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Giovanni BACCI

Ruolo attuale:: Ricercatore Legge 240/10 a tempo determinato
SSD:: BIOS-15/A - Microbiologia
Afferenza organizzativa:: Dipartimento di Biologia

Recapiti

	0554574733
	giovanni.bacci(AT)unifi.it

Ulteriori Recapiti

+39 055 4574733

Giovanni BACCI

Curriculum

Giovanni Bacci

Curriculum vitae

Corsi di formazione post-laurea

1 Writing in the Sciences course, Stanford University, piattaforma Coursera.

Completato (con lode) il: 24/04/2020

2 Machine Learning course, Stanford University, piattaforma Coursera.

Completato il: 04/06/2014

3 Corso di Inglese "Academic Writing", Università degli Studi di Firenze, Centro linguistico di Ateneo (CLA).

Completato nel 2013

4 Corso Java Avanzato, Università degli Studi di Firenze, Sistema informatico dell’ateneo fiorentino (SIAF), 32 ore totali. Completato il: 03/12/2012

Esperienze professionali

Accademia

2022–2023 Rinnovo assegno di ricerca (Art. 22 legge 30 Dicembre 2010 n. 240)_,

Università degli Studi di Firenze, attività svolta presso il laboratorio del Prof. Duccio Cavalieri, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Firenze, progetto: "Sviluppo e mantenimento di pipeline bioinformatiche per analisi di dati di NextGeneration Sequencing".

Dal 01/07/2022 al 30/06/2023

2021–2022 Rinnovo assegno di ricerca (Art. 22 legge 30 Dicembre 2010 n. 240)_,

Dal 01/07/2021 al 30/06/2022

2020–2021 Rinnovo assegno di ricerca (Art. 22 legge 30 Dicembre 2010 n. 240)_,

Università degli Studi di Firenze, attività svolta presso il laboratorio di Genomica avanzata, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Firenze, progetto: "Sviluppo e mantenimento di pipeline bioinformatiche per analisi di dati di NextGeneration Sequencing".

Dal 01/07/2020 al 30/06/2021

2019–2020	Vincitore di assegno di ricerca (Art. 22 legge 30 Dicembre 2010 n. 240)_, Università degli Studi di Firenze, attività svolta presso il laboratorio di Genomica avanzata, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Firenze, progetto: "Sviluppo e mantenimento di pipeline bioinformatiche per analisi di dati di NextGeneration Sequencing". Dal 01/07/2019 al 30/06/2020
2018–2019	Vincitore di borsa di studio, Fondazione per la ricerca sulla fibrosi cistica ONLUS (Verona), attività svolta presso il laboratorio del Prof. Alessio Mengoni, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Firenze, progetto: "A longitudinal metagenomic analysis to uncover microbial signatures of CF lung disease: unravelling host-microbial community interactions in humans and animal models". Dal 01/07/2018 al 30/06/2019
2017–2018	Rinnovo assegno di ricerca (Art. 22 legge 30 Dicembre 2010 n. 240)_, Università degli Studi di Firenze, attività svolta presso il laboratorio del Prof. Renato Fani, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Firenze, progetto: "Tumore del colon-retto: caratterizzazione funzionale/metabolica del microbiota e il ruolo dei probiotici nella modulazione della risposta immuno specifica". Dal 01/07/2017 al 30/06/2018
2016–2017	Vincitore di assegno di ricerca (Art. 22 legge 30 Dicembre 2010 n. 240)_, Università degli Studi di Firenze, attività svolta presso il laboratorio del Prof. Renato Fani, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Firenze, progetto: "Tumore del colon-retto: caratterizzazione funzionale/metabolica del microbiota e il ruolo dei probiotici nella modulazione della risposta immuno specifica". Dal 01/07/2016 al 30/06/2017
2015–2016	Vincitore di borsa di studio, Fondazione per la ricerca sulla fibrosi cistica ONLUS (Verona), attività svolta presso il laboratorio del Prof. Alessio Mengoni, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Firenze, progetto: "Investigating the airway microbiome in cystic fibrosis patients with a severe decline in lung function: an opportunity for a personalized microbiome-based therapy". Dal 15/09/2015 al 31/05/2016
2015	Vincitore di borsa di studio, Fondazione per la ricerca sulla fibrosi cistica ONLUS (Verona), attività svolta presso il laboratorio del Prof. Alessio Mengoni, Dipartimento di Biologia, Università degli Studi di Firenze, progetto: "Investigating the airway microbiome in cystic fibrosis patients with a severe decline in lung function: an opportunity for a personalized microbiome-based therapy". Dal 02/02/2015 al 31/08/2015 Terzo settore (trasferimento tecnologico)
2017	Collaborazione con l’Azienda Ospedaliero Universitaria Careggi (AOUC, reparto di Neurourolgia), messa a punto di test per la valutazione dell’effetto della tossina botulinica nel ripristinare la normale funzione dell’apparato genitale in pazienti con lesioni alla colonna vertebrale.

