neuroimmunologia, Bergamo.
23. 21 Giugno 2018, Docente e Relatore, Corso di aggiornamento X-files in nutrizione clinica e artificiale, lezione su metagenomica e terapia probiotica personalizzata. Centro internazionale di formazione Giannina Gaslini, Genova.
24. 6-7 Giugno 2019, Docente e Relatore, Corso di aggiornamento X-files in nutrizione clinica e artificiale. Brainstorming fra scienza di base e Clinica. Centro Congressi Castello Simon Boccanegra, Genova.
25. Webinar. 03/06/2020. Docente, Percorso Formativo Smart Consensus Conferences, COVID19, AOU Careggi-9. Titolo COVID 19 Evoluzione e Variazione di Uno Spillover Virale.
26. Euroe-China Webinar. Consorzio Futuro in Ricerca, Stand on the same side against Covid-19". Session 4 "The future strategies against an unknown enemy", 7 luglio 2020. Lezione” Evolution of a viral spillover”. https://www.covid19expertpanel.network/.

TUTORAGGIO:

Duccio Cavalieri è stato tutore delle seguenti Tesi di Laurea:

1. Julia Oh, internship for experimental thesis dissertation, 2002-2003.Msc Biology Faculty of Arts and Sciences-Harvard University, Organismic and Evolutionary Biology Department.
2. Jipeng Zhao, internship for experimental thesis dissertation, 2002-2003.Msc Biology Faculty of Arts and Sciences-Harvard University, Organismic and Evolutionary Biology Department.
3. Debora Comaducci, Corso di Laurea in Biotecnologie, Università degli Studi di Firenze, anno accademico 2007-2008.
4. Irene Costantini, tesi di laurea specialistica in Biotecnologie Mediche, anno 2011.
5. Andrea Marranci, Corso di Laurea in Biotecnologie, Università degli Studi di Firenze, anno accademico 2008-2009.
6. Valentina Cappelletti, Università degli Studi di Firenze, tesi di laurea specialistica in Biotecnologie Mediche, anno 2011.
7. Martina Ruffo, tesista, Scienze Biologiche, Università degli Studi di Firenze, 2010.
8. Concetta Canciello, Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali Corso di Laurea in Scienze Biologiche 2017-2018.
9. Francesca Castellani, Facoltà di Farmacia, Corso di Laurea in Chimica e Tecnologie Farmaceutiche, anno accademico 2003-2004.
10. Lucia Sassoli, tesista, Chimica e Tecnologie Farmaceutiche, 2004-2005.
11. Valentina Cappelletti, Università degli Studi di Firenze, tesi di laurea specialistica in Biotecnologie Mediche, anno 2011.
12. Irene Costantini, magistrale in Biotecnologie mediche, Università di Firenze, a.a. 2011.
13. Francesco Borsi- Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali Corso di Laurea Specialistica in Scienze e Tecnologie Biomolecolari curriculum Genetica anno 2011.
14. Chiara Misci: Sessione di Laurea dicembre 2017 del 18/12/2017, Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108) Titolo Tesi ( Italiano ): Polistes dominula come modello per lo studio della fitness di lieviti della specie Saccharomyces cerevisiae
15. Concetta Canciello: Sessione di Laurea febbraio 2018 del 21/02/2018, Corso di Laurea triennale: Scienze Biologiche (B005), Titolo elaborato finale ( Italiano ): Analisi comparativa del microbiota di pazienti con Vitiligine e Melanoma
16. Agnese Gori, CDL in Scienze dell'Alimentazione (cod.B207-B094-0471) del 21/02/2018
17. Titolo Tesi ( Italiano ): Approcci di metagenomica per lo studio della sicurezza alimentare: termiti come cibo.
18. Alice Lippi, Sessione di Laurea ottobre 2018 del 22/10/2018 Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108)
19. Titolo Tesi ( Italiano ): Il ruolo di HSP12 nell'adattamento, nella resistenza e nella morte cellulare indotta da Acido Acetico in Saccharomyces cerevisiae.
20. Diletta Rosati, Sessione di Laurea ottobre 2018 del 22/10/2018, Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108) Titolo Tesi ( Italiano ): Toll-like receptor 10, un nuovo protagonista nella malattia di Lyme
21. Andrea Chiara Masi, Sessione di Laurea ottobre 2018 del 22/10/2018, Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108), Titolo Tesi ( Italiano ): Influenza del diabete gestazionale materno (GDM) sui profili di microbiota e micobiota: isolamento e caratterizzazione di lieviti e studio in-vitro di attività anti-infiammatorie.
22. Stefano Nenciarini, Sessione di Laurea aprile 2019 del 15/04/2019 , Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108). Titolo Tesi ( Italiano ): Effetti delle interazioni tra cellule dendritiche umane e vescicole extracellulari di lievito.
23. Martina Montanari: Sessione di Laurea settembre 2018 del 26/09/2018 Corso di Laurea magistrale: Biologia (B092) Titolo Tesi ( Italiano ): Studio delle simbiosi tra lieviti e vespe sociali.
24. Claudia Bevilacqua, Sessione di Laurea del 29 Aprile 2019 - CLM Scienze e Gestione delle Risorse Faunistico-Ambientali del 29/04/2019: Titolo Tesi ( Italiano ): Studio del microbioma del Capriolo (Capreolus capreolus) in Toscana.
25. Alessia Ciccione, sessione di laurea del CDL Chimica e Tecnologia Farmaceutiche (cod.B053-0324-0406) del 16/12/2019. Corso di Laurea magistrale a ciclo unico: CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE (B053) Titolo Tesi ( Italiano ): Studio delle interazioni cooperative e competitive tra Saccharomyces cerevisiae e Lactobacillus.

Duccio Cavalieri è stato tutore dei seguenti tirocini curriculari:

Kirchmeier Michael 25/11/2019-31/01/2020. Interazioni trofiche tra batteri e la vita in anaerobiosis. Studio di coculture di spirochaeta thermophila e altri specie anaerobiche.

Benedetta Cerasulo. 20/11/2019-20/12/2019 Conoscenza e partecipazione in laboratorio di microbiologia.

Claudia Bevilaqua 25/02/2019-15/03/2019.

1) Acquisizione di conoscenze delle pratiche e competenze strumentali relative ai laboratori di Microbiologia presso il dipartimento di Biologia di Sesto Fiorentino. 2)tecniche culturali in microbiologia: campionamento, diluizioni, isolamento, arricchimento e selezione di batteri e lieviti da swab orali di capriolo.

Claudia Bevilacqua: 19/11/2018-10/12/2018.

1)Acquisizione di conoscenze delle pratiche e competenze strumentali relative ai laboratori di Microbiologia presso il dipartimento di Biologia di Sesto Fiorentino.2)tecniche culturali in microbiologia: campionamento, diluizioni, isolamento, arricchimento e selezione di batteri e lieviti da swab orali di capriolo.3)tecniche di analisi molecolare di ceppi di lievito isolati (estrazione del DNa, PCR e sequenziamento Sanger). 4)prove in terreno di resistenza ad etanolo. 5)identificazione degli isolati tramite BLAST e ricerche bibliografiche.

-Alice Lippi. 18/04/2018-23/09/2018. coevoluzione tra S cerevisiae e lattobacilli. Proprietà infiammatorie di comunità microbiche su monociti.

Duccio Cavalieri è stato tutore e-relatore delle seguenti tesi di dottorato di ricerca.

1. Stefano Nenciarini, Scuola di Dottorato di Parma 2019-oggi.
2. Sonia Renzi, Scuola di Dottorato di Parma 2019-oggi.
3. Niccolò Meriggi Scuola di dottorato di Ferrara, 2016-2019
4. Francesco Strati- Università degli studi di Trento e First PhD School CRI-FEM, 2013-2016
5. Valentina Cappelletti, Università degli studi di Padova e First PhD School CRI-FEM, 2012-2015.
6. -rene Stefanini, dottorato in Farmacologia e Tossicologia, 2008-2011.
7. Thomas Kelder: University of Maastricht, PhD in Bioinformatics, PhD thesis on Pathway Analysis, Controrelatore, July 8 2011.
8. Sobia Raza, University of Edinburgh, Roslin Institute, External Examinator, Phd Thesis, August 29 2011.
9. Lisa Rizzetto, dottoranda università di Parma, dottorato in Biotecnologie, 2007-2010.
10. Kyle M Brown, dottorando PhD student, PhD in Genetics, Faculty of Arts and Sciences-Harvard University, Organismic and Evolutionary Biology Department 2003-2004.
11. Christian Landry, dottorando PhD in Genetics, Faculty of Arts and Sciences-Harvard University, Organismic and Evolutionary Biology Department 2001-2004.

Mansioni di coordinamento di attività didattica superiore

• E' stato membro del collegio docenti del Dottorato di Ricerca in Scienze e Biotecnologie Agrarie, dell'università di Udine dal 10/2013 al 10/2015.
• E’ stato coordinatore della supervisione studenti e training e dei corsi di biologia computazionale per la "International PhD School" FIRST della Fondazione Edmund Mach 2012-2016.
• E' membro del collegio docenti del Dottorato di Ricerca dell’Università degli Studi di FERRARA Titolo: "BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA ED ECOLOGIA" Anno accademico di inizio: 2016/17 - Ciclo: XXXII. - Durata: 3 anni.
• E' membro del collegio docenti del Dottorato di Ricerca dell’Università degli Studi di FERRARA Titolo: "BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA ED ECOLOGIA" Anno accademico di inizio: 2017/18 - Ciclo:XXXIII - Durata: 3 anni.
• E' membro del collegio docenti del Dottorato di Ricerca dell’Università degli Studi di PARMA Titolo: "BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA ED ECOLOGIA" Anno accademico di inizio: 2018/2019 - Ciclo: XXXIV. - Durata: 3 anni.
• E' membro del collegio docenti del Dottorato di Ricerca dell’Università degli Studi di PARMA Titolo: "BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA ED ECOLOGIA" Anno accademico di inizio: 2019/2020 - Ciclo: XXXV. - Durata: 3 anni.
• E' membro del collegio docenti del Dottorato di Ricerca dell’Università degli Studi di PARMA Titolo: "BIOLOGIA EVOLUZIONISTICA ED ECOLOGIA" Anno accademico di inizio: 2020/2021 - Ciclo: XXXVI. - Durata: 3 anni.

Premi e altri segni di riconoscimento:

1. Nel 2001 ha ricevuto l’ Harvard Genomics Fellow Award, NIH center Grant to the Bauer Center for Genomics Research-Harvard University.
2. Dal 2010 al 2013 è nominato membro del Consiglio Direttivo della Società Italiana Microbiologia Generale e Biotecnologie Microbiche (SIMGBM)
3. A setttembre 2013 il lavoro “Stefanini I, Dapporto L, Legras JL, Calabretta A, Di Paola M, De Filippo C, Viola R, Capretti P, Polsinelli M, Turillazzi S, Cavalieri D. Role of social wasps in Saccharomyces cerevisiae ecology and evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Aug 14;109(33):13398-403 ISSN: 1091-6490, doi: 10.1073/pnas” presentato da Irene Stefanini, ha ricevuto il Premio Magni 2013, attribuito dalla Fondazione Adriano Buzzati Traverso per onorare la memoria del Prof. Giovanni Magni e ricordarne l’attività di ricerca e di insegnamento.
4. Con il DM 17/10/2013 n 828, (provvedimento 000120), è stato nominato “Dirigente di Ricerca Chiara fama” dal presidente del Consiglio Nazionale Ricerche (CNR).
5. Da Novembre 2015 Cavalieri è nella lista dei Top Italian Scientists (TIS) -VIA Academy.
6. Dal 1 settembre 2017 è stato nominato rappresentante della comunità Italiana di Lievito delegato presso il Finance and Policy Comitee (FINPOL) della International International Conference on Yeast Genetics and Molecular Biology (ICYGMB), la principale comunità internazionale di ricerca sul Lievito Saccharomyces cerevisiae, è il 4 delegato Italiano dopo i prof. Giovanni Magni, Laura Frontali e Giovanna Lucchini.
7. Il 30/06/2020 è stato selezionato dal prorettore Bindi come uno dei 100 partecipanti alla sperimentazione selezione dei prodotti per la VQR3 sul Sistema di supporto alla valutazione della produzione scientifica degli Atenei.
8. Nel 2017 il lavoro Weil T, De Filippo C, Albanese D, Donati C, Pindo M, Pavarini L, Carotenuto F, Pasqui M, Poto L, Gabrieli J, Barbante C, Sattler B, Cavalieri D, Miglietta F. Legal immigrants: invasion of alien microbial communities during winter occurring desert dust storms. Microbiome. 2017 Mar 10;5(1):32. E’ stato ripreso in un articolo del gliornale “La stampa” di Torino, “la Nazione” di Firenze e più di 50 siti web italiani e internazionali.
9. Nel 2016 il lavoro I Stefanini , Dapporto L, Berna L, Polsinelli M., Turillazzi S , Cavalieri D. Social wasps are a Saccharomyces mating nest. Proc Natl Acad Sci US A. 2016 Feb 23;113(8):2247-51. doi: 10.1073/pnas.1516453113. Epub 2016 Jan 19 è stato ripreso con un intervista a Duccio Cavalieri in Science, The Scientist, il Corriere della Sera, Science Videos e altri 40 other web sites.
10. Nel 2012 il lavoro “Stefanini I, Dapporto L, Legras JL, Calabretta A, Di Paola M, De Filippo C, Viola R, Capretti P, Polsinelli M, Turillazzi S, Cavalieri D. Role of social wasps in Saccharomyces cerevisiae ecology and evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Aug 14;109(33):13398-403 ISSN: 1091-6490, doi: 10.1073/pnas” ha ricevuto il Premio Giovanni Magni per il miglior lavoro scientifico del 2012, presentato da Irene Stefanini. Questa pubblicazione è inoltre stata oggetto di un intervista fatta a Duccio Cavalieri su National Public Radio (NPR, http://www.npr.org/blogs/thesalt/2012/08/02/157606554/thank-the-simple-wasp-for-that-complex-glass-of-wine) e una pubblicata su Wine Spectator Online (http://www.winespectator.com/webfeature/show/id/47188). La pubblicazione è anche stata ripresa sulla pagina scientifica del New York Times, Sunday edition of the 06/08/2012 (http://www.nytimes.com/2012/08/07/science/dont-swat-that-bug-it-may-be-working-on-next-years-vintage.html?_r=0), e su Leonardo Radio televisione Italiana, RAI, e sulla trasmissione televisiva “A come Alpi RRTR” http://www.youtube.com/watch?v=oGTJErd4rbw, trasmezza sul circuito Odeon TV.
11. Il lavoro “Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa” (De Filippo C et al., PNAS. 2010, 107(33):14691-6) è ad oggi il secondo più citato in PNAS dal 2010 (oltre 3896 citazioni su google scholar). Questa pubblicazione ha avuto un enorme impatto sia sulla comunità scientifica che sulla società in generale. L’articolo è stato fra quelli più scaricati per sei mesi successivi alla sua pubblicazione e ad oggi è uno degli articoli più citati in metagenomica (oltre 970 citazioni). Il Natural History Museum di New York ha creato un breve filmato descrivente i risultati del lavoro, il film è stato trasmesso durante il mese di settembre 2010 nella sezione dell’evoluzione umana del museo (http://www.amnh.org/sciencebulletins/?SID=H.S.NEOLITHIC_DIET.20100823&SRC=B; Human SnapShot 08.23.2010, Have Humans Adapted to the Western Diet?). Questo articolo è stato ed è citato anche da siti web e riviste scientifiche e di divulgazione, fra queste, Science Now, The new Scientist, The Economist, El Mundo, La Repubblica e un gran numero di Blogs e siti web. Il lavoro è stato anche al centro nella intervista pubblicata nel 2013 su “Il Venerdi di Repubblica”, nell’articolo “Quei piccolissimi complici”. Queste scoperte nel loro complesso sono risultate in una significativa attività divulgativa, anche indirizzata alla società in generale, che ha visto oltre a molte presentazioni in assemblee o incontri pubblici, anche la pubblicazione di un articolo sulla rivista di UNIFARM trentino, http://www.intesa.unifarm.it/public/file_info/info233-microorganismi_cibo_e_ambiente.pdf, su sapere scienza http://www.saperescienza.it/marzo-aprile-2014/alla-ricerca-dei-vecchi-amici, e una presentazione al TEDX di roncade sul tema Biodiversità di Roncade, http://www.youtube.com/watch?v=dEy18XH4lPY

