Matteo Benelli ha conseguito la laurea magistrale in Fisica presso l’Università di Firenze e ha completato il dottorato di ricerca in "Dinamica Non Lineare e Sistemi Complessi" presso lo stesso ateneo, concentrandosi sullo sviluppo di metodi computazionali in genomica. Successivamente, ha svolto un periodo di post-dottorato presso il Laboratorio di Oncologia Computazionale e Funzionale dell’Università di Trento, studiando la genomica e l’epigenetica del carcinoma prostatico avanzato sotto la supervisione della Prof.ssa Francesca Demichelis. Nel 2017, è diventato responsabile di gruppo presso il Dipartimento di Oncologia dell’Ospedale di Prato, diretto dal Dr. Angelo Di Leo. In questa sede, ha fondato un nuovo gruppo di ricerca dedicato all’omic della neoplasia mammaria e alle sue applicazioni traslazionali. Nel 2021, è stato nominato co-Principal Investigator e coordinatore del Comitato di Analisi dei Dati del programma multinazionale AURORA-EU, dedicato alla caratterizzazione molecolare del carcinoma mammario metastatico. Nel 2024, Matteo Benelli ha assunto il ruolo di Professore Associato di Biochimica presso l’Università di Firenze.
Versione Marzo 2025
Nome
Matteo Benelli
Indirizzo
Dipartimento di Scienze Biomediche Sperimentali e Cliniche “Mario Serio”
Università degli Studi di Firenze
50134 Firenze
Telefono
+39 055 2751238
E-mail
Nazionalità
Italiana
Esperienza lavorativa
Marzo 2024 – oggi
Università degli Studi di Firenze, Piazza San Marco, 4, 50121, Firenze
Istruzione e Ricerca
Professore Associato (BIOS-07/A)
Gennaio 2017 – Febbraio 2024
Azienda USL Toscana Centro, Piazza Santa Maria Nuova, 1, 50121, Firenze
Sanità e Ricerca
Coordinatore del team di Bioinformatica (Group Leader) (tempo indeterminato da Giugno 2021)
Coordinamento e supervisione del gruppo di ricerca in bioinformatca e cancer omics presso la SOC Oncologia Medica del Nuovo Ospedale S.Stefano di Prato
Febbraio 2015 – Dicembre 2016
Università degli Studi di Trento, via Calepina, 14, 38122 Trento
Ricerca
Assegnista di Ricerca presso Dipartimento di Biologia Cellulare, Computazionale e Integrata (CIBIO)
Post-doc presso il laboratorio di Computational and Functional Oncology del CIBIO (PI: Prof. Francesca Demichelis)
Luglio 2012 – Gennaio 2015
Azienda Ospedaliera-Universitaria Careggi, Largo Brambilla, 3, 50134 Firenze
Bioinformatico Principale presso SOD Diagnostica Genetica
Supervisione e coordinamento del gruppo di bioinformatica della SOD Diagnostica Genetica (dir. Dr. Francesca Torricelli)
Maggio 2012 – Luglio 2012
Università di Bologna, Via Zamboni, 33, 40126 Bologna
Contratto di ricerca (CoCoCo) presso UO Genetica Medica dell’Azienda Ospedaliero-Universitaria S. Orsola, Bologna
Contratto di ricerca per analisi dati NGS all’interno del progetto FP7 CHERISH (responsabile Prof. Giovanni Romeo) presso la UO Genetica Medica (dir. Prof. Marco Seri)
Istruzione e formazione
• Date (da – a)
Novembre 2016 – Dicembre 2019
• Nome e tipo di istituto di istruzione o formazione
Università degli Studi di Firenze, P.zza S. Marco 4, 50121 Firenze
• Qualifica conseguita
Specializzazione in Fisica Medica
Titolo della tesi: Development of a new software for comprehensive analysis of radiomics data
Relatore: Prof. Stefania Pallotta
• Voto conseguito
70/70
Gennaio 2009 – Marzo 2012
Dottorato di Ricerca in Dinamica Non Lineare e Sistemi Complessi - Dipartimento di Sistemi e Informatica
Titolo della tesi: Bioinformatics for the identification of structural variations in the human genome
Relatore: Prof. Roberto Livi
• Giudizio
Ottimo
Settembre 2005 – Aprile 2008
Università degli Studi di Firenze, Piazza S. Marco 4, 50121 Firenze