Responsabile: Dott. Giuseppe Lombardi

2015 Collaborazione con Biomolecular Diagnostic Srl, messa a punto di metodi per l’identificazione del microbiota gengivale e valutazione del rischio di periodontite. Responsabile: Dott. Francesco Saverio Martelli

Riconoscimenti e premi

1 Vincitore finanziamento da: "Federation of European Microbiological Societies" (FEMS), per la partecipazione a: 8^thCongress of European Microbiologists, Glasgow, Regno Unito.

Febbraio 2019

2 Vincitore finanziamento da: "International Society for Microbial Ecology"

(ISME), per la partecipazione a: 14^thSymposium on Bacterial Genetics and Ecology (BAGECO), Aberdeen, Regno Unito. Aprile 2017

3 Vincitore premio per il miglior poster, XLV Congresso Nazionale "Associazione

Microbiologi Clinici Italiani" (AMCLI), Rimini, Italia.

Novembre 2016

4 Vincitore finanziamento da: "Fondazione Italiana Fibrosi Cistica"_{, per la}

partecipazione al convegno: 13^thECFS Basic Science Conference, Pisa, Italia. Marzo 2016

5 Vincitore del premio "Franco Tatò", conferito dalla "Società Italiana Microbiologia

Generale Biotecnologie Microbiche" (SIMGBM), per la migliore tesi di dottorato in Microbiologia.

Settembre 2015

Pubblicazioni selezionate

Legenda ^*Primo nome condiviso

^†Corresponding author

Articoli pubblicati su riviste peer-reviewed

1 Bacci, G., Fratini, S., Meriggi, N., Cheng, C. L. Y., Ng, K. H., Pindo, M., ... &

Cannicci, S. (2023). Conserved Organ-Specific Microbial Assemblages in Different Populations of a Terrestrial Crab. Frontiers in Microbiology, 14.

2 Bacci, G., Mengoni, A., Emiliani, G., Chiellini, C., Cipriani, E. G., Bianconi, G.,

Canganella, F., & Fani, R. (2021). Defining the Resilience of the Human Salivary Microbiota by a 520-Day Longitudinal Study in a Confined Environment: The Mars500 Mission. Microbiome, 9(1), 152.

3 Bacci, G., Rossi, A., Armanini, F., Cangioli, L., De Fino, I., Segata, N., ... & Bevivino, A. (2021). Lung and Gut Microbiota Changes Associated with Pseudomonas Aeruginosa Infection in Mouse Models of Cystic Fibrosis. International Journal of Molecular Sciences, 22(22), 12169.

4 Bellabarba, A., Bacci, G., Decorosi, F., Aun, E., Azzarello, E., Remm, M., ... &

Pini, F. (2021). Competitiveness for Nodule Colonization in Sinorhizobium Meliloti: Combined In Vitro -Tagged Strain Competition and Genome-Wide Association Analysis. mSystems, 6(4), e00550–21.

5 Fagorzi, C., Bacci, G.^†, Huang, R., Cangioli, L., Checcucci, A., Fini, M., ... & Mengoni, A. (2021). Nonadditive Transcriptomic Signatures of Genotype-by-Genotype Interactions during the Initiation of Plant-Rhizobium Symbiosis. mSystems, 6(1), 10–1128.

6 Bacci, G., Taccetti, G., Dolce, D., Armanini, F., Segata, N., Di Cesare, F., ... & Bevivino, A. (2020). Untargeted Metagenomic Investigation of the Airway Microbiome of Cystic Fibrosis Patients with Moderate-Severe Lung Disease. Microorganisms, 8(7), 1003.

7 Bacci, G., Amalfitano, S., Levantesi, C., Rossetti, S., Garrelly, L., Canganella, F., ...

& Perrin, E. (2019). Microbial Community Composition of Water Samples Stored inside the International Space Station. Research in Microbiology, 170(4-5), 230–234.