Attività di trasferimento tecnologico, brevetti, terzamMissione, comunicazione della scienza e riconoscimento su www.

1. E’ co-Inventore (45%) del brevetto (PCT 16042015-2014) "Plant sRNA extract for use as an immunosuppressive agent."
2. E’ tra i promotori e membro dello Scientific advisory board dello Spin-Off della Fondazione Edmund mach di Trento, MiRNA Green, la cui mission è lo sviluppo di miRNA di pianta in nuovi alimenti e nuovi farmaci per la prevenzione e il trattamento di malattie infiammatorie croniche.
3. Da Giugno 2015 a oggi, Membro dello Scientific advisory board dello Spin-Off della Fondazione Edmund mach di Trento, MiRNA Green, la cui mission è lo sviluppo di miRNA di pianta in nuovi alimenti e nuovi farmaci per la prevenzione e il trattamento di malattie infiammatorie croniche.
4. TED Talk TEDx Roncade-28/03/2014-https://www.youtube.com/watch?v=dEy18XH4lPY&t=13s. Preserving microbial biodiversity is important for human health.
5. Accademia Nutrizione Anti Ageing-Vivere 100 anni, Duccio Cavalieri, 26/06/2015https://www.youtube.com/watch?v=fpytstwzIHc
6. Social Wasps are a Saccharomyces Cerevisiae mating nest. Science Videos.org. https://www.youtube.com/watch?v=G05gStpKcCc
7. L’importanza di Salvaguardiare la biodiversità: 14/12/2015, FISV, I Temi della Vita. https://www.youtube.com/watch?v=T8K32wmTXQg.
8. I poteri Antinfiammatori della Frutta, 16/06/2016, RTV38, https://www.youtube.com/watch?v=J1RhV0YavdY&t=171s
9. Duccio Cavalieri at IC-FOODS 2016, International Center for Food Ontology, Operability data and semantics, https://www.youtube.com/watch?v=rBn8eUfDmgs&t=10s.
10. La teoria dell’Olobionte e l’evoluzione. I microorganismi come genotipo esteso. Scienza in rete, Darwin Day 2017, museo di storia naturale Milano, https://www.youtube.com/watch?v=UGidBVvK1xk&t=557s
11. Giovedi Scienza 32° edizione, 16/11/2017. Microbiota il secondo Genoma, https://www.youtube.com/watch?v=vy0ljmMpbRI&t=1382s
12. Caffè Scienza Firenze, 15/12/2018, Le Vespe Fanno il Vino Buono, https://www.youtube.com/watch?v=ls-QuHo6VnI.
13. Guido Barbujani, Duccio Cavalieri, Lorenzo Nigro. Festival Della Comunicazione Camogli 2019, Homo Sapiens Vivere Insieme. https://www.youtube.com/watch?v=5tzi1zXfA6I.
14. Microbiota Cervello e Comportamento, Come alla Corte di Federico Secondo, 28/11/2019 https://www.youtube.com/watch?v=bFy7OJ1zXtg&t=1943s.
15. Comunicare Produzioni: 23/03/2020. Coronavirus ne parliamo con Duccio Cavalieri. https://www.youtube.com/watch?v=_COCMlfkDLA&t=112s.
16. La scienza ai tempi del Coronavirus-Festival della Comunicazione Camogli. https://www.youtube.com/watch?v=6XDeh4sIpeU&t=249s.
17. Caffè Scienza Firenze,7 maggio 2020, SARS-COV2 tra sistema immunitario e Spillover. https://www.youtube.com/watch?v=N3d2yFBVxsw&t=142s.
18. https://www.nature.com/natureevents/science/events/71301-MicrobiotaMi_2018
19. http://www.meteoweb.eu/2018/10/cambiamenti-climatici-globalizzazione-microrganismi/1170595/
20. http://247.libero.it/rfocus/36784666/0/microrganismi-con-la-valigia-migrano-per-il-clima-che-cambia/
21. https://www.repubblica.it/ambiente/2018/10/27/news/cosi_i_microrganismi_migrano_per_il_clima_che_cambia-210144114/
22. https://tg24.sky.it/scienze/terra/2018/10/27/cambiamenti-climatici-globalizzazione-microrganismi-migrano.html
23. http://www.ansa.it/canale_scienza_tecnica/notizie/terra_poli/2018/10/27/microrganismi-con-la-valigia-migrano-per-il-clima-che-cambia-_034709a8-f7c3-48fa-91d7-ffdc7cfaa0b2.html
24. https://tg24.sky.it/scienze/terra/2018/10/27/cambiamenti-climatici-globalizzazione-microrganismi-migrano.html
25. http://www.informasalus.it/it/articoli/sistema-immunitario-piante.php
26. http://www.sciencemag.org/news/2016/01/brewer-s-yeasts-mate-inside-guts-hibernating-wasps
27. http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/45106/title/Yeasts-Mate-in-Wasp-Guts/,
28. http://news.yahoo.com/discovering-wild-side-yeast-174931321.html,
29. http://www.livescience.com/53404-brewers-yeast-has-sex-in-wasp-guts.html,
30. http://www.agenciasinc.es/Multimedia/Fotografias/Distintos-tipos-de-levaduras-se-cruzan-en-las-tripas-de-las-avispas.
31. http://polit.ru/news/2016/01/19/ps_yeasts/
32. http://www.takepart.com/article/2016/01/19/discovering-wild-side-yeast
33. http://www.focus.it/ambiente/animali/vino-le-vespe-lo-fanno-meglio
34. http://trentinocorrierealpi.gelocal.it/trento/cronaca/2016/01/20/news/la-scoperta-vespe-fondamentali-per-la-fermentazione-del-vino-1.12809908
35. http://www.greenreport.it/news/aree-protette-e-biodiversita/cosa-servono-vespe-vino/
36. http://ecologia.guidone.it/2016/01/20/se-muoiono-le-vespe-diciamo-addio-al-vino/
37. http://www.meteoweb.eu/2016/01/vino-le-vespe-possono-aiutarne-la-fermentazione/619866/
38. http://www.gonews.it/2016/01/20/firenze-vino-le-vespe-fondamentali-per-la-fermentazione-studio-delluniversita/
39. http://www.firenzetoday.it/green/life/vino-vespe-fare.html
40. http://www.laperfettaletizia.com/2016/01/a-cosa-servono-le-vespe-fare-il-vino.html
41. http://www.adnkronos.com/fatti/cronaca/2016/01/20/vespe-fermentano-meglio-vino-dice-scienza_2wOzpfewUUsX7PkeocFAAJ.html
42. http://www.ansa.it/canale_terraegusto/notizie/vino/2016/01/20/vino-vespe-fondamentali-per-fermentazione_1edb4110-19e5-4ebe-a0b7-14c440242a21.html
43. http://www.examiner.com/article/study-proves-no-wine-or-beer-possible-without-wasp-poop
44. http://phys.org/news/2016-01-brewer-yeast-hybridizes-wasp-gut.html
45. http://www.ibe.upf-csic.es/
46. http://ilfoglietto.it/il-foglietto/4402-la-funzione-delle-vespe-nella-fermentazione-naturale-dei-vini.html
47. http://www.farmacia.it/index.php/news/articolo/23/14467
48. http://www.italiaambiente.it/it/cibo2/15-mangiare-sano/52-vino-vespe
49. http://www.9colonne.it/108273/vino-sono-le-vespe-br-a-farlo-meglio#.VqDq0UvFlg0
50. http://www.corriere.it/notizie-ultima-ora/Scienza_e_salute/Vespe-fondamentali-fermentazione-vino/20-01-2016/1-A_022096971.shtml
51. http://www.improntaunika.it/2016/01/vino-le-vespe-fondamentali-per-la-fermentazione-e-garantiscono-la-biodiversita/
52. http://www.news24web.it/304002016/vino-le-vespe-ne-favoriscono-la-fermentazione/
53. http://www.centritaliaonline.com/1021/scienza-scoperto-legame-tra-le-vespe-e-la-fermentazione-del-vino/
54. http://www.ansa.it/canale_terraegusto/notizie/vino/2016/01/20/vino-vespe-fondamentali-per-fermentazione_1edb4110-19e5-4ebe-a0b7-14c440242a21.html
55. https://www.nkj.ru/news/28003/
56. http://www.technicianonline.com/features/article_f0c2cb14-4c70-11e5-ab4f-9f558649991c.html
57. http://www.thestar.com/life/2015/08/07/bugs-help-create-tasty-new-beers-scientists-discover.html
58. http://www.ilcaffevitruviano.it/food-and-love/fluid/item/2590-vino-la-fermentazione-grazie-alle-vespe.html
59. http://sciencevideos.org/duccio-cavalieri-social-wasps-are-a-saccharomyces-mating-nest/
60. http://www.yeastgenome.org/wintering-in-a-wasps-gut
61. http://www.yeastgenome.org/of-medieval-market-townes-and-wasp-guts
62. http://www.stuttgarter-zeitung.de/inhalt.gaerung-wein-und-bierhefe-aus-dem-wespendarm.29b0ef01-88c0-4d63-b4dd-e12031ab8447.html
63. http://www.corriere.it/ambiente/16_gennaio_22/vespe-calabroni-senza-loro-impossibile-fare-vino-0e79730e-c117-11e5-a43f-521a1c10f2a7.shtml
64. http://www.unifi.it/vp-10698-vino-le-vespe-lo-fanno-meglio.html
65. https://www.researchitaly.it/en/understanding/press-media/news/le-vespe-fanno-il-vino-buono-una-ricerca-italiana/
66. https://www.youtube.com/watch?v=fpytstwzIHc
67. https://www.youtube.com/watch?v=dEy18XH4lPY
68. https://www.youtube.com/watch?v=T8K32wmTXQg
69. http://www.gonews.it/2015/03/12/giornata-della-scienza-liniziativa-per-le-scuole-superiori-sulla-ricerca-sulle-staminali/
70. http://www.technicianonline.com/features/article_f0c2cb14-4c70-11e5-ab4f-9f558649991c.html
71. http://www.thestar.com/life/2015/08/07/bugs-help-create-tasty-new-beers-scientists-discover.html
72. http://www.npr.org/blogs/thesalt/2012/08/02/157606554/thank-the-simple-wasp-for-that-complex-glass-of-wine
73. http://www.nytimes.com/2012/08/07/science/dont-swat-that-bug-it-may-be-working-on-next-years-vintage.html?_r=0
74. http://www.winespectator.com/webfeature/show/id/47188
75. http://www.youtube.com/watch?v=oGTJErd4rbw
76. https://www.bspghan.org.uk/education
77. http://en.wikipedia.org/wiki/Gut_flora
78. http://www.economist.com/node/16740669
79. http://news.sciencemag.org/2010/08/western-diet-tied-intestinal-disease-and-allergies
80. http://edition.cnn.com/2010/HEALTH/08/03/food.allergies.er.gut
81. http://www.welt.de/welt_print/wissen/article8788428/Bohnen-und-Linsen-schuetzen-vor-Allergien.html

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Duccio Cavalieri ha svolto attività scientifica e di ricerca prevalentemente nel settore della genetica, genomica e biologia cellulare dei microorganismi (lieviti e batteri). Dal 1998 al 2008 Cavalieri si è distinto a livello nazionale e internazionale per l’applicazione di metodi di genomica integrata, “Systems Biology”, per lo studio dell'evoluzione dei genomi microbici e delle piante. Fino dalla sua prima posizione come ricercatore indipendente e group leader, il gruppo di cavalieri unisce  sia competenze biologiche che bioinformatiche. Cavalieri è stato il primo ad applicare i DNA microarrays allo studio della variabilità in popolazioni di lieviti delle specie Saccharomyces cerevisiae e Saccharomyces bayanus nella risposta allo stress da fonti di azoto e all’esposizione alle basse temperature. L’uso del lievito S. cerevisiae come modello ha consentito la comprensione di meccanismi responsabili dell’evoluzione del genoma di piante e batteri, la scoperta del meccanismo di azione di farmaci antitumorali e di inibitori naturali della crescita, la comprensione delle reti di segnalazione della disponibilità e qualità di nutrienti e del loro ruolo in processi di morfogenesi in procarioti ed eucarioti, fino alla genomica evolutiva e funzionale delle piante, raggiungendo risultati fondamentali nello studio della variabilità clonale di Olivo, cosi come riuscire a mappare tratti quantitativi in Arabidopsis e in Melo. Una recente applicazione di marcatori molecolari indirizzati allo studio del DNA mitocondriale e plastidiale, ha consentito di comprendere i processi di domesticazione delle piante da frutto e il loro ruolo nell’evoluzione delle rosacee.