Laurea Specialistica in Scienze Fisiche e Astrofisiche (20/S)
Titolo della tesi: Studio dell’emissione non evaporativa in collisioni fra nuclei pesanti alle energie di Fermi
Relatore: Prof. Andrea Stefanini
110/110
Esperienza Didattica
(Corsi universitari e di formazione)
2018-2023
Docente al IV-VIII corsi di formazione annuale “Tumori gastrointestinali: dalla pratica clinica alla biologia”, Prato
2023
Docente al corso “Gestione delle neoplasie polmonari in Azienda USL Toscana Centro – attualità e prospettive future”, Prato
2021
Docente al Master di II livello in Biomedicina Computazionale, Università degli Studi di Firenze, Firenze
2020-2022
Docente al Master di I livello in Management e controllo dei Sistemi Informativi nel laboratorio Biomedico
2019
Seminario su invito per la Scuola di Specializzazione in Fisica Medica dell’Università di Milano, Dipartimento di Fisica, Milano
2018
Docente al corso di formazione “NGS e varianti geniche” organizzato da Scuola Medica Ospedaliera di Roma, Roma
2017
Docente al corso “Focus on Breast Cancer, Azienda USL Toscana Centro, Prato/Firenze
Docente al corso di formazione “Geni e Test genetici: dal laboratorio alle applicazioni cliniche” organizzato da Scuola Medica Ospedaliera di Roma, Roma
2016
Docente (18 ore frontali) del corso di Biologia Computazionale all’interno della Laurea Triennale in Scienze e Tecnologie Biomolecolari dell’Università di Trento
2014
Docente al corso di formazione “L' A B C della genetica per il cardiologo” organizzato da Società Italiana Cardiologia. Roma, LXXV congresso nazionale Società Italiana Cardiologia.
2011–2015
Coordinatore scientifico e docente al corso periodico di Alta Formazione “Elementi di Bioinformatica per l’analisi di dati NGS”, Azienda Ospedaliera, Azienda Ospedaliera Universitaria di Careggi (9 edizioni e >100 partecipanti)
2013
Docente al corso di perfezionamento in “Nuove tecnologie in medicina molecolare”, Università di Padova
Docente al corso “Bioinformatic analysis of NGS data in consanguineous families”, Sultan Qaboos University, Oman
2012
Docente al corso avanzato “Citogenetica costituzionale: il cariotipo molecolare perché, quando e come”, EO Galliera, Genova
2009
Docente nel corso di formazione in “Metodi bioinformatici per l’analisi di tecnologie microarray“, Congresso Nazionale della Società Italiana di Genetica Umana (SIGU), Torino
Supervisione di studenti e Post-doc
2017 - 2024
SOC Oncologia Medica di Prato, Nuovo Ospedale S.Stefano di Prato:
2015-2017
Dipartimento CIBIO, Università degli Studi di Trento:
2016-2019
External supervisor di 1 studente di dottorato dal programma di dottorato in “Biomedical Science and Biotechnology”, Università degli Studi di Udine e CRO di Aviano
2012-2015
2 borsisti post-laurea in bioinformatica presso la SOD Diagnostica Genetica, Azienda Ospedaliera-Universitaria di Careggi, Firenze
Relatore su invito o selezionato
2024
Relatore su invito alla conferenza “Tackling the implementation gap for the uptake of NGS and advanced molecular diagnostics into healthcare systems: The Role of Pathology and Medical Laboratories” organizzata da European Alliance for Personalised Medicine (EAPM)
Titolo dell’intervento: AURORA (Aiming to understand the molecular aberrations in metastatic breast cancer)
Relatore su invito al congresso PRATO (Perspectives and Research AdvancemenTs in Oncology) – Breast Cancer, Prato
Titolo dell’intervento: “Dissecting molecular landscape of metastatic breast cancer: the AURORA-EU initiative”
Relatore su invito al 25° Meeting annuale dell’Italian Sarcoma Group (ISG), Bologna.