8 Bevivino, A., Bacci, G., Drevinek, P., Nelson, M. T., Hoffman, L., & Mengoni, A.

(2019). Deciphering the Ecology of Cystic Fibrosis Bacterial Communities: Towards Systems-Level Integration. Trends in Molecular Medicine, 25(12), 1110–1122.

9 Bacci, G.^†, Cerri, M., Lastrucci, L., Ferranti, F., Ferri, V., Foggi, B., ... & Coppi, A.

(2018). Applying Predictive Models to Decipher Rhizobacterial Modifications in Common Reed Die-Back Affected Populations. Science of The Total Environment, 642, 708–722.

10 Chiellini, C., Miceli, E., Bacci, G., Fagorzi, C., Coppini, E., Fibbi, D., ... & Fani, R.

(2018). Spatial Structuring of Bacterial Communities in Epilithic Biofilms in the Acquarossa River (Italy). FEMS Microbiology Ecology, 94(12).

11 Golanowska, M., Potrykus, M., Motyka-Pomagruk, A., Kabza, M., Bacci, G.,

Galardini, M., ... & Lojkowska, E. (2018). Comparison of Highly and Weakly Virulent Dickeya Solani Strains, With a View on the Pangenome and Panregulon of This Species. Frontiers in Microbiology, 9, 1940.

12 Perrin, E., Bacci, G.^*, Garrelly, L., Canganella, F., Bianconi, G., Fani, R., & Mengoni,

Research in Microbiology, 169(6), 289–295.

13 Russo, E., Bacci, G., Chiellini, C., Fagorzi, C., Niccolai, E., Taddei, A., ... & Amedei,

Frontiers in Microbiology, 8, 2699.

14 Abdelrhman, K. F., Bacci, G.^*, Marras, B., Nistri, A., Schintu, M., Ugolini, A., &

Mengoni, A. (2017). Exploring the Bacterial Gut Microbiota of Supralittoral Talitrid Amphipods. Research in Microbiology, 168(1), 74–84.

15 Bacci, G., Mengoni, A., Fiscarelli, E., Segata, N., Taccetti, G., Dolce, D., ... &

Bevivino, A. (2017). A Different Microbiome Gene Repertoire in the Airways of Cystic Fibrosis Patients with Severe Lung Disease. International Journal of Molecular Sciences, 18(8), 1654.

16	Bosi, E., Bacci, G.^, Mengoni, A., & Fondi, M. (2017). Perspectives and Challenges in Microbial Communities Metabolic Modeling. Frontiers in Genetics*, 8, 88.
17	Bacci, G., Paganin, P., Lopez, L., Vanni, C., Dalmastri, C., Cantale, C., ... & Mengoni, A. (2016). Pyrosequencing Unveils Cystic Fibrosis Lung Microbiome Differences Associated with a Severe Lung Function Decline. PLOS ONE, 11(6), e0156807.
18	Galardini, M., Brilli, M., Spini, G., Rossi, M., Roncaglia, B., Bani, A., ... Bacci, G., ... & Mengoni, A. (2015). Evolution of Intra-specific Regulatory Networks in a Multipartite Bacterial Genome. PLOS Computational Biology, 11(9), e1004478.
19	Bacci, G., Bazzicalupo, M., Benedetti, A., & Mengoni, A. (2014). StreamingTrim Molecular Ecology Resources, 14(2), 426–434.
20	Canfora, L., Bacci, G., Pinzari, F., Lo Papa, G., Dazzi, C., & Benedetti, A. (2014). Salinity and Bacterial Diversity: To What Extent Does the Concentration of Salt Affect the Bacterial Community in a Saline Soil? PLOS ONE, 9(9), e106662. Competenze tecniche Linguaggi di programmazione
Livello base	Matlab_,MySQL
Livello avanzato	html_,JavaScript_,GNU Octave
Esperto	Java, R, LAT_EX, Beamer, Bash Competenze di Biologia Computazionale
Livello base	Modellizzazione di strutture proteiche, algoritmi d’interazione proteina-substrato
Livello avanzato	Ricerche tramite "Application Programming Interface" (API) sui principali database biologici, ricerca di specifici motivi su sequenze di DNA, sviluppo di algoritmi per la classificazione di sequenze biologiche
Esperto	Allineamento di sequenze (DNA, proteine ed RNA), algoritmi per la ricerca sistematica nei principali database biologici, sviluppo algoritmi di clustering, comparazione di sequenze biologiche, statistica applicata alla biologia (modelli lineari, algoritmi di machine learning, statistica descrittiva), quantificazione di unità biologiche (geni, specie...) a partire da dati di sequenziamento massivo Attività svolta Inviti a convegni nazionali ed internazionali (presentazioni orali)
1	Bacci, G., Panov, P., Cavalieri, D. (2022). Annotation of samples with controlled metadata: The role of ontologies in the FNS-cloud project. FNS-Cloud M33 Consortium Meeting. Sassari, Italia