Il laboratorio di cavalieri è noto per l’applicazione di metodi di genomica integrata, e metagenomica, per lo studio dell'evoluzione dei genomi microbici e fungini in diverse nicchie ecologiche.

in questo momento i principali progetti sono rivolti a:

1- studio del ruolo dei calabroni nell'evoluzione del lievito Saccharomyces cerevisiae e sui processi di fprmazione di ibridi interspecifici. Il gruppo di Cavalieri sta investigando i meccanismi alla base del commensalismo, studiando l’evoluzione dei genomi dei funghi durante l'interazione fra microorganismi, sistema immunitario e dieta con lo scopo di capire le regole che guidano la transizione fra commensalismo e patogenicità. 

2-Dal punto di vista metodologico, fino dal 2002 Cavalieri ha anche contribuito a sviluppare metodi bioinformatici per analizzare i dati di “omica” nel contesto delle reti metaboliche di trasduzione del segnale, utilizzando bioinformatica e big data screening. i risultati di questi studi hanno un impatto molto ampio e sono generalizzabili anche alla genomica degli organismi superiori. Negli anni le tecniche bioinformatiche sviluppate e testate nei microorganismi sono state estese allo studio della regolazione del sistema immune e della genetica e fisiologia del cancro e all'interazione fra dieta microorganismi e salute. Attualmente il gruppo è attivo in metodi di analisi di big data-metagenomica, e sviluppo di ontologie nel settore della nutrizione.

Le linee di ricerca per gli anni futuri riguarderanno principalmente l'utilizzo di tecniche di metagenomica, genomica funzionale e metabolomica per lo studio delle interazioni simbiotiche fra microrganismi eucarioti e procarioti e l'ospite, al fine di studiarne l'evoluzione e l'ecologia in omeostasi e in malattia.

Il laboratorio di Cavalieri usufruisce degli strumenti del laboratorio di genomica avanzata e offre tesi di laurea e di dottorato nei seguenti settori:

1-Interazione microorganismi e sistema immunitario con particolare attenzione al ruolo dei lieviti nell'attivare l'immunità innata.

2-Ruolo dei funghi in malattie infiammatorie anche a base autoimmune come morbo di Crohn e Scelrosi multipla.

3-Metagenomica Evoluzionistica e Antropologia Microbica. Globalizzazione della dieta e sviluppo di malattie infiammatorie.

4-Studio degli insetti sociali come vettori di lieviti in vigna.

5-Studio del microbioma dei pesci come marcatore di origine e nella degradazione di microplastiche.

First name / Surname: Duccio Cavalieri

Address: Via Madonna del Piano 6, 50019 Sesto Fiorentino, Firenze, Italy

E-mail: duccio.cavalieri@unifi.it website: www.duccioknights.org,

Gender: Male, Nationality:       Italian

Date of birth:   30.12.1966     Place of birth: Florence, Italy

Current Position: Full Professor (Microbiology) Department of Biology, University of Florence.

ResearcherID: T-3097-2017

Scopus Author ID 7004993603

ORCID id : http://orcid.org/0000-0001-6426-5719

Education and training

1994: Laurea in Scienze Biologiche-MSC in Biological Sciences (110/110 lode). University of Florence.

1994-1998: PhD in Genetics and Molecular Biology. PhD School of Genetics University of Pavia Italy, Advisors: Prof. A. Galizzi (Pavia), Prof. M. Polsinelli (Firenze), Prof R.K. Mortimer (Berkeley).

1998 -1999: Postdoctoral Fellow, A. Catara’s Laboratory. Consorzio Catania Ricerche, Università degli studi di Catania, Catania.

1999 -2001: Postdoctoral Fellow, Daniel Hartl’s Laboratory, Harvard University, Faculty of Arts and Sciences, Organismic and Evolutionary Biology Department, Cambridge, Boston, MA, USA.

Academic Positions

01/01/2001-01/01/2004: Harvard Genomics Fellow, Principal Investigator, Group Leader Yeast Comparative Genomics Group, The Bauer Laboratories, Molecular and Cellular Biology Department (Harvard University USA). Advisory board R.Losick, D.Hartl, A.Murray.

01/01/2003-01/11/2015: Assistant Professor (Ricercatore SSD BIO/19-Microbiology) Faculty of Parmacy, Department of preclinical and clinical Pharmacology.

01/04/2011-01/04/2015: Head of the Department of Computational Biology, Comparative Genomics Unit Group Leader, Fondazione Edmund Mach (FEM), Research and Innovation Centre (CRI), S. Michele all’Adige (TN), Italy.

01/11/2015-30/02/2021 Associate Professor (SSD BIO/19 General Microbiology) Department of Biology, University of Florence.

01/03/2021-Today Full Professor of Microbiology-Department of Biology, University of Florence.

Main achievements

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First name / Surname: Duccio Cavalieri

Address: Via Madonna del Piano 6, 50019 Sesto Fiorentino, Firenze, Italy

E-mail: duccio.cavalieri@unifi.it

Gender: Male, Nationality:       Italian

Date of birth:   30.12.1966     Place of birth: Florence, Italy

Current Position: Full Professor (Microbiology) Department of Biology, University of Florence.

ResearcherID: T-3097-2017

Scopus Author ID 7004993603

ORCID id : http://orcid.org/0000-0001-6426-5719

Career History

01/01/2001-01/01/2004: Harvard Genomics Fellow, Principal Investigator, Group Leader Yeast Comparative Genomics Group, The Bauer Laboratories, Molecular and Cellular Biology Department (Harvard University USA).

01/01/2003-01/11/2015: Assistant Professor (Ricercatore SSD BIO/19-Microbiology) Faculty of Parmacy, Department of preclinical and clinical Pharmacology.

01/04/2011-01/04/2015: Head of the Department of Computational Biology, Comparative Genomics Unit Group Leader, Fondazione Edmund Mach (FEM), Research and Innovation Centre (CRI), S. Michele all’Adige (TN), Italy.

01/11/2015-28/02/2021- Associate Professor (SSD BIO/19 General Microbiology) Department of Biology, University of Florence.

01/03/2015-01/03/2021- Full Professor (SSD BIO/19 General Microbiology), head of the Microbiology Laboratory, Department of Biology, University of Florence. The position is a full time tenured professor position that will terminate with retirement in 2036, salary is paid monthly.

Education and training

1994: Laurea in Scienze Biologiche-MSC in Biological Sciences (110/110 lode). University of Florence.

1994-1998: PhD in Genetics and Molecular Biology. PhD School of Genetics University of Pavia Italy, Advisors: Prof. Alessandro Galizzi (Pavia), Prof. Mario Polsinelli (Firenze), Prof R.K. Mortimer (Berkeley).

1998 -1999: Postdoctoral Fellow, Consorzio Catania Ricerche, Università degli studi di Catania, Catania.

1999 -2001: Postdoctoral Fellow, Harvard University, Faculty of Arts and Sciences, Organismic and Evolutionary Biology Department, Cambridge, Boston, MA, USA.

Affiliation to scientific societies.

Main achievements

Cavalieri’s main research interest is the application of Genomics approaches to the coevolution of the host and its microbiome in the context of a changing environment. His main achievement are: The discovery of Crabro wasps as winter sanctuaries of S.cerevisiae, the discovery of trained Immunity, i.e. the cross talk between the mycobiome, innate immunity and the gut brain axis, elucidating effect of diet globalization on the gut microbiota. His work has produced over 200 publications, 166 on international peer reviewed journals,  with a global impact of over 15000 citations and an H index of 54 (https://scholar.google.com/citations?user=jO7-A-oAAAAJ&hl=it) and over 9890 citations and H index of 45 in Scopus (Scopus-Author ID: 7004993603).

Duccio Cavalieri is also Member of the FINPOL, the organizing board of the ICYGMB.

Selected most relevant publications (5)

1. De Filippo C, Di Paola M, Ramazzotti M, Albanese D, Pieraccini G, Banci E, Miglietta F, Cavalieri D, Lionetti P. Diet, Environments, and Gut Microbiota. A Preliminary Investigation in Children Living in Rural and Urban Burkina Faso and Italy. Front Microbiol. 2017 Oct 13;8:1979. (Citations 97) (IF 4.259)

2. Strati F, Cavalieri D, Albanese D, De Felice C, Donati C, Hayek J, Jousson O, Leoncini S, Renzi D, Calabrò A, De Filippo C. New evidences on the altered gut microbiota in Autism spectrum syndrome. Microbiome. 2017 Feb 22;5(1):24. ISSN: 2049-2618 , 2049-2618; DOI: 10.1186/s40168-017-0242-1 (Citations 355) (IF 11.356)

3. Rizzetto L, Ifrim DC, Moretti S, Tocci N, Cheng SC, Quintin J, Renga G, Oikonomou V, De Filippo C, Weil T, Blok BA, Lenucci MS, Santos MA, Romani L, Netea MG, Cavalieri D*. Fungal chitin induces trained immunity in human monocytes during cross-talk of the host with Saccharomyces cerevisiae. J Biol Chem. 2016 Apr 8;291(15):7961-72. doi: 10.1074/jbc.M115.699645. (Citations 49) (IF 4.106).

4. Stefanini I, Dapporto L, Legras JL, Calabretta A, Di Paola M, De Filippo C, Viola R, Capretti P, Polsinelli M, Turillazzi S, Cavalieri D*. Role of social wasps in Saccharomyces cerevisiae ecology and evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Aug 14;109(33):13398-403. Epub 2012 Jul 30. (Citations 241) (IF: 9.58).

5. De Filippo C., Cavalieri D., Di Paola M., Ramazzotti M., Poullet J.B., Massart S., Pieraccini, G., Collini S., and Lionetti P. Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Aug 17;107(33):14691-6. Epub 2010 Aug 2. (Citations 4371) (IF=9.58).

Publications

1. Sciavilla P, Strati F, Di Paola M, Modesto M, Vitali F, Cavalieri D, Prati GM, Di Vito M, Aragona G, De Filippo C, Mattarelli P. Gut microbiota profiles and characterization of cultivable fungal isolates in IBS patients.

Appl Microbiol Biotechnol. 2021 Apr 10. doi: 10.1007/s00253-021-11264-4.

2. Pavlovic J, Cavalieri D, Mastromei G, Pangallo D, Perito B, Marvasi M. MinION technology for microbiome sequencing applications for the conservation of cultural heritage. Microbiol Res. 2021 Feb 18;247:126727. doi: 10.1016/j.micres.2021.126727. Online ahead of print. PMID: 33652267.
3. Beani L, Mariotti Lippi M, Mulinacci N, Manfredini F, Cecchi L, Giuliani C, Tani C, Meriggi N, Cavalieri D*, Cappa F*. Altered feeding behavior and immune competence in paper wasps: A case of parasite manipulation? PLoS One. 2020 Dec 16;15(12):e0242486. doi: 10.1371/journal.pone.0242486. eCollection 2020.
4. Levi M, Miglietta A, Romeo G, Bartolacci S, Ariani F, Cipriani F, De Filippo C, Cavalieri D, Balzi D. Letter in response to article in journal of infection: Impact of routine infant BCG vaccination on COVID-19. J Infect. 2021 Jan;82(1):e41-e43. doi: 10.1016/j.jinf.2020.11.022. Epub 2020 Nov 26. PMID: 33248221.
5. Active microbial ecosystem in Iron-Age tombs of the Etruscan civilization. Cirigliano A, Mura F, Cecchini A, Tomassetti MC, Maras DF, Di Paola M, Meriggi N, Cavalieri D, Negri R, Quagliariello A, Hallsworth JE, Rinaldi T. Environ Microbiol. 2020 Nov 16. doi: 10.1111/1462-2920.15327. Online ahead of print.
6. Di Paola M, Meriggi N, Cavalieri D. Applications of Wild Isolates of Saccharomyces Yeast for Industrial Fermentation: The Gut of Social Insects as Niche for Yeast Hybrids' Production Front Microbiol. 2020 Oct 29;11:578425. doi: 10.3389/fmicb.2020.578425.
7. Cannicci S, Fratini S, Meriggi N, Bacci G, Iannucci A, Mengoni A, Cavalieri D. To the Land and Beyond: Crab Microbiomes as a Paradigm for the Evolution of Terrestrialization. Front Microbiol. 2020 Oct 7;11:575372. doi: 10.3389/fmicb.2020.575372. eCollection 2020.
8. Meriggi N, Di Paola M, Cavalieri D, Stefanini I. Saccharomyces cerevisiae - Insects Association: Impacts, Biogeography, and Extent. Front Microbiol. 2020 Jul 14;11:1629. doi: 10.3389/fmicb.2020.01629. eCollection 2020.

1. Kett S, Pathak A, Turillazzi S, Cavalieri D, Marvasi M. Antifungals, arthropods and antifungal resistance prevention: lessons from ecological interactions. Proc Biol Sci. 2021 Feb 10;288(1944):20202716. doi: 10.1098/rspb.2020.2716. Epub 2021 Feb 3. PMID: 33529557.