Titolo dell’intervento: “How to use Big Data”
2022
Relatore su invito con seminario dal titolo “Computational molecular and imaging omics to accelerate translational research in oncology”, IFOM, Milano
Relatore su invito al 24° Meeting annuale dell’Italian Sarcoma Group (ISG), Bologna.
Titolo dell’intervento: “Role of radiomics and its application to sarcomas”
Relatore su invito con seminario dal titolo “The analysis of radiomic datasets with RadAR, a new package for R”, workshop “Artificial Intelligence applied to Medical Physics” organizzato da Associazione Italiana di Fisica Medica (AIFM), Online
2020
Relatore su invito al 106° Congresso Nazionale della Società Italiana di Fisica (SIF), Online.
Titolo dell’intervento: “Bioinformatics for cancer omics data”
Selezionato come relatore al Workshop “International day of Medical Physics”, Matera. Titolo dell’intervento: “Comprehensive statistical analysis of radiomics data by RadAR, a new package for R”
Relatore su invito al Breast Cancer Research Foundation (BCRF) Founder’s Fund retreat. New York, US. Titolo dell’intervento: “New techniques: single-cell transcriptomics”
Relatore su invito al workshop “Mediterranean Workshop on Medical Physics”, Agrigento. Titolo dell’intervento: “Omics in oncology”
2018-2019
Relatore su invito a Bio-rad user meeting, Palermo, Ferrara e Bari. Titolo dell’intervento: “Single-cell transcriptome profiling of breast cancer cell lines to investigate mechanisms of resistance to CDK4/6 inhibitors”
Relatore su invito con seminario dal titolo “Role of DNA-methylation alterations in cancer”, Dipartimento di Scienze Mediche e Chirurgiche – DIMEC, Università di Bologna, Bologna
Relatore su invito al simposio “How Big Data could support better diagnosis and treatment outcomes for Prostate Cancer”, CNR di Sesto Fiorentino. Titolo dell’intervento: ”Cancer genomics”
Relatore su invito con seminario dal titolo “Role of DNA-methylation in prostate cancer development and progression”, Centro di Riferimento Oncologico (CRO) di Aviano
Relatore su invito al workshop “The genomics revolution: from big data to personalized medicine”, Firenze. Titolo dell’intervento: “Role of DNA-methylation in tumorigenesis and cancer progression”
Invitato come esperto al workshop CASyM “Clinical needs in oncology and cardiovascular diseases as drivers for a Systems Medicine approach”, Genova
Selezionato come relatore al Congresso Annuale della Società Italiana di Bioinformatica (BITS), Udine. Titolo dell’intervento: “EricScript to identify gene fusions in paired-end RNA-seq data”
Attività e Incarichi Scientifici
2021 - oggi
Co-Principal Investigator e coordinatore della Data Analysis Committee del progetto AURORA (NCT02102165) coordinato da Breast International Group (BIG) (BE)
2011 - oggi
Revisore per riviste scientifiche internazionali come Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Cancer Research, Clinical Epigenetics, Genome Medicine, Molecular Cancer Research, npj Breast Cancer, Nucleic Acids Research
Altre esperienze professionali
2019 - 2023
Consulente per Novartis per analisi bioinformatiche dei dati molecolari generati all’interno dello studio clinico BioItaLEE (CLEE011AIT01)
Attività di Divulgazione e Disseminazione Scientifica
2015 – oggi
Socio della Associazione Culturale Caffè-Scienza APS per la divulgazione e comunicazione scientifica
