Gli ambiti tematici delle tesi seguite dal prof. Tonini sono inerenti a:
- guerra e pace in Medio Oriente e Nord Africa
- rapporti fra Europa e mondo arabo-musulmano
- petrolio e risorse idriche
- le minoranze nel mondo arabo-musulmano
- la condizione femminile
- islam e politica
- le migrazioni attraverso il Mediterraneo