1. Cini A., Meriggi N., Bacci G., Cappa F., VItali F., Cavalieri D., Cervo R. Gut microbial composition in different castes and developmental stages of the invasive hornet Vespa velutina nigrithorax. Science of the Total Environment .Sci Total Environ. 2020 Nov 25;745:140873. doi: 10.1016/j.scitotenv.2020.140873. Epub 2020 Jul 15. (IF 6.551).
2. Di Paola M, Rizzetto L, Stefanini I, Vitali F, Massi-Benedetti C, Tocci N, Romani L, Ramazzotti M, Lionetti P, De Filippo C, Cavalieri D. Comparative immunophenotyping of Saccharomyces cerevisiae and Candida spp. strains from Crohn’s disease patients and their interactions with the gut microbiome. In press Journal of Translational Autoimmunity 3 (2020) 10036.       https://doi.org/10.1016/j.jtauto.2020.100036.
3. Kyrklund, Kristiina ; Sloots, Cornelius E J ; de Blaauw, Ivo ; Bjørnland, Kristin ; Rolle, Udo ; Cavalieri, Duccio ; Francalanci, Paola ; Fusaro, Fabio ; Lemli, Annette ; Schwarzer, Nicole ; Fascetti-Leon, Francesco ; Thapar, Nikhil ; Johansen, Lars Søndergaard ; Berrebi, Dominique ; Hugot, Jean-Pierre ; Crétolle, Célia ; Brooks, Alice S ; Hofstra, Robert M ; Wester, Tomas ; Pakarinen, Mikko P. ERNICA guidelines for the management of rectosigmoid Hirschsprung’s disease. Orphanet journal of rare diseases. 2020, Vol.15(1), p.164. ISSN: 1750-1172 , 1750-1172; DOI: 10.1186/s13023-020-01362-3. (IF 3.687).
4. Propolis hosts a diverse microbial community. Casalone, E., Cavalieri, D., Daly, G., Vitali, F., Perito, B. World Journal of Microbiology and Biotechnology. (2020) 36(3),50.
5. Meriggi N., Di Paola M., Vitali F., Rivero D., Cappa F., Turillazzi F., Gori A., Dapporto L., Beani L., Turillazzi S., Cavalieri D. Saccharomyces cerevisiae induces immune enhancing and shapes gut microbiota in social wasps. Frontiers in Microbiology. Front Microbiol. 2019 Oct 15;10:2320. doi: 10.3389/fmicb.2019.02320. eCollection 2019. (IF 4.259)
6. Fontana A, Panebianco C, Picchianti-Diamanti A, Laganà B, Cavalieri D, Potenza A, Pracella R, Binda E, Copetti M, Pazienza V. Gut Microbiota Profiles Differ among Individuals Depending on Their Region of Origin: An Italian Pilot Study. Int J Environ Res Public Health. 2019 Oct 23;16(21). pii: E4065. doi: 10.3390/ijerph16214065.PMID:31652705.
7. Modesto M, Satti M, Watanabe K, Puglisi E, Morelli L, Huang CH, Liou JS, Miyashita M, Tamura T, Saito S, Mori K, Huang L, Sciavilla P, Sandri C, Spiezio C, Vitali F, Cavalieri D, Perpetuini G, Tofalo R, Bonetti A, Arita M, Mattarelli P. Characterization of Bifidobacterium species in feaces of the Egyptian fruit bat: Description of B. vespertilionis sp. nov. and B. rousetti sp. nov. Syst Appl Microbiol. 2019 Sep 23:126017. doi: 10.1016/j.syapm.2019.126017. (IF 3.283).
8. Marvasi, M., Cavalieri, D., Mastromei, G., Casaccia, A., Perito, B. Omics technologies for an in-depth investigation of biodeterioration of cultural heritage. International Biodeterioration and Biodegradation 144,104736. (IF 3.824).
9. Butera A, Di Paola M, Vitali F, De Nitto D, Covotta F, Borrini F, Pica R, De Filippo C, Cavalieri D, Giuliani A, Pronio A, Boirivant M. IL-13 mRNA tissue content identifies two subsets of adult ulcerative colitis patients with different clinical and mucosa-associated microbiota profiles. J Crohns Colitis. 2020, Vol.14(3), p.369-380. ISSN: 1873-9946 ,1876-4479; DOI: 10.1093/ecco-jcc/jjz154. (IF 7.827).
10. Vitali F., Raio A., Sebastiani F. Cherubini P., Cavalieri D., Cocozza C. Environmental pollution effects on plant microbiota: the case study of poplar bacterial-fungal response to silver nanoparticles. Appl Microbiol Biotechnol. 2019 Aug 11. doi: 10.1007/s00253-019-10071-2. (IF 3.913).
11. Pini Prato A., Bartow-McKenney C., Hudspeth K., Mosconi M., Rossi V., Avanzini S., Faticato M. G., Ceccherini I., Lantieri F., Mattioli G., Larson D., Pavan W., De Filippo C., Di Paola M., Mavilio D., Cavalieri D. A Metagenomics Study on Hirschsprung's Disease Associated Enterocolitis: Biodiversity and Gut Microbial Homeostasis Depend on Resection Length and Patient's Clinical History.       Frontiers in Pediatrics, 2019 Aug 9;7:326. URL=https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fped.2019.00326 , DOI=10.3389/fped.2019.00326, ISSN=2296-2360.   (IF 2.349).
12. Raimondi S, Amaretti A, Gozzoli C, Simone M, Righini L, Candeliere F, Brun P, Ardizzoni A, Colombari B, Paulone S, Castagliuolo I, Cavalieri D, Blasi E, Rossi M, Peppoloni S. Longitudinal Survey of Fungi in the Human Gut: ITS Profiling, Phenotyping, and Colonization. Front Microbiol. 2019 Jul 10;10:1575. (IF 4.259)
13. Bradamante S., Rivero D., Barenghi L., Balsamo M., Minardi S.P, Vitali F., Cavalieri D., SCD – Stem Cell Differentiation Toward Osteoblast Onboard the International Space Station. Microgravity Science and Techonology.(2019), https://doi.org/10.1007/s12217-018-9653-2. (IF 1.40).
14. Butera A, Di Paola M, Pavarini L, Strati F, Pindo M, Sanchez M, Cavalieri D, Boirivant M, De Filippo C. Nod2 Deficiency in mice is Associated with Microbiota Variation Favouring the Expansion of mucosal CD4+ LAP+ Regulatory Cells. Sci Rep. 2018 Sep 24;8(1):14241.(IF 4.576).
15. Ramazzotti M, Stefanini I, Di Paola M, De Filippo C, Rizzetto L, Berná L, Dapporto L, Rivero D, Tocci N, Weil T, Lenucci MS, Lionetti P, Cavalieri D. Population genomics reveals evolution and variation of Saccharomyces cerevisiae in the human and insects gut. Environ Microbiol. 2019 Jan;21(1):50-71. doi: 10.1111/1462-2920.14422. Epub 2018 Nov 21.(IF 5.147)
16. Perito B., Cavalieri D. Innovative metagenomic approaches for detection of microbial communities involved in biodeteriorattion of cultural heritage, IOP Conference Series: Materials Science and Engineering. 2018, 364(1),012074.
17. Stefanini I, Cavalieri D. Metagenomic Approaches to Investigate the Contribution of the Vineyard Environment to the Quality of Wine Fermentation: Potentials and Difficulties. Front Microbiol. 2018 May 16;9:991. (IF 4.259)
18. Vitali F, Lombardo R, Rivero D, Mattivi F, Franceschi P, Bordoni A, Trimigno A, Capozzi F, Felici G, Taglino F, Miglietta F, De Cock N, Lachat C, De Baets B, De Tré G, Pinart M, Nimptsch K, Pischon T, Bouwman J, Cavalieri D; ENPADASI consortium. ONS: an ontology for a standardized description of interventions and observational studies in nutrition. Genes Nutr. 2018 Apr 30;13:12. (IF 2.883)
19. Strati F, Calabrò A, Donati C, De Felice C, Hayek J, Jousson O, Leoncini S, Renzi D, Rizzetto L, De Filippo C, Cavalieri D. Intestinal Candida parapsilosis isolates from Rett syndrome subjects bear potential virulent traits and capacity to persist within the host. BMC Gastroenterol. 2018 May 2;18(1):57. ISSN: 1471-230X , 1471-230X; DOI: 10.1186/s12876-018-0785-z. (IF 2.03)
20. Stefanini I, Rizzetto L, Rivero D, Carbonell S, Gut M, Heath S, Gut IG, Trabocchi A, Guarna A, Ben Ghazzi N, Bowyer P, Kapushesky M, Cavalieri D. Deciphering the mechanism of action of 089, a compound impairing the fungal cell cycle. Sci Rep. 2018 Apr 13;8(1):5964.(IF 4.576).
21. Cavalieri D., Di Paola M., Rizzetto L., Tocci N., De Filippo C., Lionetti P., Ardizzoni A., Colombari B., Paulone S., Gut I.G., Berna L., Gut M., Blanc J., Kapushesky M., Blasi E., Peppoloni S. Genomic and phenotypic variation in morphogenetic networks of two Candida albicans isolates subtends their different pathogenic potential. Front. Immunol. 2018 Jan 19;8:1997. (IF 6.429).
22. Carmona-Gutierrez D, Bauer MA, Zimmermann A, Aguilera A, Austriaco N, Ayscough K, Balzan R, Bar-Nun S, Barrientos A, Belenky P, Blondel M, Braun RJ, Breitenbach M, Burhans WC, Büttner S, Cavalieri D, Chang M, Cooper KF, Côrte-Real M, Costa V, Cullin C, Dawes I, Dengjel J, Dickman MB, Eisenberg T, Fahrenkrog B, Fasel N, Fröhlich KU, Gargouri A, Giannattasio S, Goffrini P, Gourlay CW, Grant CM, Greenwood MT, Guaragnella N, Heger T, Heinisch J, Herker E, Herrmann JM, Hofer S, Jiménez-Ruiz A, Jungwirth H, Kainz K, Kontoyiannis DP, Ludovico P, Manon S, Martegani E, Mazzoni C, Megeney LA, Meisinger C, Nielsen J, Nyström T, Osiewacz HD, Outeiro TF, Park HO, Pendl T, Petranovic D, Picot S, Polčic P, Powers T, Ramsdale M, Rinnerthaler M, Rockenfeller P, Ruckenstuhl C, Schaffrath R, Segovia M, Severin FF, Sharon A, Sigrist SJ, Sommer-Ruck C, Sousa MJ, Thevelein JM, Thevissen K, Titorenko V, Toledano MB, Tuite M, Vögtle FN, Westermann B, Winderickx J, Wissing S, Wölfl S, Zhang ZJ, Zhao RY, Zhou B, Galluzzi L, Kroemer G, Madeo F. Guidelines and recommendations on yeast cell death nomenclature. Microb Cell. 2018 Jan 1;5(1):4-31.
23. Milan M, Carraro L, Fariselli P, Martino ME, Cavalieri D, Vitali F, Boffo L, Patarnello T, Bargelloni L, Cardazzo B. Microbiota and environmental stress: how pollution affects microbial communities in Manila clams. Aquat Toxicol. 2017 Nov 27;194:195-207. (IF 4.344).
24. Tocci N., Weil T., Perenzoni D., Narduzzi L., Mãdrinan S., Crockett S., Nürk M.N., Cavalieri D., Mattivi F. Phenolic profile, chemical relationship and antifungal activity of Andean Hypericum species. Industrial Crops and Products February 2018, 112: 32–37. (IF 4.244).
25. Stefanini I., Albanese A., Sordo M., Legras J-L., De Filippo C., Cavalieri D., Donati C. (2017) SaccharomycesIDentifier, SID: strain-level analysis of Saccharomyces cerevisiae populations by using microsatellite meta-patterns, Sci Rep. 2017 Nov 10;7(1):15343. (IF 4.576).
26. Modesto M., Michelini S., Sansosti M.S., De Filippo C., Cavalieri D., Qvirist L., Andlid T., Spiezio C., Sandri C., Pascarelli S., Sgorbati B., Mattarelli P. Bifidobacterium callitrichidarum sp. nov. from the faeces of the emperor tamarin (Saguinus imperator).       Int J Syst Evol Microbiol. 2017 Nov 8.
27. De Filippo C, Di Paola M, Ramazzotti M, Albanese D, Pieraccini G, Banci E, Miglietta F, Cavalieri D, Lionetti P. Diet, Environments, and Gut Microbiota. A Preliminary Investigation in Children Living in Rural and Urban Burkina Faso and Italy. Front Microbiol. 2017 Oct 13;8:1979. (IF 4.259)
28. Lenci E., Stefanini I., Guarna A., Menchi G., Cavalieri D., Trabocchi A. Diversity-Oriented Synthesis and Chemical Genetics of Peptidomimetics to Address Lead Discovery of Anti-Infective Agents. Proceedings 2017, 1, 678; doi:10.3390/proceedings1060678.
29. Di Paola M, Sani C, Clemente AM, Iossa A, Perissi E, Castronovo G, Tanturli M, Rivero D, Cozzolino F, Cavalieri D, Carozzi F, De Filippo C, Torcia MG. Characterization of cervico-vaginal microbiota in women developing persistent high-risk Human Papillomavirus infection. Sci Rep. 2017 Aug 31;7(1):10200. doi: 10.1038/s41598-017-09842-6.(IF 4.576).
30. Weil T, Santamaría R, Lee W, Rung J, Tocci N, Abbey D, Bezerra AR, Carreto L, Moura GR, Bayés M, Gut IG, Csikasz-Nagy A, Cavalieri D, Berman J, Santos MAS. Adaptive Mistranslation Accelerates the Evolution of Fluconazole Resistance and Induces Major Genomic and Gene Expression Alterations in Candida albicans. mSphere. 2017 Aug 9;2(4). pii: e00167-17. doi: 10.1128/mSphere.00167-17. eCollection 2017 Jul-Aug. (IF 4.28).
31. Buschow S.I., Ramazzotti M., Reinieren-Beeren I M.J., Heinzerling L.M, Westdorp H., Stefanini I., Beltrame L., Hato S.V., Ellebæk E., Gross S., Nguyen V.A., Weinlich G, Ragoussis J., Baban D., Schuler-Thurner B., Svane I.M., Romani N., Austyn9 J.M., De Vries I.J.M, Schuler G., Cavalieri D., Figdor C.G. Survival of metastatic melanoma patients after dendritic cell vaccination correlates with expression of leukocyte phosphatidylethanolamine-binding protein 1 / Raf Kinase inhibitory protein. Oncotarget, online 29/06/2017, doi: 10.18632/oncotarget.18698. (IF 3.710).
32. Brilli M, Trabocchi A, Weil T, Cavalieri D, Stefanini I. Relations between Effects and Structure of Small Bicyclic Molecules on the Complex Model System Saccharomyces cerevisiae. Front Pharmacol. 2017 Mar 30;8:170. doi: 10.3389/fphar.2017.00170. eCollection 2017. (IF 4.225).
33. Stefanini I, Carlin S, Tocci N, Albanese D, Donati C, Franceschi P, Paris M, Zenato A, Tempesta S, Bronzato A, Vrhovsek U, Mattivi F, Cavalieri D. Core Microbiota and Metabolome of Vitis vinifera L. cv. Corvina Grapes and Musts. Front Microbiol. 2017 Mar 21;8:457. (IF 3.670).
34. Weil T, De Filippo C, Albanese D, Donati C, Pindo M, Pavarini L, Carotenuto F, Pasqui M, Poto L, Gabrieli J, Barbante C, Sattler B, Cavalieri D, Miglietta F. Legal immigrants: invasion of alien microbial communities during winter occurring desert dust storms. Microbiome. 2017 Mar 10;5(1):32. . (IF 11.607)
35. Strati F, Cavalieri D, Albanese D, De Felice C, Donati C, Hayek J, Jousson O, Leoncini S, Renzi D, Calabrò A, De Filippo C. New evidences on the altered gut microbiota in Autism specturm syndrome. Microbiome. 2017 Feb 22;5(1):24. (IF 11.607)
36. Bianco L, Riccadonna S, Lavezzo E, Falda M, Formentin E, Cavalieri D, Toppo S, Fontana P. Pathway Inspector: a pathway based web application for RNAseq analysis of model and non-model organisms. Bioinformatics. 2017 Feb 1;33(3):453-455. (IF 5.610)
37. Nicola L., Turco E., Albanese D., Donati C., Thalheimer M., Pindo M., Insam H., Cavalieri D, Pertot I. Fumigation with dazomet modifies soil microbiota in apple orchards affected by replant disease. Applied Soil Ecology, (2017) /5/1 (113), 71-79. ISSN: 1873-0272. (IF 1.84)
38. Ceni E, Mello T, Polvani S, Vasseur-Cognet M, Tarocchi M, Tempesti S, Cavalieri D, Beltrame L, Giada M, Pinzani M, Milani S, Galli A The orphan nuclear receptor COUP-TFII coordinates hypoxia-independent proangiogenic responses in hepatic stellate cells. J Hepatol. 2016 Nov 17. pii: S0168-8278(16)30650-X. doi: 10.1016/j.jhep.2016.11.003. (IF 18.946)
39. Di Paola M., Cavalieri D., Albanese D., Donati C., Sordo M., Pindo M., Pagnini I., Giani T., Simonini G., Paladini A., Lionetti P., De Filippo C., Cimaz R. Alteration of fecal microbiota profiles in juvenile idiopathic arthritis. Associations with HLA-B27 allele and disease status. Front. Microbiol. 2016 Oct 26;7:1703. (I.F 4.61).
40. Qvirist L.A., De Filippo C., Strati F., Stefanini I., Sordo M., Andlid T., Felis G.E., Mattarelli P., Cavalieri D. Isolation, identification and characterization of yeasts from fermented goat milk of the Yaghnob Valley in Tajikistan. Front. Microbiol. 2016 Nov 3;7:1690. (I.F 4.61).
41. Strati F, Cavalieri D, Albanese D, De Felice C, Donati C, Hayek J, Jousson O, Leoncini S, Pindo M, Renzi D, Rizzetto L, Stefanini I, Calabrò A, De Filippo C. Altered gut microbiota in Rett syndrome. Microbiome. 2016 Jul 30;4(1):41 (I.F 9.00).