2 Bacci G. (2018). Are microbiomes predictable? The challenge of big data, lesson learned from host-associated microbiomes. Symbiomes: Frontiers in host-microbiota symbiotic interactions from humans to insects. Università di Hong Kong (HKU). Hong Kong, Repubblica Popolare Cinese

3 Bacci G. (2015). Reading Genomes: solving the puzzle of microbial complexity.

European PhD Network in “Insect Science” - 6^thAnnual Meeting. Università degli Studi di Firenze. Firenze, Italia

4 Bacci, G. (2015). Mining Microbiomes: Computational Biology approaches to uncover the complexity of bacterial communities. XXXI congresso della SIMGBM. Ravenna, Italia

5 Bacci G. (2012). DNA Sequencing - Reading Genomes. Master degree in Biology class of Bioinformatics. Università degli Studi di Firenze. Firenze, Italia

6 Bacci G. (2012). Genomic and Metagenomic. Master degree course in Molecular

Biotechnology class of Genomics. Università degli Studi di Firenze. Firenze, Italia

7 Bacci G. (2012). Fundamentals of Bioinformatics. School of Bioindication and

Organizzazione di convegni nazionali ed internazionali

1 Bioinformatiha 10, Decima edizione della Giornata Toscana di Bioinformatica e

Systems Biology, Membro del comitato organizzatore. Siena, 2023

2 Bioinformatiha 9, Nona edizione della Giornata Toscana di Bioinformatica e Systems Biology, Membro del comitato organizzatore. Pisa, 2022

3 Bioinformatiha 8, Ottava edizione della Giornata Toscana di Bioinformatica e

Systems Biology, Membro del comitato organizzatore. Firenze, 2019

4 Microbiology 2019, XXXIII congresso della "Società italiana di Microbiologia generale e Biotecnologie microbiche" (SIMGBM), Membro del comitato organizzatore. Firenze, 2019

5 BioSaturdays 2018, 2019 e 2021, Serie di simposi incentrati su varie tematiche biologiche, Organizzatore insieme al Prof. Renato Fani. Firenze, 2018, 2019 e 2021

Attività editoriale

1 Guest Editor dello special issue: "From sequence to model" pubblicato sulla rivista "Frontiers in Genetics" sezione: "Computational Genomics"

2 Associate Editor della rivista "Frontiers in Genetics" sezione: "Computational Genomics"

3 Associate Editor della rivista "Frontiers in Microbiology" sezione "Microbial Symbioses"

4 Leading guest editor dello special issue: "New Advances in Environmental Microbiology" pubblicato sulla rivista "International Journal of Environmental Research and Public Health"

5 Editor del libro: "Bacterial Pangenomics" della serie "Book in the Methods in

Molecular Biology" (MiMB) pubblicato da Springer, New York

Membro di commissioni giudicatrici

Il candidato ha fatto parte, come membro attivo o supplente, di 24 commissioni di Laurea Triennale in "Scienze Biologiche" o di Laurea Magistrale in "Biologia" e "Biologia Molecolare e Applicata".

Membro di società scientifiche

Il candidato è membro della "Società Italiana Microbiologia Generale Biotecnologie Microbiche" (SIMGBM) dal 2019.