Relatore all’interno del progetto Scienza Attiva con intervento dal titolo “Le innovazioni nella ricerca oncologica. Dal paziente alla ricerca molecolare: gli scenari della ricerca traslazionale e bioinformatica” organizzato da Liceo Scientifico N. Copernico, Prato
Testimonial e relatore per il progetto “Incontri con la ricerca” organizzato da Fondazione AIRC per la ricerca sul Cancro e dalla Scuola Secondaria di I grado “D. Zipoli” di Prato, Prato
Partecipazione alla trasmissione “Azienda USL Toscana Centro Informa” dal titolo “Oncologia: progetti per la prevenzione” presso l’emittente TV Prato, Prato
Partecipazione alla trasmissione “Risorse” dal titolo “Ricerca in medicina” presso l’emittente RTV38, Figline Incisa Valdarno
Relatore per il Caffè-Scienza “Big Data: cosa sono, quanti sono, dove sono. Come i dati stanno rivoluzionando la medicina personalizzata”, Officina Giovani, Prato
Relatore per l’evento “Il ruolo strategico della ricerca universitaria e dell’alta formazione per il futuro del Paese” organizzato da Università di Trento, evento parte dell’iniziativa “Primavera delle Università Italiane” organizzato da CRUI, Dipartimento di Economia e Management, Trento
Grants
(Principal Investigator e Collaboratore)
2022 –2027
Principal Investigator del progetto di ricerca “INIT: Integrative analysis of multi-omics molecular and imaging data to improve diagnosis and treatment of cancer”
Ente Finanziatore: Fondazione AIRC per la ricerca sul cancro ETS
Bando: Investigator Grant 2022
2022 – 2027
Collaboratore al progetto di ricerca “Gastric cancer in the age of precision oncology: new opportunities to improve treatment”
Principal Investigator: Prof. Silvia Giordano (Università degli Studi di Torino)
2020 - 2024
Collaboratore al progetto di ricerca “Temozolomide and irinotecan regimen as liquid biopsy-guided non-cross resistant sequential adjuvant treatment of patients with MGMT methylated, microsatellite stable colorectal cancer failing to achieve seroreversion after a standard adjuvant strategy”
Principal Investigator: Dr. Filippo Pietrantonio (Istituto Nazionale dei Tumori, Milano)
Ente Finanziatore: Ministero della Salute
Bando: Ricerca Finalizzata 2019 – Sezione Giovani Ricercatori
2021-2024
Principal Investigator del progetto “Consolidamento della Unità di Bioinformatica di Prato”
Ente Finanziatore: Fondazione CR Firenze
2020 - 2023
Principal Investigator del progetto “Analysis of data generated within the AURORA project and coordination of the Data Analysis Committee”
Ente Finanziatore: Breast International Group (BIG)
2019 - 2024
Principal Investigator del progetto di ricerca “Non-invasive assessment of tumor burden and heterogeneity in metastatic breast cancer patients using minimal DNA methylation signatures (MiMeSis)”
Bando: Ricerca Finalizzata 2018– Sezione Giovani Ricercatori
2018-2021
Collaboratore al progetto “Targeting non-coding RNA regulated Lineage Plasticity to Overcome Antiandrogen Resistance in Advanced Prostate Cancer”
Principal Investigator: Dr. Ping Mu (UT Southwestern Medical Center, Dallas, TX, US)
Ente Finanziatore: U.S. Department of Defense (DoD)
2017-2020
Principal Investigator del progetto “Start-up della Unità di Bioinformatica di Prato”
Pubblicazioni Scientifiche
Co-autore di 82 pubblicazioni su riviste scientifiche internazionali, tra cui Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Cancer Discovery, Cancer Research, Clinical Cancer Research, Cancer Cell, Genome Biology, JCI, Nature Communications, Nature Medicine, Nucleic Acids Research, PNAS, Science, Science Translational Medicine.