42. Strati F., Di Paola M., Stefanini I., Albanese D., Rizzetto L., Lionetti P, Calabrò A., Jousson O., Donati C., Cavalieri D* and De Filippo C. Age and gender affect the composition of fungal population of the human gastrointestinal tract. Front. Microbiol. 2016 Aug 3;7:1227.doi: 10.3389/fmicb.2016.01227. (I.F 4.61).
43. Cavalieri D, Rizzetto L, Tocci N, Rivero D, Asquini E, Si-Ammour A, Bonechi E, Ballerini C, Viola R. Plant microRNAs as novel immunomodulatory agents. Sci Rep. 2016 May 11;6:25761. doi: 10.1038/srep25761.
44. Donati C, Zolfo M, Albanese D, Tin Truong D., Asnicar F., Iebba V., Cavalieri D., Jousson O., De Filippo :, Huttenhower C. & Segata N. Uncovering oral Neisseria tropism and persistence using metagenomic sequencing. Nat Microbiol. 2016 May 27;1(7):16070.
45. Dapporto L, Stefanini I, Rivero D, Polsinelli M, Capretti P, De Marchi P, Viola R, Turillazzi S, Cavalieri D. Social Wasp intestines host the local phenotypic variability of Saccharomyces cerevisiae strains. Yeast. 2016 Jul;33(7):277-87. (I.F 2.259).
46. Rizzetto L, Ifrim DC, Moretti S, Tocci N, Cheng SC, Quintin J, Renga G, Oikonomou V, De Filippo C, Weil T, Blok BA, Lenucci MS, Santos MA, Romani L, Netea MG, Cavalieri D. Fungal chitin induces trained immunity in human monocytes during cross-talk of the host with Saccharomyces cerevisiae. J Biol Chem. 2016 Apr 8;291(15):7961-72. doi: 10.1074/jbc.M115.699645. [Epub ahead of print] (IF 4.573)
47. Stefanini I., Dapporto L., Berna L., Polsinelli M., Turillazzi S., Cavalieri D. Social wasps are a Saccharomyces mating nest. Proc Natl Acad Sci US A. 2016 Feb 23;113(8):2247-51. doi: 10.1073/pnas.1516453113. (IF: 9.681).
48. Hoyer S, Kerstin F. Gerer, Isabell A. Pfeiffer, Sabrina Prommersberger, Sandra Höfflin, Tanushree Jaitly, Luca Beltrame, D. Cavalieri, Julio Vera, Gerold Schuler, Niels Schaft and Jan Dörrie Electroporated antigen-encoding mRNA is not a danger signal to human mature monocyte-derived dendritic cells. Journal of Immunology Research. 2015;2015:952184. doi: 10.1155/2015/952184. Epub 2015 Dec 28.
49. Stefanini I., Albanese D., Donati C., Franciosi E., Cavazza A., De Filippo C., Cavalieri D. Dynamic changes in microbiota and mycobiota during spontaneous "Vino Santo Trentino" fermentation. Microbial Biotechnology, 2016 Jan 18. doi: 10.1111/1751-7915.12337. (IF 3.02).
50. Ramazzotti M., Berna L., Donati C., Cavalieri D. riboFrame: An Improved Method for Microbial Taxonomy Profiling from Non-Targeted Metagenomics. Frontiers in Genetics, 17 November 2015 doi: 10.3389/fgene.2015.00329. (IF N.A.).
51. Barelli C., Albanese D., Donati C., Pindo M., Dallago C., Rovero F., Cavalieri D, Tuohy K.M., Hauffe H. C., De Filippo C. Habitat fragmentation is associated to gut microbiota diversity of an endangered primate: implications for conservation. (Nature) Sci Rep. 2015 Oct 7;5:14862. doi: 10.1038/srep14862. (IF 5.078).
52. Rizzetto L, Weil T, Cavalieri D. Systems Level Dissection of Candida Recognition by Dectins: A Matter of Fungal Morphology and Site of Infection. Pathogens. 2015 Aug 21;4(3):639-61. (IF N.A.).
53. Clemente AM, Rizzetto L, Castronovo G, Perissi E, Tanturli M, Cozzolino F, Cavalieri D, Fusi F, Cialdai F, Vignali L, Torcia MG, Monici M. Effects of near-infrared laser radiation on the survival and inflammatory potential of Candida spp. involved in the pathogenesis of chemotherapy-induced oral mucositis. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2015 Jul 15. (IF 2.668).
54. Rizzetto L, De Filippo C, Cavalieri D (2015) Mycobiota: Micro-Eukaryotes Inhabiting Our Body as Commensals or Opportunistic Pathogens. Fungal Genom Biol 4:120. doi: 10.4172/2165-8056.1000120. (IF NA).
55. Rivero D, Berná L, Stefanini I, Baruffini E, Bergerat A, Csikász-Nagy A, De Filippo C, Cavalieri D. Hsp12p and PAU genes are involved in ecological interactions between natural yeast strains. Environ Microbiol. 2015 Aug;17(8):3069-81. doi: 10.1111/1462-2920.12950. (IF 6.021)
56. Angeletti S, Spoto S, Fogolari M, Cortigiani M, Fioravanti M, De Florio L, Curcio B, Cavalieri D, Costantino S, Dicuonzo G. Diagnostic and prognostic role of procalcitonin (PCT) and MR-pro-Adrenomedullin (MR-proADM) in bacterial infections. APMIS. 2015 Jun 8. (IF 2.042)
57. Goremykin VV, Nikiforova SV, Cavalieri D, Pindo M, Lockhart P. The root of flowering plants and total evidence. Syst Biol. 2015 Sep;64(5):879-91. doi: 10.1093/sysbio/syv028. Epub 2015 May 20. (IF 11.532).
58. Albanese D, Fontana P, De Filippo C, Cavalieri D, Donati C. MICCA: a complete and accurate software for taxonomic profiling of metagenomic data. (Nature) Sci Rep. 2015 May 19;5:9743. doi: 10.1038/srep09743. (IF 5.078)
59. Albanese D, De Filippo C, Cavalieri D, Donati C. Explaining diversity in metagenomic datasets by phylogenetic-based feature weighting. PLoS Comput Biol. 2015 Mar 27;11(3):e1004186. (IF 4.87)
60. Sonego P, Meysman P, Moretto M, Viola R, Laukens K, Cavalieri D, Engelen K. Comparative Analysis of Gene Expression: Uncovering Expression Conservation and Divergence Between Salmonella enterica Serovar Typhimurium Strains LT2 and 14028S. Methods Mol Biol. (2015);1231:125-35. doi: 10.1007/978-1-4939-1720-4_8. (I.F. 1.29).
61. Rizzetto L, De Filippo C, Cavalieri D. Richness and diversity of mammalian fungal communities shape innate and adaptive immunity in health and disease. Eur J Immunol. 2014 Sep 25. doi: 10.1002/eji.201344403. (I.F. 4.5)
62. De Filippo, C., Di Paola, M., Stefanini, I., Rizzetto, L., Berna, L., Ramazzotti, M., Dapporto, L., Rivero, D., Gut, I.G., Gut, M., Bayés, M., Legras, J.L., Viola, R., Massi-Benedetti, C., De Luca, A., Romani, L., Lionetti, P., Cavalieri, D. (2014). Population genomics of Saccharomyces cerevisiae human isolates: passengers, colonizers, invaders. BioX Riv, 2014 doi:101101/001891,2013 – Web Preprint.
63. Santarlasci V, Maggi L, Mazzoni A, Capone M, Querci V, Rossi MC, Beltrame L, Cavalieri D, De Palma R, Liotta F, Cosmi L, Maggi E, Romagnani S, Annunziato F. IL-4-induced gene 1 maintains high Tob1 expression that contributes to TCR unresponsiveness in human T helper 17 cells. Eur J Immunol. 2014 Mar;44 (I.F. 4.5)
64. Aldinucci A, Turco A, Biagioli T, Toma FM, Bani D, Guasti D, Manuelli C, Rizzetto L, Cavalieri D, Massacesi L, Mello T, Scaini D, Bianco A, Ballerini L, Prato M, Ballerini C. Carbon nanotube scaffolds instruct human dendritic cells: modulating immune responses by contacts at the nanoscale. Nano Lett. 2013 Nov 13. [Epub ahead of print] (IF 13.025)
65. Ferrarini M, Moretto M, Ward JA, Urbanovski N, Stevanovi V, Giongo L, Viola R, Cavalieri D, Velasco R, Cestaro A, Sargent DJ. An evaluation of the PacBio RS platform for sequencing and de novo assembly of a chloroplast genome. BMC Genomics. 2013 Oct 1;14(1):670. (IF 4.40)
66. Baur AS, Lutz MB, Schierer S, Beltrame L, Theiner G, Zinser E, Ostalecki C, Heidkamp G, Haendle I, Erdmann M, Wiesinger M, Leisgang W, Gross S, Pommer AJ, Kämpgen E, Dudziak D, Steinkasserer A, Cavalieri D, Schuler-Thurner B, Schuler G. Denileukin diftitox (ONTAK) induces a tolerogenic phenotype in dendritic cells and stimulates survival of resting Treg. Blood. 2013 Sep 26;122(13):2185-94. doi: 10.1182/blood-2012-09-456988. Epub 2013 Aug 19. (IF 9.60)
67. Rizzetto L, De Filippo C, Rivero D, Riccadonna S, Beltrame L, Cavalieri D. Systems biology of host-mycobiota interactions: Dissecting Dectin-1 and Dectin-2 signalling in immune cells with DC-ATLAS. Immunobiology. 2013 Nov;218(11):1428-37. Epub 2013 Jul 13. (IF 3.46).
68. Bezerra AR, Simões J, Lee W, Rung J, Weil T, Gut IG, Gut M, Bayés M, Rizzetto L, Cavalieri D, Giovannini G, Bozza S, Romani L, Kapushesky M, Moura GR, Santos MA. Reversion of a fungal genetic code alteration links proteome instability with genomic and phenotypic diversification. Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Jun 17 (IF: 9.681).
69. Calura E, Fruscio R, Paracchini L, Bignotti E, Ravaggi A, Martini P, Sales G, Beltrame L, Clivio L, Ceppi L, Di Marino M, Fuso Nerini I, Zanotti L, Cavalieri D, Cattoretti G, Perego P, Milani R, Katsaros D, Tognon G, Sartori E, Pecorelli S, Mangioni C, D’Incalci M, Romualdi C, Marchini S. miRNA landscape in Stage I Epithelial Ovarian Cancer defines the histotype specificities. Clin Cancer Res. 2013 Jun 13. (IF 7.837)
70. Beltrame L, Bianco L, Fontana P, Cavalieri D. Pathway Processor 2.0: a web resource for pathway-based analysis of high-throughput data. Bioinformatics. 2013 Jul 15;29(14):1825-6. (IF 5.323)
71. Nikiforova SV, Cavalieri D, Velasco R, Goremykin V. Phylogenetic analysis of 47 chloroplast genomes clarifies the contribution of wild species to the domesticated apple maternal line. Mol Biol Evol. 2013 May 14. (IF 10.353)
72. Beltrame L, Bianco L, Fontana P, Cavalieri D. Pathway-based analysis of microarray and RNAseq data using Pathway Processor 2.0. Curr Protoc Bioinformatics. 2013 Mar; Chapter 7:Unit 7.6. (IF 2.1)
73. Ometto L, Cestaro A, Ramasamy S, Grassi A, Revadi S, Siozios S, Moretto M, Fontana P, Varotto C, Pisani D, Dekker T, Wrobel N, Viola R, Pertot I, Cavalieri D, Blaxter M, Anfora G, Rota-Stabelli O. Linking genomics and ecology to investigate the complex evolution of an invasive Drosophila pest. Genome Biol Evol. 2013;5(4):745-57. (IF 4.759).
74. Rizzetto L., Giovannini G., Bromley M, Bowyer P., Romani L., Cavalieri D., Strain dependent variation of immune responses to A. fumigatus: definition of pathogenic species. PLoS One. 2013;8(2):e5665. (IF: 4.41).
75. De Filippo C., Ramazzotti M., Fontana P., Cavalieri D. Bioinformatic approaches for functional annotation and pathway inference in metagenomics data. Briefings in Bioinformatics 2012 Nov;13(6):696-710. (IF 9.283)
76. Marchini S, Fruscio R, Clivio L, Beltrame L, Porcu L, Nerini IF, Cavalieri D, Chiorino G, Cattoretti G, Mangioni C, Milani R, Torri V, Romualdi C, Zambelli A, Romano M, Signorelli M, Giandomenico SD, D’Incalci M. Resistance to platinum-based chemotherapy is associated with epithelial to mesenchymal transition in epithelial ovarian cancer. Eur J Cancer. 2013 Jan;49(2):520-30. PMID: 22897840 (IF: 5.536).
77. Rizzetto L, Buschow SI, Beltrame L, Figdor CG, Schierer S, Schuler G, Cavalieri D. The modular nature of dendritic cell responses to commensal and pathogenic fungi. PLoS One. 2012;7(8):e42430. Epub 2012 Aug 3. PMID: 22879980 (IF: 4.41).
78. Stefanini I, Dapporto L, Legras JL, Calabretta A, Di Paola M, De Filippo C, Viola R, Capretti P, Polsinelli M, Turillazzi S, Cavalieri D. Role of social wasps in Saccharomyces cerevisiae ecology and evolution. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Aug 14;109(33):13398-403. Epub 2012 Jul 30. (IF: 9.681).
79. Tierney L, Kuchler K, Rizzetto L, Cavalieri D. Systems Biology of Host-Fungus Interactions: Turning Complexity into Simplicity. Curr Opin Microbiol. 2012 Aug;15(4):440-6. Epub 2012 Jun 19. (IF: 8.25).
80. Vukich M., Ganga P.L., Cavalieri D., Rizzetto, L., Rivero D., Pollastri S., Mugnai S., Mancuso S., Pastorelli S., Lambreva M,, Antonacci A., Margonelli A., Bertalan I., Johanningmeier U., Giardi M.T., Rea G., Pugliese M., Quarto M., Roca V., Zanini A., Borla O., Rebecchi L., Altiero T., Guidetti R., Cesari M., Marchioro T., Bertolani R., Pace E., De Sio A., Casarosa M., Tozzetti L., Branciamore S., Gallori E., Scarigella M., Bruzzi M., Bucciolini M., Talamonti C., Donati A., Zolesi V. BIOKIS: A Model Payload for Multidisciplinary Experiments in Microgravity, Microgravity Sci. Technol., 24 (6):397-409;
81. Uboldi S, Calura E, Beltrame L, Fuso Nerini I, Marchini S, Cavalieri D, Erba E, Chiorino G, Ostano P, D’Angelo D, D’Incalci M, Romualdi C. A systems biology approach to characterize the regulatory networks leading to trabectedin resistance in an in vitro model of myxoid liposarcoma. PLoS One. 2012;7(4):e35423. Epub 2012 Apr 16 (I.F.4.41).
82. Santarlasci V, Maggi L, Capone M, Querci V, Beltrame L, Cavalieri D, D’Aiuto E, Cimaz R, Nebbioso A, Liotta F, De Palma R, Maggi E, Cosmi L, Romagnani S, Annunziato F. Rarity of human T helper 17 cells is due to retinoic acid orphan receptor-dependent mechanisms that limit their expansion. Immunity. 2012 Feb 24;36(2):201-14. Epub 2012 Feb 9. (IF: 22.13).
83. Sales G, Calura E, Cavalieri D, Romualdi C. graphite – a Bioconductor package to convert pathway topology to gene network. BMC Bioinformatics. 2012 Jan 31;13(1):20. [Epub ahead of print] (IF 3.3)
84. Ramazzotti M, Berná L, Stefanini I, Cavalieri D. A computational pipeline to discover highly phylogenetically informative genes in sequenced genomes: application to Saccharomyces cerevisiae natural strains. Nucleic Acids Res. 2012 May;40(9):3834-48. [Epub ahead of print] (IF 7.83)
85. Fekete T, Szabo A, Beltrame L, Vivar N, Pivarcsi A, Lanyi A, Cavalieri D, Rajnavölgyi E, Rethi B. Constraints for monocyte derived dendritic cell functions under inflammatory conditions. Eur J Immunol. 2012 Feb;42(2):458-69. (I.F. 4.5).
86. Splendiani A, Gündel M, Austyn JM, Cavalieri D, Scognamiglio C, Brandizi M. Knowledge sharing and collaboration in translational research, and the DC-THERA Directory. Brief Bioinform. 2011 Nov;12(6):562-75. Epub 2011 Oct 3. (IF 9.283)
87. Santamaría R, Rizzetto L, Bromley M, Zelante T, Lee W, Cavalieri D, Romani L, Miller B, Gut I, Santos M, Pierre P, Bowyer P, Kapushesky M. Systems biology of infectious diseases: a focus on fungal infections. Immunobiology. 2011;216(11):1212-27. (IF 3.46).
88. Sanseverino, C. Purificato, L. Conti, Varano, B.; Beltrame, L.; D. Cavalieri, M. C. Gauzzi, S. Gessani Manipulating human dendritic cells by STAT3 silencing to implement their use in cancer immunotherapy-Cytokine 01/2011; 56(1):14-14. (IF 3.21).
89. Rizzetto L, Cavalieri D. Friend or foe: using systems biology to elucidate interactions between fungi and their hosts. Trends Microbiol. 2011 Oct;19(10):509-15. [Epub 2011 Aug 24] (IF 8).
90. Beltrame L, Calura E, Popovici RR, Rizzetto L, Guedez DR, Donato M, Romualdi C, Draghici S, Cavalieri D. The Biological Connection Markup Language: a SBGN-compliant format for visualization, filtering and analysis of biological pathways. Bioinformatics. 2011 Aug 1;27(15):2127-33. Epub 2011 Jun 7 (IF 6.325).
91. Trabocchi A., Cavalieri D., Guarna A. Chemical genetics approach to drug discovery by Diversity-Oriented Synthesis (DOS) of peptidomimetics, Pure and Applied Chemistry, 2011, Vol. 83, Issue 3, pp. 687-698. (IF 2.128).