Abilitazione Scientifica Nazionale (ASN)

1 Abilitazione Scientifica Nazionale, Seconda Fascia, Settore Concorsuale 05/I2:

Valida dal 15/09/2021 al 15/09/2030

2 Abilitazione Scientifica Nazionale, Seconda Fascia, Settore Concorsuale 05/I1:

Valida dal 15/04/2021 al 15/04/2030

Giovanni BACCI

Pubblicazioni

Legenda

Contributo su rivista |

Articolo su libro |

Libro |

Contributo in atti di convegno (proceeding) |

Brevetto |

Curatela | Altro

Altro |

Tesi di Dottorato

Alonso, Tania; Fagorzi, Camilla; Mengoni, Alessio; Oliva, Matteo; Cavalieri, Duccio; Pretti, Carlo; Cangioli, Lisa; Bacci, Giovanni; Ugolini, Alberto (2025). Metagenomic surveys show a widespread diffusion of antibiotic resistance genes in a transect from urbanized to marine protected area. MARINE POLLUTION BULLETIN, vol. 213, pp. 0-0, ISSN:0025-326X DOI Accesso ONLINE all'editore

Alonso-Vásquez, Tania; Giovannini, Michele; Garbini, Gian Luigi; Dziurzynski, Mikolaj; Bacci, Giovanni; Coppini, Ester; Fibbi, Donatella; Fondi, Marco (2025). An ecological and stochastic perspective on persisters resuscitation. COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL, vol. 27, pp. 1-9, ISSN:2001-0370 DOI

Stefano Nenciarini, Roberta Amoriello, Giovanni Bacci, Benedetta Cerasuolo, Monica Di Paola, Patrizia Nardini, Alessio Papini, Clara Ballerini, Duccio Cavalieri (2024). Yeast strains isolated from fermented beverage produce extracellular vesicles with anti-inflammatory effects. SCIENTIFIC REPORTS, pp. 1-12, ISSN:2045-2322

Sonia Renzi, Stefano Nenciarini, Giovanni Bacci, Duccio Cavalieri (2024). Yeast metagenomics: analytical challenges in the analysis of the eukaryotic microbiome. MICROBIOME RESEARCH REPORTS, pp. 1-16, ISSN:2771-5965

Bacci, Giovanni; Fratini, Sara; Meriggi, Niccolò; Cheng, Christine L. Y.; Ng, Ka Hei; Pindo, Massimo; Iannucci, Alessio; Mengoni, Alessio; Cavalieri, Duccio; Cannicci, Stefano (2023). Conserved organ-specific microbial assemblages in different populations of a terrestrial crab. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, vol. 14, pp. 1113617--, ISSN:1664-302X DOI Accesso ONLINE all'editore

Bacci, Giovanni; Meriggi, Niccolò; Cheng, Christine L Y; Ng, Ka Hei; Iannucci, Alessio; Mengoni, Alessio; Cavalieri, Duccio; Cannicci, Stefano; Fratini, Sara (2023). Species-specific gill's microbiome of eight crab species with different breathing adaptations. SCIENTIFIC REPORTS, vol. 13, pp. 21033--, ISSN:2045-2322 DOI

Vassallo, Alberto; Modi, Alessandra; Quagliariello, Andrea; Bacci, Giovanni; Faddetta, Teresa; Gallo, Michele; Provenzano, Aldesia; La Barbera, Andrea; Lombardo, Giovanna; Maggini, Valentina; Firenzuoli, Fabio; Zaccaroni, Marco; Gallo, Giuseppe; Caramelli, David; Aleo Nero, Carla; Baldi, Franco; Fani, Renato; Palumbo Piccionello, Antonio; Pucciarelli, Sandra; Puglia, Anna Maria; Sineo, Luca (2023). Novel Sources of Biodiversity and Biomolecules from Bacteria Isolated from a High Middle Ages Soil Sample in Palermo (Sicily, Italy). MICROBIOLOGY SPECTRUM, pp. 1-15, ISSN:2165-0497 DOI Accesso ONLINE all'editore

Ana E. Pe'rez Matos, Giovanni Bacci, Luigimaria Borruso, Maria Landolfi, Dominique Petrocchi, Sonia Renzi, Brunella Perito (2023). Characterization of the bacterial communities inhabiting Tropical propolis of Puerto Rico. MICROORGANISMS, vol. 11, pp. 0-0, ISSN:2076-2607 Accesso ONLINE all'editore

Riccardi, Christopher; Innocenti, Gabriel; Fondi, Marco; Bacci, Giovanni (2022). Fast, Ungapped Reads Mapping Using Squid. INTERNATIONAL JOURNAL OF ENVIRONMENTAL RESEARCH AND PUBLIC HEALTH, vol. 19, pp. 5442-5447, ISSN:1660-4601 DOI