H-index (Scopus, 04/09/2024)
33
Numero di citazioni (Scopus, 04/09/2024))
5,763
Last/Co-last/co-corresponding author
7
First/co-first author:
Subject areas:
Medicine, Biochemistry & Molecular Biology, Mathematical & Computational Biology
Legenda
Matteo Benelli earned a Master's degree in Physics from the University of Florence and completed his Ph.D. in Non-linear Dynamics and Complex Systems at the same institution, focusing on developing computational methods in genomics. He then joined the Laboratory of Computational and Functional Oncology at the University of Trento as a postdoc fellow, investigating the genomics and epigenetics of advanced prostate cancer under the supervision of Prof. Francesca Demichelis. In 2017, Dr. Benelli became a group leader at the Oncology Department of the Hospital of Prato, led by Dr. Angelo Di Leo. There, he established a new research group dedicated to breast cancer omics and their translational applications. In 2021, Dr. Benelli was appointed as co-Principal Investigator and coordinator of the Data Analysis Committee of the multi-national AURORA-EU program, dedicated to molecular characterization of metastatic breast cancer. In 2024, Matteo Benelli assumed the role of Associate Professor of Biochemistry at the University of Florence.
PERSONAL DATA
Address: Dept. of Experimental and Clinical Biomedical Sciences, University of Florence, Viale Morgagni 50, 50134 Firenze, ItalyLab web site: Researcher identifiers: Scopus: 36163853600; ORCID: 0000-0003-1227-356X
EDUCATION
2019: Post-degree specialization, Medical Physics, University of Florence, Italy
2012: PhD, Dept of Systems and Informatics, University of Florence, Italy
2008: MSc, Physics, University of Florence, Italy
2005: BSc, Physics, University of Florence, Italy
CURRENT and PREVIOUS POSITIONS
2024 Mar–present: Associate Professor, Dept. of Experimental and Clinical Biomedical Sciences, University of Florence, Firenze, Italy.
2017 Jan–2024 Feb: Group Leader, Head of the Bioinformatics Unit, Medical Oncology Department, Hospital of Prato, Azienda USL Toscana Centro, Prato, Italy (permanent position since 2021).
2015 Feb –2016: Post-doctoral Fellow, Centre for Integrative Biology (CIBIO), University of Trento, Trento, Italy.
Dec 2012 Jul–2015 Jan: Principal Bioinformatician, Genetics Unit, Careggi University Hospital, Firenze, Italy.
2012 May–2012 Jul: Research Associate, Medical Genetics Unit, S. Orsola-Malpighi University Hospital, Bologna.
TEACHING ACTIVITIES
2021: Lecturer, Bioinformatics for cancer omics data, Master in Computational Biomedicine, University of Firenze, Firenze.
2020-2022: Lecturer, Introduction to bioinformatics, Master in Management and control of information systems in the biomedical laboratory, University of Firenze, Firenze.
2019: Lecturer, Bioinformatics and cancer genomics, post-degree specialization course in Medical Physics, University of Milan.
2016: Lecturer, Computational Biology, Undergraduate Program in Biomolecular Sciences and Technologies, University of Trento.
2011–2015: Organizer and course director, mini-course in Elements of Bioinformatics for NGS data, Careggi University Hospital, Firenze (nine editions).
2013: Instructor, mini-course in New technologies for the personalised medicine in the post- genomic era, University of Padova.
2013: Instructor, course in Bioinformatic analysis of NGS data in consanguineous families, Sultan Qaboos University, Oman.
2009: Instructor, course in Bioinformatic methods for the analysis of array technologies, National congress of the Italian Society of Human Genetics, Torino.
COMMISSIONS OF TRUST and MEMBERSHIP
Manuscript Reviewer for international journals including:
Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Cancer Research, Clinical Epigenetics, Genome Medicine, Molecular Cancer Research, npj Breast Cancer, Nucleic Acids Research.
Scientific Committee and Research Consortia:
2021-present: co-Principal Investigator, AURORA (NCT02102165) (Breast International Group, BE)
2021-present: Coordinator, Data Analysis Committee, AURORA (NCT02102165) (Breast International Group, BE)
2020-present: Steering Committee member, AURORA (NCT02102165) (Breast International Group, BE)
2018–present: Data Analysis Committee member, AURORA (NCT02102165) (Breast International Group, BE)
Memberships, Scientific Societies:
2018–2020: American Association for Cancer Research (AACR)
2017-2021: Società Italiana di Fisica Medica (AIFM)
2012–2018: Società Italiana di Bioinformatica (BITS)
INVITED SPEAKER (TALKS and SEMINARS, selected)
2023: 25th Annual meeting of the Italian Sarcoma Group (ISG), April 2023, Bologna. How to use Big data.