92. Cheng SC, van de Veerdonk FL, Lenardon M, Stoffels M, Plantinga T, Smeekens S, Rizzetto L, Mukaremera L, Preechasuth K, Cavalieri D, Kanneganti TD, van der Meer JW, Kullberg BJ, Joosten LA, Gow NA, Netea MG. The dectin-1/inflammasome pathway is responsible for the induction of protective T-helper 17 responses that discriminate between yeasts and hyphae of Candida albicans. J Leukoc Biol. 2011 Aug;90(2):357-66. Epub 2011 Apr 29. (IF 4.18).
93. Marchini S & Cavalieri D, Fruscio R., et al. Association between miR-200c and the survival of patients with stage I epithelial ovarian cancer: a retrospective study of two independent tumour tissue collections. Lancet Oncol. 2011 Mar;12(3):273-85. Epub 2011 Feb 21. (IF:17.64)
94. Cavalieri D, Rivero D, Beltrame L, Buschow SI, Calura E, Rizzetto L, Gessani S, Gauzzi MC, Reith W, Baur A, Bonaiuti R, Brandizi M, De Filippo C, D’Oro U, Draghici S, Dunand-Sauthier I, Gatti E, Granucci F, Gündel M, Kramer M, Kuka M, Lanyi A, Melief CJ, van Montfoort N, Ostuni R, Pierre P, Popovici R, Rajnavolgyi E, Schierer S, Schuler G, Soumelis V, Splendiani A, Stefanini I, Torcia MG, Zanoni I, Zollinger R, Figdor CG, Austyn JM. DC-ATLAS: a systems biology resource to dissect receptor specific signal transduction in dendritic cells. Immunome Res. 2010 Nov 19;6:10. (IF 5.33).
95. Trabocchi A., Stefanini I, Morvillo M.m, Ciofi L., Cavalieri D., Guarna A. Biochemical genetics approach to identify new small molecule modulators of cell growth by phenotypic screening of Saccharomyces cerevisiae strains with a library of morpholine-derived compounds. Org Biomol Chem. 2010 Dec 21;8(24):5552-7. Epub 2010 Oct 15. (IF=3.55)
96. Aldinucci A, Rizzetto L., Pieri L., Nosi D., Romagnoli P., Biagioli T., Mazzanti B., Saccardi, R., Beltrame L., Massacesi L., Cavalieri D. and Clara Ballerini. Inhibition of active immune synapse formation trough altered dendritic cell (DC) actin distribution: A new pathway of immune regulation by mesenchimal stem cells (MSCs), J Immunol. 2010 Nov 1;185(9):5102-10. (IF 6.00).
97. De Filippo C., Cavalieri D., Di Paola M., Ramazzotti M., Poullet J.B., Massart S., Pieraccini, G., Collini S., and Lionetti P. “Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa”. Proc Natl Acad Sci U S A. 2010 Aug 17;107(33):14691-6. Epub 2010 Aug 2. (IF=9.43).
98. Rizzetto L. and Cavalieri D., A systems biology approach to the mutual interaction between yeast and the immune system. Immunobiology. 2010 Sep-Oct;215(9-10):762-9. Epub 2010 Jun 9. IF 3.46.
99. Stefanini I, Trabocchi A, Marchi E, Guarna A, Cavalieri D. A systems biology approach to dissection of the effects of small bicyclic peptidomimetics on a panel of Saccharomyces cerevisiae mutants. J Biol Chem. 2010 May 25. IF=5.52 .
100. Cavalieri D. Evolution of transcriptional regulatory networks in yeast populations 2010. Wiley Interdiscip Rev Syst Biol Med. 2010 May;2(3):324-35. (IF TBA)
101. Tonini G., Baccini M., Cavalieri D. and Mini E., and Dolara P., Biggeri, A. (2010) Using regularization patterns from penalized regression in microarray experiments. Biomedical statistics and clinical epidemiology , 4 (1). pp. 35-46. ISSN 1973-2430
102. De Filippo C, Pini-Prato A, Mattioli G, Avanzini S, Rapuzzi G, Cavalieri D, Di Paola M, Stefanini I, Ceccherini I, Mavilio D, Lionetti P, Jasonni V. Genomics approach to the analysis of bacterial communities dynamics in Hirschsprung’s disease-associated enterocolitis: a pilot study. Pediatr Surg Int. 2010 Mar 20. IF 1.
103. Rizzetto L, Kuka M, De Filippo C, Cambi A, Netea MG, Beltrame L, Napolitani G, Torcia MG, D’Oro U, Cavalieri D. Differential IL-17 Production and Mannan Recognition Contribute to Fungal Pathogenicity and Commensalism. J Immunol. 2010 Apr 15;184(8):4258-68. Epub 2010 Mar 12. IF=6.0.
104. Buschow SI, Lasonder E, van Deutekom HW, Oud MM, Beltrame L, Huynen MA, de Vries IJ, Figdor CG, Cavalieri D. Dominant Processes during Human Dendritic Cell Maturation Revealed by Integration of Proteome and Transcriptome at the Pathway Level. J Proteome Res. 2010 Apr 5;9(4):1727-37. IF=5.68.
105. Cavalieri D, Calura E, Romualdi C, Marchi E, Radonjic M, Van Ommen B, Müller M. Filling gaps in PPAR-alpha signaling through comparative nutrigenomics analysis. BMC Genomics. 2009 Dec 11;10:596. IF=3.93.
106. Gamberi T, Magherini F, Borro M, Gentile G, Cavalieri D, Marchi E, Modesti A. Novel insights into phenotype and mitochondrial proteome of yeast mutants lacking proteins Sco1p or Sco2p. Mitochondrion. 2009 Apr;9(2):103-14. IF=4.26
107. Beltrame L, Rizzetto L, Paola R, Rocca-Serra P, Gambineri L, Battaglia C, Cavalieri D. Using pathway signatures as means of identifying similarities among microarray experiments. PLoS One. 2009;4(1):e4128. IF 4.41.
108. Marchi E, Cavalieri D. Yeast as a model to investigate the mitochondrial role in adaptation to dietary fat and calorie surplus. Genes Nutr. 2008 Dec;3(3-4):159-66. (IF 3.05).
109. Cavalieri D, Dolara P, Mini E, Luceri C, Castagnini C, Toti S, Maciag K, De Filippo C, Nobili S, Morganti M, Napoli C, Tonini G, Baccini M, Biggeri A, Tonelli F, Valanzano R, Orlando C, Gelmini S, Cianchi F, Messerini L, Luzzatto L. Analysis of gene expression profiles reveals novel correlations with the clinical course of colorectal cancer. Oncol Res. 2007;16(11):535-48. IF 1.45.
110. Brown K.M., Landry C.R., Hartl D.L. and Cavalieri D. Cascading transcriptional effects of a naturally occurring frameshift mutation in Saccharomyces cerevisiae. Mol Ecol. 2008 Jun;17(12):2985-97. IF 5.33.
111. van Ommen B, Cavalieri D, Roche HM, Klein UI, Daniel H. The challenges for molecular nutrition research 4: the “nutritional systems biology level”. Genes Nutr. 2008 Dec;3(3-4):107-13. Epub 2008 Sep 30. (IF 3.05)
112. Lotito L, Russo A, Chillemi G, Bueno S, Cavalieri D, Capranico G. J. Global transcription regulation by DNA topoisomerase I in exponentially growing Saccharomyces cerevisiae cells: activation of telomere-proximal genes by TOP1 deletion J. Mol Biol. 2008 Mar 21;377(2):311-22. (IF=4.14)
113. Biggeri A, Dreassi E, Lagazio C, Toti S, De Filippo C, Cavalieri D (2008) Hierarchical Bayesian Modelling of Multiple Arrays Experiments, BioMedical Statistics and Clinical Epidemiology, 2, 1, 47-55 (IF TBA).
114. Salathia N, Lee HN, Sangster TA, Morneau K, Landry CR, Schellenberg K, Behere AS, Gunderson KL, Cavalieri D, Jander G, Queitsch C. Indel arrays: an affordable alternative for genotyping. Plant J. 2007 Aug;51(4):727-37. Epub 2007 Jul 20. (IF=6.49).
115. Cavalieri D., Castagnini C., Toti S., Maciag K., Kelder T., Gambineri P., Angioli S. and Dolara P. Eu.Gene. Analyzer a tool for integrating gene expression data with pathway databases. Bioinformatics. 2007 Oct 1;23(19):2631-2. IF=4.33.
116. Gamberi T, Cavalieri D, Magherini F, Mangoni ML, De Filippo C, Borro M, Gentile G, Simmaco M, Modesti A. An integrated analysis of the effects of Esculentin 1-21 on Saccharomyces cerevisiae. Biochim Biophys Acta. 2007 Jun;1774(6):688-700. (IF 2.2).
117. Sardi I, Cavalieri D, Massimino M. Emerging treatments and gene expression profiling in high-risk medulloblastoma. Paediatr Drugs. 2007;9(2):81-96. Review.
118. Christian R. Landry, Jeffrey P. Townsend, Daniel L. Hartl and Cavalieri D. Ecological and Evolutionary Genomics of Saccharomyces cerevisiae (2006) Mol Ecol. 2006 Mar;15(3):575-91. (IF. 5.33).
119. Landry CR, Oh J, Hartl DL, Cavalieri D. Genome-wide scan reveals that genetic variation for transcriptional plasticity in yeast is biased towards multi-copy and dispensable genes. Gene. 2006 Feb 1;366(2):343-51. (IF 2.58).
120. Cavalieri D., De Filippo C., Bioinformatic methods for integrating whole-genome expression results into cellular networks. Drug Disc Today 2005, 10:727-734. (IF 6.62).
121. Giuntini E, Mengoni A, De Filippo C, Cavalieri D, Aubin-Horth N, Landry CR, Becker A, Bazzicalupo M Large-scale genetic variation of the symbiosis-required megaplasmid pSymA revealed by comparative genomic analysis of Sinorhizobium meliloti natural strains. BMC Genomics. 2005 Nov 10;6:158.(IF 3.93)
122. Luceri C, De Filippo C, Giovannelli L, Blangiardo M, Cavalieri D, Aglietti F, Pampaloni M, Andreuccetti D, Pieri L, Bambi F, Biggeri A, Dolara P. Extremely low-frequency electromagnetic fields do not affect DNA damage and gene expression profiles of yeast and human lymphocytes. Radiat Res. 2005 Sep;164(3):277-85. (IF 3.04).
123. Kandror O, Bretschneider N, Kreydin E, Cavalieri D, Goldberg AL. Yeast adapt to near-freezing temperatures by STRE/Msn2,4-dependent induction of trehalose synthesis and certain molecular chaperones. Mol Cell. 2004 Mar 26;13(6):771-81. (IF 14.44).
124. Cavalieri D, Grosu P. Integrating whole-genome expression results into metabolic networks with Pathway Processor. Curr Protoc Bioinformatics. 2004 May;Chapter 7:Unit 7.6. (IF TBA)
125. Leung, JF., Cavalieri D., Fundamentals of Microarray Data Analysis, (2003). Trends in Genetics, 19 (11):649-659. (IF.9.95).
126. Cavalieri D, McGovern PE, Hartl DL, Mortimer R, Polsinelli M. Evidence for S. cerevisiae fermentation in ancient wine. J Mol Evol. 2003;57 Suppl 1:S226-32. (IF 2.76)
127. Townsend JP, Cavalieri D, Hartl DL. Population genetic variation in genome-wide gene expression. Mol Biol Evol. 2003 Jun;20(6):955-63. (IF 7.3).
128. Ball CA, Sherlock G, Parkinson H, Rocca-Sera P, Brooksbank C, Causton HC, Cavalieri D, Gaasterland T, Hingamp P, Holstege F, Ringwald M, Spellman P, Stoeckert CJ Jr, Stewart JE, Taylor R, Brazma A, Quackenbush J; Microarray Gene Expression Data. The underlying principles of scientific publication. Bioinformatics. 2002 Nov;18(11):1409. Review. (IF 6.325)
129. Ball CA, Sherlock G, Parkinson H, Rocca-Sera P, Brooksbank C, Causton HC, Cavalieri D, Gaasterland T, Hingamp P, Holstege F, Ringwald M, Spellman P, Stoeckert CJ Jr, Stewart JE, Taylor R, Brazma A, Quackenbush J; Microarray Gene Expression Data (MGED) Society. Standards for microarray data. Science. 2002 Oct 18;298(5593):539. (IF= 30.028).
130. Ball CA, Sherlock G, Parkinson H, Rocca-Sera P, Brooksbank C, Causton HC, Cavalieri D, Gaasterland T, Hingamp P, Holstege F, Ringwald M, Spellman P, Stoeckert CJ Jr, Stewart JE, Taylor R, Brazma A, Quackenbush J; Microarray Gene Expression Data (MGED) Society. A guide to microarray experiments-an open letter to the scientific journals. The Lancet, Volume 360, Issue 9338, Page 1019, 28 September 2002. (IF=33.633).
131. Grosu P, Townsend JP, Hartl DL, Cavalieri D. Pathway Processor: a tool for integrating whole-genome expression results into metabolic networks. Genome Res. 2002 Jul;12(7):1121-6. IF=10.176
132. Sebastiani F, Barberio C, Casalone E, Cavalieri D, Polsinelli M. Crosses between Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces bayanus generate fertile hybrids. Res Microbiol. 2002 Jan-Feb;153(1):53-8. (IF=2.65).
133. Cavalieri D, De Filippo C, Grosu P, and Biggeri A. (2002) Making sense of whole genome expression data: microarray databases and tools for integrating whole-genome expression results into cellular networks. Minerva Biotech, 14:291-304. (IF=0.2).
134. Roselli G., Petruccelli R, Polsinelli L., Cavalieri D., (2002) Genetic Variability in Olea Europea sp. Journal of Genetics and Breeding Vol 56. (IF=0.2).
135. Schaus SE, Cavalieri D, Myers AG. Gene transcription analysis of Saccharomyces cerevisiae exposed to neocarzinostatin protein-chromophore complex reveals evidence of DNA damage, a potential mechanism of resistance, and consequences of prolonged exposure. Proc Natl Acad Sci U S A. 2001 Sep 25;98(20):11075-80. (IF=9.43).
136. Barberio C, Pagliai L, Cavalieri D, Fani R. Biodiversity and horizontal gene transfer in culturable bacteria isolated from activated sludge enriched in nonylphenol ethoxylates. Res Microbiol. 2001 Jan-Feb;152(1):105-12. (IF=2.06).
137. De Filippo C and Cavalieri D., (2001) Yeast in the post genomic era: Use of DNA microarrays to study stress response, response to drugs and alkylating agents in S.cerevisiae. Minerva Biotech. v. 13(#4) pp. 249-254. (IF=0.2).
138. Cavalieri D., Townsend J. P. & Hartl D. L. (2000) Manifold anomalies in gene expression in a vineyard isolate of Saccharomyces cerevisiae revealed by DNA microarray analysis. Proc Natl Acad Sci USA.; 97:12369-12374. (IF=9.43).
139. Casalone E, Barberio C, Cavalieri D, Polsinelli M. Identification by functional analysis of the gene encoding alpha-isopropylmalate synthase II (LEU9) in Saccharomyces cerevisiae. Yeast. 2000 Apr;16(6):539-45. (IF=2.62).
140. Casalone E, Barberio C, Cavalieri D, Ceccarelli I, Riparbelli M, Ugolini S, Polsinelli M. Disruption and phenotypic analysis of six novel genes from chromosome IV of Saccharomyces cerevisiae reveal YDL060w as an essential gene for vegetative growth. Yeast. 1999 Nov;15(15):1691-701. (IF=2.62).
141. Bendoni B, Cavalieri D, Casalone E, Polsinelli M, Barberio C. Trifluoroleucine resistance as a dminant molecular marker in transformation of strains of Saccharomyces cerevisiae isolated from wine. FEMS Microbiol Lett. 1999 Nov 15;180(2):229-33. (IF=2.02).
142. Cavalieri D, Casalone E, Bendoni B, Fia G, Polsinelli M, Barberio C. Trifluoroleucine resistance and regulation of alpha-isopropyl malate synthase in Saccharomyces cerevisiae. Mol Gen Genet. 1999 Feb;261(1):152-60. (IF=2.84).
143. Cavalieri D., C. Barberio ,E. Casalone, F. Pinzauti, F. Sebastiani, R.K. Mortimer, M. Polsinelli. (1998) Genetic and molecular Diversity in S. cerevisiae natural populations. Food Technol. Biotechnol., 36 (1) 45-50. (IF=1.23).
144. Casalone E, Fia G, Barberio C, Cavalieri D, Turbanti L, Polsinelli M. Genetic and biochemical characterization of Saccharomyces cerevisiae mutants resistant to trifluoroleucine. Res Microbiol. 1997 Sep-Oct;148(7):613-23. (IF=2.06).
145. R., Fani, E.Tamburini, E., Mori, A., Lazcano, P., Liò, C., Barberio, E., Casalone, D.Cavalieri, B., Perito and M., Polsinelli (1997). Paralogous histidine biosynthetic genes: evolutionary analysis of the Saccharomyces HIS6 and HIS7 genes. Gene, 197, 9-17. (IF=2.58).
146. Paffetti D, Barberio C, Casalone E, Cavalieri D, Fani R, Fia G, Mori E, Polsinelli M. DNA fingerprinting by random amplified polymorphic DNA and restriction fragment length polymorphism is useful for yeast typing. Res Microbiol. 1995 Sep;146(7):587-94. (IF= 2.65).
147. Bogani P., Cavalieri D., Petruccelli R., Polsinelli L., Roselli G. (1994), Identification of olive tree cultivars by using Random Amplified Polymorphic DNA. Acta Hort., 356, 98-101.