Durand, Alexis; Gonnelli, Cristina; Lopez, Séverine; Coppi, Andrea; Bacci, Giovanni; Benizri, Emile (2022). Plant genetics and site properties influenced the diversity of seed endophytic bacterial communities of Odontarrhena species from serpentine soil of Albania. PLANT AND SOIL, pp. 0-0, ISSN:0032-079X DOI

Bacci G.; Rossi A.; Armanini F.; Cangioli L.; De Fino I.; Segata N.; Mengoni A.; Bragonzi A.; Bevivino A. (2021). Lung and gut microbiota changes associated with pseudomonas aeruginosa infection in mouse models of cystic fibrosis. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES, vol. 22, pp. 0-0, ISSN:1661-6596 DOI Accesso ONLINE all'editore

Alessio Mengoni, Giovanni Bacci, Marco Fondi (2021). Bacterial Pangenomics. Spriger, ISBN:978-1-0716-1098-5 DOI Accesso ONLINE all'editore

Fagorzi, Camilla; Bacci, Giovanni; Huang, Rui; Cangioli, Lisa; Checcucci, Alice; Fini, Margherita; Perrin, Elena; Natali, Chiara; diCenzo, George Colin; Mengoni, Alessio (2021). Nonadditive Transcriptomic Signatures of Genotype-by-Genotype Interactions during the Initiation of Plant-Rhizobium Symbiosis. MSYSTEMS, vol. 6, pp. 0-0, ISSN:2379-5077 DOI Accesso ONLINE all'editore

Giovanni Bacci, Alessio Mengoni, Giovanni Emiliani, Carolina Chiellini, Edoardo Giovanni Cipriani, Giovanna Bianconi, Francesco Canganella, Renato Fani (2021). Defining the resilience of the human salivary microbiota by a 520 days longitudinal study in confined environment: the Mars500 mission. MICROBIOME, vol. 9, pp. 1-14, ISSN:2049-2618

Niccolai E.; Russo E.; Baldi S.; Ricci F.; Nannini G.; Pedone M.; Stingo F.C.; Taddei A.; Ringressi M.N.; Bechi P.; Mengoni A.; Fani R.; Bacci G.; Fagorzi C.; Chiellini C.; Prisco D.; Ramazzotti M.; Amedei A. (2021). Significant and Conflicting Correlation of IL-9 With Prevotella and Bacteroides in Human Colorectal Cancer. FRONTIERS IN IMMUNOLOGY, vol. 11, pp. 1-14, ISSN:1664-3224 DOI Accesso ONLINE all'editore

Camilla Fagorzi, Giovanni Bacci, Alessio Mengoni (2021). Il microbiota delle piante: la biodiversità delle comunità batteriche. In: Aa. Vv.. Il Microbiota, il secondo genoma degli eucarioti – XLVI Seminario sulla evoluzione biologica, pp. 35-52, Roma: Bardi Edizioni, ISBN:978-88-218-1205-7. Accesso ONLINE all'editore

Bellabarba A.; Bacci G.; Decorosi F.; Aun E.; Azzarello E.; Remm M.; Giovannetti L.; Viti C.; Mengoni A.; Pini F. (2021). Competitiveness for nodule colonization in sinorhizobium meliloti: Combined in vitro-tagged strain competition and genome-wide association analysis. MSYSTEMS, vol. 6, pp. e0055021-0, ISSN:2379-5077 DOI

Padula, Anna; Bambi, Marina; Mengoni, Chiara; Greco, Claudia; Mucci, Nadia; Greco, Ilaria; Masoni, Alberto; Del Duca, Sara; Bacci, Giovanni; Santini, Giacomo; Fani, Renato; Zaccaroni, Marco (2021). Exploring the Gut Microbiome Alteration of the European Hare (Lepus europaeus) after Short-Term Diet Modifications. BIOLOGY, vol. 10, pp. 1-10, ISSN:2079-7737 DOI Accesso ONLINE all'editore

Durand A.; Sterckeman T.; Gonnelli C.; Coppi A.; Bacci G.; Leglize P.; Benizri E. (2021). A core seed endophytic bacterial community in the hyperaccumulator Noccaea caerulescens across 14 sites in France. PLANT AND SOIL, pp. 1-2, ISSN:0032-079X DOI