2022: Seminars Series, IFOM, Milan, October 2022. Computational molecular and imaging omics to accelerate translational research in oncology.
2022: 24th Annual meeting of the Italian Sarcoma Group (ISG), April 2022, Milan. Role of radiomics and its application to sarcomas.
2021: Seminars Series, Artificial Intelligence applied to Medical Physics, Italian Association of Medical Physics (AIFM). The analysis of radiomic datasets with RadAR, a new package for R.
2020: 106th National Congress of the Italian Society of Physics (SIF). Bioinformatics for cancer omics data.
2019: International day of Medical Physics, November 2019, Matera. Comprehensive statistical analysis of radiomics data by RadAR, a new package for R.
2019: Breast Cancer Research Foundation (BCRF) Founder’s Fund retreat, July 2019, NY. New techniques: single-cell transcriptomics.
2019: Bio-rad user meeting, June 2019, Bari. Single-cell transcriptome profiling of breast cancer cell lines to investigate mechanisms of resistance to CDK4/6 inhibitors.
2019: Mediterranean Workshop on Medical Physics, June 2019, Agrigento. Omics in oncology. 2019 Seminars Series, European Institute of Oncology, Milano. Bioinformatics / cancer genomics (and radiomics).
2019: Seminars Series for the post-degree specialization course in Medical Physics, Department of Physics, University of Milan, Milan, May 2020. Omics and Bioinformatics.
2019: Seminars Series, Department of Medical and Surgical Sciences, University of Bologna, January 2019. Role of DNA-methylation alterations in cancer.
2017: Mini symposium, How Big Data could support better diagnosis and treatment outcomes for Prostate Cancer, Institute for Applied Physics “Nello Carrara”, Italian National Research Council (CNR), May 2017, Firenze. Cancer genomics.
2016: Seminars Series, CRO National Cancer Institute, Aviano. Role of DNA-methylation in prostate cancer development and progression.
2016: Workshop, The genomics revolution: from big data to personalized medicine, Firenze. Role of DNA-methylation in tumorigenesis and cancer progression.
2014: CASyM workshop on Clinical needs in oncology and cardiovascular diseases as drivers for a Systems Medicine approach, Genova.
2013: Annual congress of the Bioinformatics Italian Society (BITS), Udine. EricScript to identify gene fusions in paired-end RNA-seq data.
DISSEMINATION and REACHING OUT ACTIVITIES
Since 2015, he has been participating to outreach and science dissemination activities for public audience in collaboration with Fondazione AIRC per la ricerca sul Cancro, Fondazione “Sandro Pitigliani” per la lotta contro i tumori, Fondazione CR Firenze, University of Trento, Azienda USL Toscana Centro and Caffe Scienza Firenze.
PUBLICATIONS SUMMARY (March 2024)
Co-author of 78 manuscripts including in: Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Cancer Discovery, Cancer Research, Clinical Cancer Research, Cancer Cell, Genome Biology, JCI, Nature Communications, Nature Medicine, Nucleic Acids Research, PNAS, Science, Science Translational Medicine.
Subject areas: Medicine, Biochemistry & Molecular Biology, Mathematical & Computational Biology
H-index (Scopus): 32
Last/Co-last/co-corresponding author: 7
First/co-first author: 7
RESEARCH SUPPORT (FUNDING)
2022-2027: AIRC Investigator Grant (IG), Principal Investigator
2020-2023: Fondazione CR Firenze, Principal Investigator
2020-current: Breast International Group (BIG), Principal Investigator
2019-2025: Ministero della Salute - Ricerca Finalizzata, Collaborator
2018-2024: Ministero della Salute - Ricerca Finalizzata, Principal Investigator
2017-2020: Fondazione CR Firenze, Principal Investigator