Pubblicazioni per esteso senza peer review.

1. Cavalieri D., De Filippo C., Lebboroni M., Rustioni M., Tuoni G., Ciofi D., Oliva G., Gargini A. e De Filippo G.B. (1997), Il fiume Pesa, la Fitodepurazione. Analisi integrata del Territorio. Comune di Tavarnelle Val di Pesa, pp1-158, Firenze, Settembre 1997.
2. Mario Polsinelli, Claudia Barberio, Enrico Casalone, Duccio Cavalieri. (1998) Le tecnologie biomolecolari nello studio della biodiversità dei lieviti. I Georgofili, Quaderni 1998-VII, 37-64.
3. Duccio Cavalieri, (1998) tesi di Dottorato di Ricerca in Scienze Genetiche (Genetica e Biologia Molecolare) X ciclo, “Isolamento e caratterizzazione genetico-molecolare di mutanti di Saccharomyces cerevisiae resistenti alla 5,5,5-trifluoro-DL leucina e identificazione del gene codificante l’-isopropil-malato sintetasi II” febbraio 1998. Biblioteca del dipartimento di Genetica di Pavia, Biblioteca del dipartimento di Biologia Animale e Genetica di Firenze, Biblioteca Nazionale Centrale di Roma e Firenze.
4. Duccio Cavalieri (2000) La Variabilità in popolazioni naturali di lieviti da vino. (Variability in natural populations of wine yeasts) In “I nostri Lieviti dalla vite al vino”, pag 50-62, Aida edizioni, luglio 2000.
5. Jeffrey Townsend and Duccio Cavalieri Cover Page Image, and paragraph 13.8 page 578-580 Functional Genomics in Chapter 13 Genetic Ingeneering and Genomics, in Genetics-Analysis of Genes and Genomes from DL Hartl and EW Jones, 2001, Jones and Bartlett Publishers Sudbury MA.
6. Hartl, D.L., C.D. Meiklejohn, C.I. Castillo-Davis, D. Cavalieri, J.M. Ranz, and J.P. Townsend, (2003). Expression Profiling in Evolutionary Genetics. In The Evolution of Population Biology: Modern Synthesis, pp74-93 Eds. R. K. Singh and M. K. Uyenoyama. Cambridge University Press, Cambridge.
7. Cavalieri D., Grosu P. (2004) Pathway Processor a tool to integrate whole genome information into metabolic networks. Current Protocols in Bioinformatics Wiley and sons Inc., March 2004.
8. Biggeri A, Cavalieri D, Dreassi E, Lagazio C, Toti S (2004) Hierarchical Bayesian Modelling of Multiple Arrays Experiments, Note di ricerca del Dipartimento di Statistica dell’Università di Udine, 11.04.
9. Duccio Cavalieri e Carlotta De Filippo, "Microorganismi cibo e ambiente: un equilibrio da scoprire". Info Intesa Nr 233 Dicembre 2012, www.intesa.unifarm.it.
10. Carlotta De Filippo, Duccio Cavalieri, Paolo Lionetti. The Effect of Diet on Gut Microbiota in Humans Living in Different Environments: A Metagenomic Approach. 279-297. In Genomics Applications for the Developing World, Springer. ISBN 978-1-4614-2181-8-DOI 10.1007/978-1-4614-2182-5-2012.
11. Kieran M. Tuohy, Paola Venuti, Simone Cuva, Cesare Furlanello, Mattia Gasperotti, Andrea Mancini, Florencia Ceppa, Duccio Cavalieri, Carlotta de Filippo, Urska Vrhovsek, Francesca Fava. “ Diet and the gut microbiota – how the gut:brain axis impacts on autism” in “Diet-Microbe Interactions in the Gut”, 2014 Publisher: Elsevier, Editor: Kieran Tuohy & Daniele Del Rio, ISBN: 978-0-12-407825-3
12. Irene Stefanini, Carlotta De Filippo, Duccio Cavalieri. Yeast as a model in High Throughput Screening of Small Molecule Libraries. In Diversity Oriented Synthesis, Wiley, ISBN 978-1-118-14565. 4QD262.D58 2013. Pag. 455-482.
13. Franco Miglietta, Duccio Cavalieri, Alla ricerca dei "vecchi amici" fascicolo: Sapere - numero 2 - marzo/aprile 2014 - pp. 34-38 editore: edizioni Dedalo - Bari – Italia DOI: 10.12919/sapere.2014.02.5.
14. Duccio Cavalieri. Vivere bene col nostro micobiota: candidiasi, dieta e altre infezioni fungine ricorrenti. Info Intesa Nr 265 Agosto 2015, www.intesa.unifarm.it.