Castronovo L.M., Calonico C., Ascrizzi R., Del Duca S., Delfino V., Chioccioli S., Vassallo A., Strozza I., Del leo M., Biffi S., Bacci G., Bogani P., Maggini V., Mengoni A., Pistelli L., Lo Nostro A., Firenzuoli F., Fani R. (2020). The cultivable bacterial microbiota associated to the medicinal plant Origanum vulgare L.: from antibiotic resistance to growth-inhibitory properties. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, vol. 11, pp. 1-17, ISSN:1664-302X Accesso ONLINE all'editore

Bacci, Giovanni; Taccetti, Giovanni; Dolce, Daniela; Armanini, Federica; Segata, Nicola; Di Cesare, Francesca; Lucidi, Vincenzina; Fiscarelli, Ersilia; Morelli, Patrizia; Casciaro, Rosaria; Negroni, Anna; Mengoni, Alessio; Bevivino, Annamaria (2020). Untargeted Metagenomic Investigation of the Airway Microbiome of Cystic Fibrosis Patients with Moderate-Severe Lung Disease. MICROORGANISMS, vol. 8, pp. 0-0, ISSN:2076-2607 Accesso ONLINE all'editore

Abdelrhman K.F.A.; Ciofini A.; Bacci G.; Mancusi C.; Mengoni A.; Ugolini A. (2020). Exploring the resident gut microbiota of stranded odontocetes: High similarities between two dolphin species Tursiops truncatus and Stenella coeruleoalba. JOURNAL OF THE MARINE BIOLOGICAL ASSOCIATION OF THE UNITED KINGDOM, vol. 100, pp. 1181-1188, ISSN:0025-3154 DOI Accesso ONLINE all'editore

Cannicci, Stefano; Fratini, Sara; Meriggi, Niccolò; Bacci, Giovanni; Iannucci, Alessio; Mengoni, Alessio; Cavalieri, Duccio (2020). To the Land and Beyond: Crab Microbiomes as a Paradigm for the Evolution of Terrestrialization. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, vol. 11, pp. 1-7, ISSN:1664-302X DOI

Cini A.; Meriggi N.; Bacci G.; Cappa F.; Vitali F.; Cavalieri D.; Cervo R. (2020). Gut microbial composition in different castes and developmental stages of the invasive hornet Vespa velutina nigrithorax. SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT, vol. 745, pp. 140873-xxxxx, ISSN:0048-9697 DOI

Chiellini C, Chioccioli S, Vassallo A, Mocali S, Miceli E, Fagorzi C, Bacci G, Coppini E, Fibbi F, Bianconi G, Canganella F, Fani R (2019). Exploring the Bacterial Communities of Infernaccio Waterfalls: A Phenotypic and Molecular Characterization of Acinetobacter and Pseudomonas Strains Living in a Red Epilithic Biofilm. DIVERSITY, vol. 11, pp. 175-192, ISSN:1424-2818 Accesso ONLINE all'editore

Latini A.; Bacci G.; Teodoro M.; Gattia D.M.; Bevivino A.; Trakal L. (2019). The Impact of Soil-Applied Biochars From Different Vegetal Feedstocks on Durum Wheat Plant Performance and Rhizospheric Bacterial Microbiota in Low Metal-Contaminated Soil. FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, vol. 10, pp. 2694-xxxxx, ISSN:1664-302X DOI

Fagorzi C., Del Duca S., Venturi S., Chiellini C., Bacci G., Fani R., Tassi F. (2019). Bacterial Communities from Extreme Environments: Vulcano Island. DIVERSITY, vol. 11, pp. 1-17, ISSN:1424-2818 Accesso ONLINE all'editore

Bacci G., Amalfitano S., Levantesi C., Rossetti S., Garrelly L., Canganella F., Bianconi G., Di Pilato V., Rossolini G.M., Mengoni A., Fani R., Perrin E. (2019). Microbial community composition of water samples stored inside the International Space Station. RESEARCH IN MICROBIOLOGY, vol. 170, pp. 230-234, ISSN:0923-2508 Accesso ONLINE all'editore

Cinà P., Bacci G., Arancia W., Gallo G., Fani R., Puglia A.M., Di Trapani D., Mannina G. (2019). Assessment and characterization of the bacterial community structure in advanced activated sludge systems. BIORESOURCE TECHNOLOGY, vol. 282, pp. 254-261, ISSN:0960-8524