BREVETTI

Patent (PCT 16042015-2014) from Fondazione Mach, Plant sRNA extract for use as an immunosuppressive agent. Roberto Viola, Duccio Cavalieri, Lisa Rizzetto, Azzedine Siammour.

Current and Recent research Funding (10 years track record).

1. SYBARIS-EU 7th FP-Project ID: 242220-Deputy Coordinator-WP leader 2009-2013 (http://cordis.europa.eu/result/rcn/140847_en.html).-600.00 Eu
2. Contributo Liberale-Fondazione Tomasello-Il lievito come modello per lo studio delle malattie mitocondriali-50.000 Eu.                                                                                                              
3. TNO (Netherlands) Research Contract-U.E. Eurreca (Harmonising micronutrient recommendations across Europe with special focus on vulnerable groups and consumer understanding)" pathways e biological networks curation. 01/07/2009 - 30/06/2010, 34900 Eu.
4. IXO Therapeutichs - IXO 423 "Japanin pathway anaysis" 15/06/2009 - 14/06/2010,  6900 Eu.
5. Oxford Universty"test responses of dendritic cells to certain chemical compounds 29/10/2009 - 12/11/2010 4800 Eu.
6. Research contract : 12/01/2010  -  31/12/2012, UNIVERSITY HOSPITAL ERLANGEN. Contract for services 60000 Eu.
7. Research Contract: KAISER  -   BIOKIS , ASI/NASA/ESA  Human flight program: Mission shuttle 2010, 7500 Eu.
8. Research contract NIJMEGEN University- "systems biology approaches to melanoma immunotherapy" 1/12/2010 - 31/10/2014, 80000 Eu
9. CASSA RISP. FIRENZE Identificazione di varianti genetiche responsabili di reazioni avversi gravi a farmaci xenouinibitori: studio di farmacogenomica e metagenomica per una medicina personalizzata 24/02/2011 - 23/02/2013, 60000 Eu
10. 2011-2015- Startup Grant-Computational Biology Department Special grant, Fondazione Edmund Mach, Provincia Autonoma di Trento, 3.000.000 Eu.
11. MetafoodBookLabs-Progetto Finalizzato, Aggiuntivo all' Accordo di Programma Fondazione Edmund Mach, Provincia Autonoma di Trento-UNIFARM-Trento. 2013-2014, 200.000 Eu
12. Research contract Vaccine Adjuvants-Novartis Vaccines-Siena- 90.000 Eu.
13. Contratto di ricerca-Progetto Costalunga 1, Azienda Agricola Zenato-Fondazione Edmund Mach, 30/12/2013-30/12/2014, 20.000 Eu.
14. Contratto di ricerca-Progetto Costalunga 2-Azienda Agricola Zenato-Fondazione Edmund Mach, 30/12/2014-30/12/2015, 20.000 Eu.
15. 2015-2017. Subcontractor, SCD –ESA- ISS-Soyuz-TMA-16M (ISS 42S) Grant to Silvia Bradamante 10.000 EU.
16. UNIFARM FIRST PhD Fellowship grant (2012-2015), 50.000 Euro.
17. AdP project (code P1412011I) Provincia Autonoma di Trento. New insights into the biology and ecology of the insects vectors of apple proliferation for the development of sustainable control strategies. WP3: VECTOR – PATHOGEN INTERACTIONS AND SPECIFICITY 50.000 EU.
18. JPI EMPADASI-JPI EMPADASI-EU- European Nutritional Phenotype Assessment Data Sharing Initiative (ENPADASI 2014) Knowledge Hub Network -EU-2014-2016, 240.000 Eu.
19. ERANET COFUND HDHL-INTIMIC 2017-Transmic EU-2018-2020- CO-PI, 200.000 Eu.
20. VESPATER- POR-FESR FSE Regione Toscana, CAVALIERIUNIFIFSE2 017VESPATER -2018-2020, 50.000. Eu
21. CAVALIERISTEVEJONES2019-Commessa di ricerca industriale ditta Steve Jones PROGETTO FINALIZZATO A DEFINIRE LE CONDIZIONI CHE PERMETTANO LA CRESCITA OTTIMALE IN CO-COLTURA DI MICRORGANISMI IN GRADO DI MODULARE LA RISPOSTA IMMUNITARIA NELL’UOMO-Fase 1, 9000 Eu.
22. CAVALIERISTEVEJONES2020-Commessa di ricerca industriale ditta Steve Jones. PROGETTO FINALIZZATO A DEFINIRE LE CONDIZIONI CHE PERMETTANO LA CRESCITA OTTIMALE IN CO-COLTURA DI MICRORGANISMI IN GRADO DI MODULARE LA RISPOSTA IMMUNITARIA NELL’UOMO-Fase 2, 9000 Eu.
23. Network-CIB: Catalisi dell’Innovazione nelle biotecnologie” finanziato dal MIUR ex Bando per finanziamento progetti competitivi di Consorzi Interuniversitari di ricerca ex D.M. 1049 dd 29/12/18 “Studio dell’interazione rizosfera-nematodi mediante approcci di metagenomica funzionale” da svolgersi nell’ambito del progetto competitivo “ Co PI, 27.250 Eu.
24. Hong Kong University-CAVALIERIHONGKON G2018 - “How small things can result in massive changes: the role of microbiomes in the conquest of land by animals”, 9600 Eu.
25. Gut Brain axis and learning Project. Pritzker’s foundation, 50.000 Eu
26. CAVALIERI_MIPAAF_HDHLINTIMIC_19, COFUND della JPI-HLDL-Proposal HP 868-Knowledge Platform on Food, Diet, Intestinal Microbiomics and Human Health research of the Joint Programming Initiative a Healthy Diet for a Healthy Life (JPI HDHL). 01/11/2018-01/11/2020. 19.800 Eu.
27. H2020-EU project 863059 – 2019-2024 Food and Nutrition Security Cloud FNS-Cloud-https://cordis.europa.eu/project/id/863059/it. 100.000 Eu.
28. Future in Biomedical Research-Tuscan Region-Risk Crohn Biom-September 2020-september 2022-Co PI- 250.000 Eu.

Undergraduate thesis tutoring:

1. Julia Oh, nternship for experimental thesis dissertation, 2002-2003.Msc Biology Faculty of Arts and Sciences-Harvard University, Organismic and Evolutionary Biology Department.
2. Jipeng Zhao, internship for experimental thesis dissertation, 2002-2003.Msc Biology Faculty of Arts and Sciences-Harvard University, Organismic and Evolutionary Biology Department.
3. Debora Comaducci, Corso di Laurea in Biotecnologie, Università degli Studi di Firenze, anno accademico 2007-2008.
4. Irene Costantini, tesi di laurea specialistica in Biotecnologie Mediche, anno 2011.
5. Andrea Marranci, Corso di Laurea in Biotecnologie, Università degli Studi di Firenze, anno accademico 2008-2009.
6. Valentina Cappelletti, Università degli Studi di Firenze, tesi di laurea specialistica in Biotecnologie Mediche, anno 2011.
7. Martina Ruffo, tesista, Scienze Biologiche, Università degli Studi di Firenze, 2010.
8. Concetta Canciello, Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali Corso di Laurea in Scienze Biologiche 2017-2018.
9. Francesca Castellani, Facoltà di Farmacia, Corso di Laurea in Chimica e Tecnologie Farmaceutiche, anno accademico 2003-2004.
10. Lucia Sassoli, tesista, Chimica e Tecnologie Farmaceutiche, 2004-2005.
11. Valentina Cappelletti, Università degli Studi di Firenze, tesi di laurea specialistica in Biotecnologie Mediche, anno 2011.
12. Irene Costantini, magistrale in Biotecnologie mediche, Università di Firenze, a.a. 2011.
13. Francesco Borsi- Facoltà di Scienze Matematiche Fisiche e Naturali Corso di Laurea Specialistica in Scienze e Tecnologie Biomolecolari curriculum Genetica anno 2011.
14. Chiara Misci: Sessione di Laurea dicembre 2017 del 18/12/2017, Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108).
15. Concetta Canciello: Sessione di Laurea febbraio 2018 del 21/02/2018, Corso di Laurea triennale: Scienze Biologiche (B005).
16. Agnese Gori, CDL in Scienze dell'Alimentazione (cod.B207-B094-0471) del 21/02/2018.
17. Alice Lippi, Sessione di Laurea ottobre 2018 del 22/10/2018 Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108)
18. Diletta Rosati, Sessione di Laurea ottobre 2018 del 22/10/2018, Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108)
19. Andrea Chiara Masi, Sessione di Laurea ottobre 2018 del 22/10/2018, Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108),
20. Stefano Nenciarini, Sessione di Laurea aprile 2019 del 15/04/2019 , Corso di Laurea magistrale: BIOTECNOLOGIE MOLECOLARI (B108).
21. Martina Montanari: Sessione di Laurea settembre 2018 del 26/09/2018 Corso di Laurea magistrale: Biologia (B092).

22        Claudia Bevilacqua, Sessione di Laurea del 29 Aprile 2019 - CLM Scienze e Gestione delle Risorse Faunistico-Ambientali del 29/04/2019.

3. Alessia Ciccione, sessione di laurea del CDL Chimica e Tecnologia Farmaceutiche (cod.B053-0324-0406) del 16/12/2019. Corso di Laurea magistrale a ciclo unico: CHIMICA E TECNOLOGIA FARMACEUTICHE (B053).
4. Lorenzo Carciero, Sessione di Laurea Novembre 2020, 27/11/2020, 2018 Corso di Laurea magistrale: BIOLOGIA MOLECOLARE E APPLICATA (B230).
5. Cerasuolo Benedetta, Sessione di Laurea Dicembre 2020, 21/12/2020, 2018 Corso di Laurea magistrale: BIOLOGIA MOLECOLARE E APPLICATA (B230).
6. Elena Pasquinelli, Sessione di Laurea Gennaio 2020, 20/01/2021, Corso di Laurea magistrale: BIOLOGIA MOLECOLARE E APPLICATA (B230)

Training Master Internship

Kirchmeier Michael 25/11/2019-31/01/2020.

Benedetta Cerasuolo. 20/11/2019-20/12/2019.

Claudia Bevilaqua 25/02/2019-15/03/2019.

Alice Lippi. 18/04/2018-23/09/2018.

Elena Pasquinelli 06/07/2020-07/08/2020.

Lorenzo Carciero 26/06/2020-27/07/2020.

Caverni Chiara 07/09/2020-28/02/2021.

PHD Mentorship

1. Stefano Nenciarini, Scuola di Dottorato di Parma 2019-today.
2. Sonia Renzi, Scuola di Dottorato di Parma 2019-today.
3. Niccolò Meriggi Scuola di dottorato di Ferrara, 2016-2019.
4. Francesco Strati- Università degli studi di Trento e First PhD School CRI-FEM, 2013-2016
5. Valentina Cappelletti, Università degli studi di Padova e First PhD School CRI-FEM, 2012-2015.
6. Irene Stefanini, dottorato in Farmacologia e Tossicologia, 2008-2011.
7. Thomas Kelder: University of Maastricht, PhD in Bioinformatics, PhD thesis on Pathway Analysis, Controrelatore, July 8 2011.
8. Sobia Raza, University of Edinburgh, Roslin Institute, External Examinator, Phd Thesis, August 29 2011.
9. Lisa Rizzetto, dottoranda università di Parma, dottorato in Biotecnologie, 2007-2010.
10. Kyle M Brown, dottorando PhD student, PhD in Genetics, Faculty of Arts and Sciences-Harvard University, Organismic and Evolutionary Biology Department 2003-2004.
11. Christian Landry, dottorando PhD in Genetics, Faculty of Arts and Sciences-Harvard University, Organismic and Evolutionary Biology Department 2001-2004.

Main achievements

Cavalieri’s main research interest is the application of Genomics approaches to the coevolution of the host and its microbiome in the context of a changing environment. His main achievement are: The discovery of Crabro wasps as winter sanctuaries of S.cerevisiae, the discovery of trained Immunity, i.e. the cross talk between the mycobiome, innate immunity and the gut brain axis, elucidating effect of diet globalization on the gut microbiota. Cavalieri has also performed seminal research on space flight, both on the development of osteoblast in an experiment on the International Space Station, (DAMA mission) and on mating and formation of novel species during space flight, with an experiment on the last mission of the Shuttle (BIOKISS). His work has produced 161 peer reviewed publications with a global impact of over 11.000 citations and an H index of 48 (google Scholar) and over 7100 citations and H index of 38 (citations on peer reviewed journals) according to Scopus (Scopus-Author ID: 7004993603).

Duccio Cavalieri is also Member of the FINPOL, the organizing board of the ICYGMB.

The work "Impact of diet in shaping gut microbiota revealed by a comparative study in children from Europe and rural Africa" (De Filippo C et al., PNAS . 2010 107 (33) : 14691-6 ), is the second most cited articles in PNAS since 2010 (over 4000 citations ).

The Paper I Stefanini , Dapporto L, Berna L, Polsinelli M., Turillazzi S , Cavalieri D. Social wasps are a Saccharomyces mating nest. Proc Natl Acad Sci US A. 2016 Feb 23;113(8):2247-51. doi: 10.1073/pnas.1516453113. Epub 2016 Jan 19., (221 Citations) has been highlighted with an interview to Duccio Cavalieri in Science (http://www.sciencemag.org/news/2016/01/brewer-s-yeasts-mate-inside-guts-hibernating-wasps), The Scientist, il Corriere della Sera, Science Videos and 40 other web sites.

Cavalieri’s research network includes Denis Sandris Nielsen (KU-DK) Curtis Huttenower (Harvard MA), Hans Hofmann (UT-Austin), Daniel Hartl (Harvard OEB), Andrew Murray (Harvard, MCB), Mihai Nethea (Rabound University-NL), Omry Koren (Israel), Carmen Collado (Spain), Neil Gow (Aberdeen), Jens Nielsen (DTU-DK and Gotheborg University, Sweden), Georgios Karras (USA), Aviv Regev (USA), Nicola Segata (IT), Monoca Monici (Unifi), Paola Bradamante (Unimi), Marco Vukic (Keiser).

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