Bevivino, Annamaria; Bacci, Giovanni; Drevinek, Pavel; Nelson, Maria T.; Hoffman, Lucas; Mengoni, Alessio (2019). Deciphering the Ecology of Cystic Fibrosis Bacterial Communities: Towards Systems-Level Integration. TRENDS IN MOLECULAR MEDICINE, pp. 1-13, ISSN:1471-4914 DOI Accesso ONLINE all'editore

Chiellini C, Miceli E, Bacci G, Fagorzi C, Coppini E, Fibbi D, Bianconi G, Mengoni A, Canganella F, Fani R (2018). Spatial structuring of bacterial communities in epilithic biofilms in the Acquarossa river (Italy). FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY, vol. 94, pp. 1-13, ISSN:1574-6941 Accesso ONLINE all'editore

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Giovanni BACCI

Curriculum

Giovanni Bacci

Curriculum vitae

Statements

1 Writing in the Sciences course, Stanford University, Coursera platform.

Accomplished (cum laude): 2020-04-24

2 Machine Learning course, Stanford University, Coursera platform.

Accomplished: 2014-06-04

3 English course "Academic Writing", University of Florence, Centro linguistico di

Ateneo (CLA).

Accomplished in 2013

4 Advanced Java course, University of Florence, Sistema informatico dell’ateneo fiorentino (SIAF), 32 hours. Accomplished: 2012-12-03

Experience

Academic experience

2022–2023 Researcher, University of Florence_.

Unify biological and ’omics data into a single framework.

Detailed studies and activities:

{ Developing Harmony ontology for nutritional science.

{ Link metabolic information to subject data.

{ Represent microbial data together with nutritional data and subject information.

2019–2022 Researcher, University of Florence_.

Development of Bioinformatic pipeline for NGS data analysis.

Detailed studies and activities:

{ Optimizing sequencing platforms (Illumina and PacBio).

{ Analysing sequencing data from different species.

{ Developing method for big data interpretation.

2018–2019 Researcher, University of Florence_.

Analysis of the coevolution of microorganisms and their host. Predicting host phenotype from microbiome characteristics.

Detailed studies and activities:

{ Studying plant/microbes interactions in model systems.

{ Predicting phenotype from microbiome in animal species.

{ Developing method to simulate bacterial assemblages from shotgun metagenomic data. 2015–2018 Researcher, University of Florence_.

Developing methods for the analysis of metagenomic sequences related to peculiar environments or correlated with human diseases.

Detailed studies and activities:

{ Variability in the salivary microbiome during the mission MARS500 (NASA).

{ Gut microbiome alterations in patients affected by colorectal cancer.

{ Exploring the airway metagenome of cystic fibrosis patients through DNA massive sequencing approach.

2012–2014 PhD Student, University of Florence_.

Developing Bioinformatic pipelines for mining microbiome data of both particular environments and associated with macro-organisms.

Acquired skills:

{ Developing scalable bioinformatic pipelines for interpreting microbiome data.

{ Quality control of biological sequences obtained through massive sequencing.

{ Modelling biological data for predicting outcome variables.

Other experience

2017 Collaboration with "Azienda Ospedaliero Universitaria Careggi" (AOUC,

Neurology unit), assess the response in spinal cord injured patients alternatively treated with different types and dosages of Botulinum neurotoxin type A.

Supervisor: Dr. Giuseppe Lombardi

2015 Collaboration with "Biomolecular Diagnostic Srl", periodontitis early diagnosis from gingival microbiome.

Supervisor: Dott. Francesco Saverio Martelli

Awards

1 Congress attendance grant from: "Federation of European Microbiological

Societies" (FEMS), 8^thCongress of European Microbiologists (FEMS), Glasgow,

United Kingdom.

February 2019

2 Young scientists travel grant from: "International Society for Microbial

Ecology" (ISME), 14^thSymposium on Bacterial Genetics and Ecology (BAGECO),

Aberdeen, United Kingdom.

April 2017

3 Best poster award from: "Associazione Microbiologi Clinici Italiani" (AMCLI)_,

XLV National AMCLI Conference, Rimini, Italy.

Novembre 2016

4 Young researcher award winner from: "Italian cystic fibrosis foundation"_,

13^thECFS Basic Science Conference, Pisa, Italy.

March 2016

5 “Franco Tatò” prize from: "Società Italiana Microbiologia Generale Biotecnologie Microbiche" (FEMS affiliated), Best PhD Thesis in Microbiology.

September 2015 Selected publications

Legend ^*First authorship shared

^†Corresponding author

Peer-reviewed papers